| 講演名 | 2013-05-20 An FPGA Implementation of the Progressive Tree Neighborhood Algorithm : Phylogenetic Tree Reconstruction with Maximum Parsimony , |
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| 抄録(和) | |
| 抄録(英) | In this paper, we present an FPGA-hardware implementation for the progressive tree neighborhood algorithm applied to phylogenetic tree reconstruction with maximum parsimony. The proposed hardware architecture is modular, and has pipelined stages to improve the performance and reduce the execution time of the algorithm. Implementation results for a specific problem showed a 1247x acceleration compared to a C++ software implementation. |
| キーワード(和) | |
| キーワード(英) | Bioinformatics / Maximum Parsimony / Progressive Tree Neighborhood / Hardware Acceleration / FPGA |
| 資料番号 | RECONF2013-2 |
| 発行日 |
| 研究会情報 | |
| 研究会 | RECONF |
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| 開催期間 | 2013/5/13(から1日開催) |
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| 開催地（英） | |
| テーマ（和） | |
| テーマ（英） | |
| 委員長氏名（和） | |
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| 幹事補佐氏名（和） | |
| 幹事補佐氏名（英） | |
| 講演論文情報詳細 | |
| 申込み研究会 | Reconfigurable Systems (RECONF) |
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| 本文の言語 | ENG |
| タイトル（和） | |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | An FPGA Implementation of the Progressive Tree Neighborhood Algorithm : Phylogenetic Tree Reconstruction with Maximum Parsimony |
| サブタイトル（和） | |
| キーワード(1)（和/英） | / Bioinformatics |
| 第 1 著者 氏名（和/英） | / Henry Block |
| 第 1 著者 所属（和/英） | 筑波大学システム情報工学研究科 |
| 発表年月日 | 2013-05-20 |
| 資料番号 | RECONF2013-2 |
| 巻番号（vol） | vol.113 |
| 号番号（no） | 52 |
| ページ範囲 | pp.- |
| ページ数 | 6 |
| 発行日 | |