| 講演名 | 2010-12-02 生物代謝物データベースKNApSAcK : 世界の薬用/食用植物の悉皆的代謝物解析に向けて(システムオンシリコン,RFID技術,一般) 金谷 重彦, 平井 晶, 高橋 弘喜, / 中村 建介, |
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| 抄録(和) | ゲノムプロジェクトの進展に伴って、現在までに、数百種のバクテリアゲノム、数十種の植物および動物のゲノムが解読された。植物における二次代謝産物は約20万種以上と推定され、5万種については構造決定されていると報告されている中で、ゲノムサイエンスの一環として、代謝産物と生物種の関係を体系化することを目的に、文献情報をもとに生物種とその生物において発見された代謝物の関係をデータベース化することを2004年より開始した。本論文では、このようにして開発された代謝物データベースKNApSAcK DBの現状を紹介する。さらに、生物資源の多面的な利用の目的からの代謝物検索を容易にするためのウェブサービスとしてKNApSAcKファミリーの研究開発を進めている(http://kanaya.naist.jp/KNApSAcK_Family/)。現在までにLunch Box(目的:食履歴)、KAMPO(漢方生薬)、KNApSAcK from around the world(世界の薬用植物)などのデータベース構築が完了した。これらのデータベースの現状についても紹介する。 |
| 抄録(英) | In a metabolomics research, assignment of measured spectra to a specific metabolite is one of the most fundamental process. The assignment is usually made by taking a match with known compounds and therefore, it is necessary to scan the spectra against whole previously studied compounds. This means the survey of whole natural products reported in the literatures which is an extremely tedious and daunting process. In order to make this process feasible, we have developed a metabolite database that contains species-metabolite relations called KNApSAcK, which currently contains 102,005 species-metabolite relations involving 50,054 metabolites. In the present study, we review the current status of KNApSAcK database and its application to metabolomics and introduce the multifaceted retrieval system, KNApSAcK Family, which consists of seven parts for the purpose of retrieving metabolites from several different aspects. "Pocket" includes search system for species related to human living such as edible plant in Japan ("Lunch Box"), traditional Japanese medicine ("KAMPO"). "KNApSAcK from around the world" includes medicinal and edible plants utilized in each country. 8,947 pairwise relations between medicinal/edible plant and 120 nations world wide have been accumulated from scientific literatures. |
| キーワード(和) | 代謝物-生物種関係データベース / ゲノムサイエンス / e-サイエンス / メタボロミクス / バイオインフォマティクス |
| キーワード(英) | Species-metabolite relation database / genome science / e-science / metabolomics / bioinformatics |
| 資料番号 | SIS2010-47 |
| 発行日 |
| 研究会情報 | |
| 研究会 | SIS |
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| 開催期間 | 2010/11/25(から1日開催) |
| 開催地（和） | |
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| テーマ（和） | |
| テーマ（英） | |
| 委員長氏名（和） | |
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| 幹事氏名（和） | |
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| 幹事補佐氏名（和） | |
| 幹事補佐氏名（英） | |
| 講演論文情報詳細 | |
| 申込み研究会 | Smart Info-Media Systems (SIS) |
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| 本文の言語 | JPN |
| タイトル（和） | 生物代謝物データベースKNApSAcK : 世界の薬用/食用植物の悉皆的代謝物解析に向けて(システムオンシリコン,RFID技術,一般) |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | Species-Metabolite relation database KNApSAcK : toward comprehensive understanding of metabolites in edible/medicinal plants around the world |
| サブタイトル（和） | |
| キーワード(1)（和/英） | 代謝物-生物種関係データベース / Species-metabolite relation database |
| キーワード(2)（和/英） | ゲノムサイエンス / genome science |
| キーワード(3)（和/英） | e-サイエンス / e-science |
| キーワード(4)（和/英） | メタボロミクス / metabolomics |
| キーワード(5)（和/英） | バイオインフォマティクス / bioinformatics |
| 第 1 著者 氏名（和/英） | 金谷 重彦 / Shigehiko Kanaya |
| 第 1 著者 所属（和/英） | 奈良先端科学技術大学院大学・情報科学研究科 Nara Institute of Science and Technology, School of Information Science |
| 第 2 著者 氏名（和/英） | 平井 晶 / Aki Hirai |
| 第 2 著者 所属（和/英） | 奈良先端科学技術大学院大学・情報科学研究科 / |
| 第 3 著者 氏名（和/英） | 高橋 弘喜 / Hiroki Takahashi |
| 第 3 著者 所属（和/英） | 奈良先端科学技術大学院大学・情報科学研究科 / |
| 第 4 著者 氏名（和/英） | / 中村 建介 / Md. Altaf-Ul-Amin |
| 第 4 著者 所属（和/英） | 奈良先端科学技術大学院大学・情報科学研究科 |
| 発表年月日 | 2010-12-02 |
| 資料番号 | SIS2010-47 |
| 巻番号（vol） | vol.110 |
| 号番号（no） | 322 |
| ページ範囲 | pp.- |
| ページ数 | 6 |
| 発行日 | |