| 大会名称 |
|---|
| 2009年 情報科学技術フォーラム(FIT) |
| 大会コ－ド |
| F |
| 開催年 |
| 2009 |
| 発行日 |
| 2009/8/20 |
| セッション番号 |
| 6C |
| セッション名 |
| リコンフィギャラブルシステム |
| 講演日 |
| 2009/09/04 |
| 講演場所(会議室等) |
| C会場（9号館1F 913教室） |
| 講演番号 |
| RC-012 |
| タイトル |
| FPGAに基づく生化学シミュレータにおける反応速度式の類似性に着目したパイプライン自動構築 |
| 著者名 |
| 山田 英樹, 石森 智也, 大屋 智範, 柴田 裕一郎, 長名 保範, 吉見 真聡, 西川 由理, 天野 英晴, 舟橋 啓, 広井 賀子, 小栗 清, |
| キーワード |
| リコンフィギャラブルコンピューティング, FPGA, 生化学シミュレーション, 演算パイプライン |
| 抄録 |
|
FPGAを用いたシミュレーションシステムでは,回路をチップ上になるべく多く実 現することによって並列効果を期待できることから,所望の回路を小規模に実現す る技術が重要となる. 本稿ではFPGAにおける生化学モデルのシミュレーションを対象に,シミュレーショ ンターゲットに含まれる反応速度式の類似性に着目し,共通の演算回路群を自動 的に結合し面積効率のよいパイプラインを合成する手法を提案する. また,この結合によるマルチプレクサの増大が招く周 波数低下を抑制するために,反応速度式を類似のグループに分類する手法を提案する. 実際の生化学モデルを用いた評価の結果,適切な反応速度式のクラスタリングを 行えば,本手法を使わない場合に比べて約66%のハードウェア量で同等のシミュ レーションを実行でき,その際の性能上のオーバヘッドは約20%であることが分 かった. |
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