| 講演名 | 2009-08-03 タンパク質ドメインネットワークに対する二部グラフのモデル 落合 友四郎, ナチェル ホセ, 林田 守広, 阿久津 達也, |
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| 抄録(和) | タンパク質ネットワークは、生物の細胞の中で様々な重要な役割を果たしている。今回、我々はヒトとシロイヌナズナにおけるドメインの種類の次数分布を解析した。k個のタンパク質に存在するドメインの種類の度数分布P_1(k)は,べき乗則に従うのに対して、k種類のドメインを持つたんぱく質の度数分布P_2(k)は指数関数的な裾野を持つ。そこで我々は、このべき乗則と指数分布の混在を説明する成長ネットワークモデルを提案する。このモデルはネットワークの成長と複製メカニズムという2つの特徴を持つ。 |
| 抄録(英) | Protein networks perform a large variety of essential functions in the cells of living organisms. Here we analyze the degree distribution of kinds of domains network in H. Sapiens and A. Thaliana organisms. The results show that while (a) the number of domain types shared by k proteins exhibits a power-law distribution, (b) the number of proteins composed of k types of domains decays as an exponential distribution. These empirical findings encourage us to develop an evolutionary network model to explain the emergence of this mixing of (a) power-law and (b) exponential distributions. Our theoretical and computational results show that this network model requires (1) growth process and (2) copy mechanism. |
| キーワード(和) | スケールフリーネットワーク / 2部グラフ / タンパク質ネットワーク |
| キーワード(英) | Scale free network / Bipartite graphs / Protein networks |
| 資料番号 | NLP2009-50 |
| 発行日 |
| 研究会情報 | |
| 研究会 | NLP |
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| 開催期間 | 2009/7/27(から1日開催) |
| 開催地（和） | |
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| テーマ（英） | |
| 委員長氏名（和） | |
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| 副委員長氏名（英） | |
| 幹事氏名（和） | |
| 幹事氏名（英） | |
| 幹事補佐氏名（和） | |
| 幹事補佐氏名（英） | |
| 講演論文情報詳細 | |
| 申込み研究会 | Nonlinear Problems (NLP) |
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| 本文の言語 | ENG |
| タイトル（和） | タンパク質ドメインネットワークに対する二部グラフのモデル |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | A model of bipartite graphs for protein domain networks |
| サブタイトル（和） | |
| キーワード(1)（和/英） | スケールフリーネットワーク / Scale free network |
| キーワード(2)（和/英） | 2部グラフ / Bipartite graphs |
| キーワード(3)（和/英） | タンパク質ネットワーク / Protein networks |
| 第 1 著者 氏名（和/英） | 落合 友四郎 / Tomoshiro Ochiai |
| 第 1 著者 所属（和/英） | 富山県立大学工学部情報システム工学科 Faculty of Engineering, Toyama Prefectural University |
| 第 2 著者 氏名（和/英） | ナチェル ホセ / Jose Nacher |
| 第 2 著者 所属（和/英） | 公立はこだて未来大学複雑系科学科 Department of Complex Systems, Future University-Hakodate |
| 第 3 著者 氏名（和/英） | 林田 守広 / Morihiro Hayashida |
| 第 3 著者 所属（和/英） | 京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター Bioinformatics Center, Institute for Chemical Research, Kyoto University |
| 第 4 著者 氏名（和/英） | 阿久津 達也 / Tatsuya Akutsu |
| 第 4 著者 所属（和/英） | 京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター Bioinformatics Center, Institute for Chemical Research, Kyoto University |
| 発表年月日 | 2009-08-03 |
| 資料番号 | NLP2009-50 |
| 巻番号（vol） | vol.109 |
| 号番号（no） | 167 |
| ページ範囲 | pp.- |
| ページ数 | 3 |
| 発行日 | |