| 講演名 | 2012/6/21 簡易疎水性相互作用モデルによるタンパク質間ドッキング予測の高精度化(一般,機械学習によるバイオデータマインニング,一般) 大上 雅史, 石田 貴士, 秋山 泰, |
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| 抄録(和) | タンパク質間ドッキング予測ソフトウェアMEGADOCKでは,従来は形状相補性と静電相互作用の2つの効果を評価関数としていたが,本研究では新たにAtomic Contact Energyによる疎水性相互作用モデルを提案し,MEGADOCKに追加した.MEGADOCKなどのFFTを用いて計算されるグリッドベースのドッキング予測では,通常3つの効果を計算するために2回以上の相関関数計算を要するが,提案手法ではレセプターのみを考慮する新しい簡易型スコア関数によって,3つの効果を1回のFFT計算で同時に計算することが可能となり,高速性を損なわずに精度を向上させることに成功した. |
| 抄録(英) | In this study, we proposed a new hydrophobic interaction model which applied Atomic Contact Energy for our protein-protein docking software called MEGADOCK in which we previously used only two score terms, namely, shape complementarity and electrostatic interaction. Using the proposed score function, MEGADOCK can calculate three phisico-chemical effects with only one correlation function. Therefore we succeeded improvement of accuracy without loosing speed. |
| キーワード(和) | タンパク質間ドッキング / 疎水性相互作用 / MEGADOCK |
| キーワード(英) | Protein-Protein Docking / Hydrophobic Interaction / MEGADOCK |
| 資料番号 | Vol.2012-BIO-29 No.21 |
| 発行日 |
| 研究会情報 | |
| 研究会 | NC |
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| 開催期間 | 2012/6/21(から1日開催) |
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| テーマ（英） | |
| 委員長氏名（和） | |
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| 副委員長氏名（和） | |
| 副委員長氏名（英） | |
| 幹事氏名（和） | |
| 幹事氏名（英） | |
| 幹事補佐氏名（和） | |
| 幹事補佐氏名（英） | |
| 講演論文情報詳細 | |
| 申込み研究会 | Neurocomputing (NC) |
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| 本文の言語 | JPN |
| タイトル（和） | 簡易疎水性相互作用モデルによるタンパク質間ドッキング予測の高精度化(一般,機械学習によるバイオデータマインニング,一般) |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | Improvement of the Protein-Protein Docking Prediction by Introducing a Simple Hydrophobic Interaction Model |
| サブタイトル（和） | |
| キーワード(1)（和/英） | タンパク質間ドッキング / Protein-Protein Docking |
| キーワード(2)（和/英） | 疎水性相互作用 / Hydrophobic Interaction |
| キーワード(3)（和/英） | MEGADOCK / MEGADOCK |
| 第 1 著者 氏名（和/英） | 大上 雅史 / MASAHITO OHUE |
| 第 1 著者 所属（和/英） | 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻:日本学術振興会 Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology:Japan Society for the Promotion of Science |
| 第 2 著者 氏名（和/英） | 石田 貴士 / TAKASHI ISHIDA |
| 第 2 著者 所属（和/英） | 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻 Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology |
| 第 3 著者 氏名（和/英） | 秋山 泰 / YUTAKA AKIYAMA |
| 第 3 著者 所属（和/英） | 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻 Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology |
| 発表年月日 | 2012/6/21 |
| 資料番号 | Vol.2012-BIO-29 No.21 |
| 巻番号（vol） | vol.112 |
| 号番号（no） | 108 |
| ページ範囲 | pp.- |
| ページ数 | 3 |
| 発行日 | |