| 講演名 | 2012/6/21 タンパク質ドッキング予測における実空間での効率的な評価スコア計算方法の研究(一般,機械学習によるバイオデータマインニング,一般) 下田 雄大, 石田 貴士, 秋山 泰, |
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| 抄録(和) | タンパク質ドッキング計算では,高速フーリエ変換(Fast Fourier Transform, FFT)を応用した高速計算法が知られているが,FFTを用いる場合,評価関数が畳込み和の形式に限定され,設計の自由度が低くなるという欠点がある.そこで,本研究ではより複雑な評価関数を用いることを想定し,FFTを用いない実空間上でのドッキング計算を考える.FFTを利用しないことで生じる計算コストの増大に対し,高スコアの複合体構造の偏在を利用してヒューリスティックに高スコアの複合体構造のみを階層的に探索することで計算結果を変えずに計算時間を短縮するための手法を提案する. |
| 抄録(英) | In protein-protein docking, a fast calculation method using fast Fourier transform (FFT) is well known, but the form of the evaluation function is limited to the sum of convolution. In this study, we developed an efficient docking calculation method without using FFT in order to use various evaluation functions. Against the increase of computational cost, we proposed the heuristic method that hierarchically searches only high-score complex structures using the locality of high-score complex structures. |
| キーワード(和) | たんぱく質間相互作用 / タンパク質ドッキング / ヒューリスティック探索 |
| キーワード(英) | Protein-Protein Interaction / Protein-Protein Docking / Heuristic search |
| 資料番号 | Vol.2012-BIO-29 No.20 |
| 発行日 |
| 研究会情報 | |
| 研究会 | NC |
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| 開催期間 | 2012/6/21(から1日開催) |
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| テーマ（英） | |
| 委員長氏名（和） | |
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| 幹事氏名（和） | |
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| 幹事補佐氏名（和） | |
| 幹事補佐氏名（英） | |
| 講演論文情報詳細 | |
| 申込み研究会 | Neurocomputing (NC) |
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| 本文の言語 | JPN |
| タイトル（和） | タンパク質ドッキング予測における実空間での効率的な評価スコア計算方法の研究(一般,機械学習によるバイオデータマインニング,一般) |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | An efficient score calculation method without using FFT in protein docking prediction |
| サブタイトル（和） | |
| キーワード(1)（和/英） | たんぱく質間相互作用 / Protein-Protein Interaction |
| キーワード(2)（和/英） | タンパク質ドッキング / Protein-Protein Docking |
| キーワード(3)（和/英） | ヒューリスティック探索 / Heuristic search |
| 第 1 著者 氏名（和/英） | 下田 雄大 / TAKEHIRO SHIMODA |
| 第 1 著者 所属（和/英） | 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻 Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology |
| 第 2 著者 氏名（和/英） | 石田 貴士 / TAKASHI ISHIDA |
| 第 2 著者 所属（和/英） | 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻 Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology |
| 第 3 著者 氏名（和/英） | 秋山 泰 / YUTAKA AKIYAMA |
| 第 3 著者 所属（和/英） | 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻 Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology |
| 発表年月日 | 2012/6/21 |
| 資料番号 | Vol.2012-BIO-29 No.20 |
| 巻番号（vol） | vol.112 |
| 号番号（no） | 108 |
| ページ範囲 | pp.- |
| ページ数 | 3 |
| 発行日 | |