| 講演名 | 2013-05-20 FPGAを用いたショートリードマッピングの高速化(FPGA応用(1),リコンフィギャラブルシステム,一般) 曽我部 陽光, 丸山 勉, |
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| 抄録(和) | 次世代シーケンサー(NGS)は一台のマシンで一日あたり千億塩基対以上の解析を可能にした.NGSが読み出す数十から数百塩基程度に断片化されたDNA配列をショートリードと呼ぶ.断片化前の塩基配列を得るためには,それぞれのショートリードが元の配列のどの部分であったのかを特定する必要がある.この処理をショートリードマッピングと呼ぶ.数百万以上のリードに対しマッピング処理を行う必要があるため処理速度が重要である.そこで我々はHash-index法に基づいたFPGAシステムを提案する.我々が提案するシステムではseed(ショートリード中の固定長の部分配列)をバケットソートし,マッピング候補と並列に比較する.さらに,この手法ではDRAMへのランダムアクセスを削減することができ,処理時間がDRAMへのランダムアクセスの際の遅延に依存しないため,FPGAのリソースにて決定される並列度に応じて高速化を図ることができる. |
| 抄録(英) | The rapid development of Next Generation Sequencing has enabled to generate more than 100 billion base pairs per day from one machine. The produced data are randomly fragmented DNA base pair strings, called short reads. Next step for the genetic analysis is the short read mapping, which determines the location of the short reads in the reference genomes. The traditional software tools for the short read mapping are slower than NGS throughput. In this paper, we propose a scalable FPGA system based on the hash index method. |
| キーワード(和) | FPGA / 遺伝子情報処理 / ショートリードマッピング / 高速化 |
| キーワード(英) | FPGA / Bioinformatics / Short Read Mapping / Application Acceleration |
| 資料番号 | RECONF2013-4 |
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| 研究会情報 | |
| 研究会 | RECONF |
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| 開催期間 | 2013/5/13(から1日開催) |
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| 幹事補佐氏名（和） | |
| 幹事補佐氏名（英） | |
| 講演論文情報詳細 | |
| 申込み研究会 | Reconfigurable Systems (RECONF) |
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| 本文の言語 | JPN |
| タイトル（和） | FPGAを用いたショートリードマッピングの高速化(FPGA応用(1),リコンフィギャラブルシステム,一般) |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | FPGA Acceleration of Short Read Mapping |
| サブタイトル（和） | |
| キーワード(1)（和/英） | FPGA / FPGA |
| キーワード(2)（和/英） | 遺伝子情報処理 / Bioinformatics |
| キーワード(3)（和/英） | ショートリードマッピング / Short Read Mapping |
| キーワード(4)（和/英） | 高速化 / Application Acceleration |
| 第 1 著者 氏名（和/英） | 曽我部 陽光 / Yoko SOGABE |
| 第 1 著者 所属（和/英） | 筑波大学システム情報工学研究科 System and Information Engineering, University of Tsukuba |
| 第 2 著者 氏名（和/英） | 丸山 勉 / Tsutomu MARUYAMA |
| 第 2 著者 所属（和/英） | 筑波大学システム情報工学研究科 System and Information Engineering, University of Tsukuba |
| 発表年月日 | 2013-05-20 |
| 資料番号 | RECONF2013-4 |
| 巻番号（vol） | vol.113 |
| 号番号（no） | 52 |
| ページ範囲 | pp.- |
| ページ数 | 6 |
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