| 講演名 | 2010-09-16 FPGAグリッドを用いたHMMERの高速化(数値計算) 高木 豊和, 丸山 勉, |
|---|---|
| PDFダウンロードページ |  PDFダウンロードページへ |
| 抄録(和) | HMMERはプロファイルHMM検索によく使用されているソフトウェアのーつである.HMMERはーつのプロファイルHMMと,N個のシークエンスとをN個のノードを用いて並列に比較することで高速化することができる.しかしながら,HMMERはCPUに負荷をかける問題である.HMMERにおいて動的計画法であるビタビアルゴリズムがプロファイルHMMとシークエンスを整列するのに使用されている.専用のハードウェアを使うことで,ビタビアルゴリズムにおける検索空間を並列に複数のノードで処理することによって高速化することができる.本論文では,FPGAグリッドを用いたHMMERの検索を高速化する手法を述べる.FPGAグリッドにおいて,それぞれのノードのFPGAは並列にビタビアルゴリズムを実行する. |
| 抄録(英) | HMMER is one of the most used software tools for sensitive profile HMM (Hidden Markov Model) searches of biological sequence databases. HMMER can be accelerated by comparing a profile HMM with N sequences in parallel using a computing grid with N nodes. HMMER is, however, still a cpu-intensive program. In HMMER, the Viterbi algorithm, which is a quadratic dynamic programming algorithm, is used to align a profile HMM and a sequence. Using a dedicated hardware, the search by the Viterbi algorithm can be accelerated by processing several nodes in the search space in parallel. In this paper, we describe an approach for accelerating HMMER search using an FPGA grid. |
| キーワード(和) | FPGA / HMMER / プロフアイルHMM / 並列計算 / グリッドコンピューティング |
| キーワード(英) | FPGA / HMMER / profile HMM / parallel computation / grid computing |
| 資料番号 | RECONF2010-23 |
| 発行日 |
| 研究会情報 | |
| 研究会 | RECONF |
|---|---|
| 開催期間 | 2010/9/9(から1日開催) |
| 開催地（和） | |
| 開催地（英） | |
| テーマ（和） | |
| テーマ（英） | |
| 委員長氏名（和） | |
| 委員長氏名（英） | |
| 副委員長氏名（和） | |
| 副委員長氏名（英） | |
| 幹事氏名（和） | |
| 幹事氏名（英） | |
| 幹事補佐氏名（和） | |
| 幹事補佐氏名（英） | |
| 講演論文情報詳細 | |
| 申込み研究会 | Reconfigurable Systems (RECONF) |
|---|---|
| 本文の言語 | JPN |
| タイトル（和） | FPGAグリッドを用いたHMMERの高速化(数値計算) |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | Accelerating HMMER search using FPGA Grid |
| サブタイトル（和） | |
| キーワード(1)（和/英） | FPGA / FPGA |
| キーワード(2)（和/英） | HMMER / HMMER |
| キーワード(3)（和/英） | プロフアイルHMM / profile HMM |
| キーワード(4)（和/英） | 並列計算 / parallel computation |
| キーワード(5)（和/英） | グリッドコンピューティング / grid computing |
| 第 1 著者 氏名（和/英） | 高木 豊和 / Toyokazu TAKAGI |
| 第 1 著者 所属（和/英） | 筑波大学院システム情報工学 Systems and Information Engineering, University of Tsukuba |
| 第 2 著者 氏名（和/英） | 丸山 勉 / Tutomu MARUYAMA |
| 第 2 著者 所属（和/英） | 筑波大学院システム情報工学 Systems and Information Engineering, University of Tsukuba |
| 発表年月日 | 2010-09-16 |
| 資料番号 | RECONF2010-23 |
| 巻番号（vol） | vol.110 |
| 号番号（no） | 204 |
| ページ範囲 | pp.- |
| ページ数 | 6 |
| 発行日 | |