| 講演名 | 2008-09-25 FPGAを用いた生化学シミュレータにおける反応速度式の類似性に着目した演算パイプライン自動結合アルゴリズム(リコンフィギャラブル応用) 山田 英樹, 石森 智也, 柴田 裕一郎, 長名 保範, 吉見 真聡, 西川 由理, 天野 英晴, 舟橋 啓, 広井 賀子, 小栗 清, |
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| 抄録(和) | FPGAを用いたシミュレーションシステムでは,回路をチップ上になるべく多く実現することによって並列効果を見込めることから,所望の回路を小規模に実現する技術が重要となる.本稿では,シミュレーションの対象となる生化学モデルに用いられる複数の反応速度式について,各々のデータフローグラフに共通に現れる演算群を自動的に抽出し,これを共有化することで回路規模を削減する手法を提案する.評価の結果,平均23.43%のスループットの悪化が認められたものの,最大88.13%の回路面積の削減を得ることが出来た. |
| 抄録(英) | This paper proposes a method which combines some common subgraphs in data flow graphs for rate law functions appeared in biochemical models to generate a shared hardware module for an efficient FPGA based biochemical simulator. The evaluation results reveal that this combining algorithm reduces hardware amount by up to 88.13% at the cost of 23.43% throughput degradation. |
| キーワード(和) | 生化学シミュレーション / 演算スケジューリング / 同形部分グラフ / 反応速度式 / FPGA |
| キーワード(英) | biochemical simulation / arithmetic scheduling / common subgraph / rate law function / FPGA |
| 資料番号 | RECONF2008-26 |
| 発行日 |
| 研究会情報 | |
| 研究会 | RECONF |
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| 開催期間 | 2008/9/18(から1日開催) |
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| テーマ（和） | |
| テーマ（英） | |
| 委員長氏名（和） | |
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| 副委員長氏名（英） | |
| 幹事氏名（和） | |
| 幹事氏名（英） | |
| 幹事補佐氏名（和） | |
| 幹事補佐氏名（英） | |
| 講演論文情報詳細 | |
| 申込み研究会 | Reconfigurable Systems (RECONF) |
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| 本文の言語 | JPN |
| タイトル（和） | FPGAを用いた生化学シミュレータにおける反応速度式の類似性に着目した演算パイプライン自動結合アルゴリズム(リコンフィギャラブル応用) |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | An automatic combine algorithm of arithmetic pipelines for an FPGA-based biochemical simulator focused on similarities of rate law functions |
| サブタイトル（和） | |
| キーワード(1)（和/英） | 生化学シミュレーション / biochemical simulation |
| キーワード(2)（和/英） | 演算スケジューリング / arithmetic scheduling |
| キーワード(3)（和/英） | 同形部分グラフ / common subgraph |
| キーワード(4)（和/英） | 反応速度式 / rate law function |
| キーワード(5)（和/英） | FPGA / FPGA |
| 第 1 著者 氏名（和/英） | 山田 英樹 / Hideki YAMADA |
| 第 1 著者 所属（和/英） | 長崎大学工学部 Faculty of Engineering, Nagasaki University |
| 第 2 著者 氏名（和/英） | 石森 智也 / Tomoya ISIMORI |
| 第 2 著者 所属（和/英） | 長崎大学工学部 Faculty of Engineering, Nagasaki University |
| 第 3 著者 氏名（和/英） | 柴田 裕一郎 / Yuichiro SHIBATA |
| 第 3 著者 所属（和/英） | 長崎大学工学部 Faculty of Engineering, Nagasaki University |
| 第 4 著者 氏名（和/英） | 長名 保範 / Yasunori OSANA |
| 第 4 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学理工学部 Faculty of Science and Technology, Keio University |
| 第 5 著者 氏名（和/英） | 吉見 真聡 / Masato YOSHIMI |
| 第 5 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学理工学部 Faculty of Science and Technology, Keio University |
| 第 6 著者 氏名（和/英） | 西川 由理 / Yuri NISHIKAWA |
| 第 6 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学理工学部 Faculty of Science and Technology, Keio University |
| 第 7 著者 氏名（和/英） | 天野 英晴 / Hideharu AMANO |
| 第 7 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学理工学部 Faculty of Science and Technology, Keio University |
| 第 8 著者 氏名（和/英） | 舟橋 啓 / Akira FUNAHASHI |
| 第 8 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学理工学部 Faculty of Science and Technology, Keio University |
| 第 9 著者 氏名（和/英） | 広井 賀子 / Noriko HIROI |
| 第 9 著者 所属（和/英） | / 長崎大学工学部 EMBL-EBI, Thornton group Wellcome Trust Genome Campus |
| 第 10 著者 氏名（和/英） | 小栗 清 / Kiyoshi OGURI |
| 第 10 著者 所属（和/英） | Faculty of Engineering, Nagasaki University |
| 発表年月日 | 2008-09-25 |
| 資料番号 | RECONF2008-26 |
| 巻番号（vol） | vol.108 |
| 号番号（no） | 220 |
| ページ範囲 | pp.- |
| ページ数 | 6 |
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