| 講演名 | 2009-05-14 FPGAを用いた汎用生化学シミュレータにおけるハードウェアモジュール自動生成アルゴリズムの実機評価(リコンフィギャラブル応用) 大屋 智範, 山田 英樹, 石森 智也, 柴田 裕一郎, 長名 保範, 吉見 真聡, 西川 由理, 天野 英晴, 舟橋 啓, 広井 賀子, 小栗 清, |
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| 抄録(和) | FPGAをベースとした再構成可能なコンピュータには、性能とハードウェアコストのトレードオフにおいて、これらの比重を変更可能であるという利点が存在する。しかし、このトレードオフについてのアプリケーションレベルにおける議論はユーザにとって重要であるにも関わらず、あまりなされてこなかった。本稿は、FPGAにおける生化学モデルのシミュレーションを対象に、複数の機能を単一のハードウェアモジュールに割り当てる手法の実機評価を示す。その結果を用いて、ハードウェアコスト、シミュレーションにおけるスループット、並列性の抽出、データ転送のオーバーヘッドの観点から、複数の機能をそれぞれモジュールで実現した場合と複数の機能を単一のモジュールで実現した場合を比較し、議論を行う。 |
| 抄録(英) | One of the obvious advantages of FPGA-based reconfigurable computing is customizability of a tradeoff point between performance and hardware costs. However, this tradeoff has rarely been discussed in a whole application level, which is the most important view for application users. This paper presents empirical evaluation of a hardware module sharing technique which can shift a tradeoff point of area and performance on an FPGA-based biochemical simulator. The practical biochemical simulation results are discussed in terms of hardware costs, simulation throughput, parallelism extracted in simulation hardware, and data transfer overheads. |
| キーワード(和) | 生化学シミュレーション / 同形部分グラフ / 反応速度式 / FPGA / データ転送 / トレードオフ |
| キーワード(英) | biochemical simulation / common subgraph / reaction rate equation / FPGA / data transfer / trade-off |
| 資料番号 | RECONF2009-7 |
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| 研究会情報 | |
| 研究会 | RECONF |
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| 開催期間 | 2009/5/7(から1日開催) |
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| 委員長氏名（和） | |
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| 幹事氏名（和） | |
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| 幹事補佐氏名（和） | |
| 幹事補佐氏名（英） | |
| 講演論文情報詳細 | |
| 申込み研究会 | Reconfigurable Systems (RECONF) |
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| 本文の言語 | JPN |
| タイトル（和） | FPGAを用いた汎用生化学シミュレータにおけるハードウェアモジュール自動生成アルゴリズムの実機評価(リコンフィギャラブル応用) |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | Performance evaluation of an auto-generation algorithm of hardware modules for an FPGA-based general-purpose biochemical simulator |
| サブタイトル（和） | |
| キーワード(1)（和/英） | 生化学シミュレーション / biochemical simulation |
| キーワード(2)（和/英） | 同形部分グラフ / common subgraph |
| キーワード(3)（和/英） | 反応速度式 / reaction rate equation |
| キーワード(4)（和/英） | FPGA / FPGA |
| キーワード(5)（和/英） | データ転送 / data transfer |
| キーワード(6)（和/英） | トレードオフ / trade-off |
| 第 1 著者 氏名（和/英） | 大屋 智範 / Tomonori OOYA |
| 第 1 著者 所属（和/英） | 長崎大学 Nagasaki University |
| 第 2 著者 氏名（和/英） | 山田 英樹 / Hideki YAMADA |
| 第 2 著者 所属（和/英） | 長崎大学 Nagasaki University |
| 第 3 著者 氏名（和/英） | 石森 智也 / Tomoya ISHIMORI |
| 第 3 著者 所属（和/英） | 長崎大学 Nagasaki University |
| 第 4 著者 氏名（和/英） | 柴田 裕一郎 / Yuichiro SHIBATA |
| 第 4 著者 所属（和/英） | 長崎大学 Nagasaki University |
| 第 5 著者 氏名（和/英） | 長名 保範 / Yasunori OSANA |
| 第 5 著者 所属（和/英） | 成蹊大学 Seikei University |
| 第 6 著者 氏名（和/英） | 吉見 真聡 / Masato YOSHIMI |
| 第 6 著者 所属（和/英） | 同志社大学 Doshisha University |
| 第 7 著者 氏名（和/英） | 西川 由理 / Yuri NISHIKAWA |
| 第 7 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学 Keio University |
| 第 8 著者 氏名（和/英） | 天野 英晴 / Hideharu AMANO |
| 第 8 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学 Keio University |
| 第 9 著者 氏名（和/英） | 舟橋 啓 / Akira FUNAHASHI |
| 第 9 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学 Keio University |
| 第 10 著者 氏名（和/英） | 広井 賀子 / Noriko HIROI |
| 第 10 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学 Keio University |
| 第 11 著者 氏名（和/英） | 小栗 清 / Kiyoshi OGURI |
| 第 11 著者 所属（和/英） | 長崎大学 Nagasaki University |
| 発表年月日 | 2009-05-14 |
| 資料番号 | RECONF2009-7 |
| 巻番号（vol） | vol.109 |
| 号番号（no） | 26 |
| ページ範囲 | pp.- |
| ページ数 | 6 |
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