| 講演名 | 2007-06-14 最近傍分類器の分類誤差を用いた遺伝子グループの有意性検定に関する一考察(機械学習によるバイオデータマインニング,一般) 竹内 一郎, 林 真太郎, 勝呂 幸, 瀬戸 加大, |
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| 抄録(和) | マイクロアレイによる発現解析データを生物情報データベースと関連づけて解釈することの重要性が認識されつつある.そのような必要性から,パスウェイなどにより定義された遺伝子のグループをひとまとまりとして捉え,その有意性を評価するための統計的検定法の確立が望まれている.本報告では遺伝子グループの有意性検定の1アプローチとして,最近傍判別器の分類誤差を統計量に用いる方法を提案する.提案するアプローチは,従来のものよりも計算コストが低く,さまざまな発現パターンの違いを検出できるという特長を持つ.シミュレーシヨンによる検出力の評価とマイクロアレイデータへの適用実験を通して,提案するアプローチの有効性を示す. |
| 抄録(英) | Relating gene expression profiles from microarray experiments with biological knowledge databases is an important step for understanding biological mechanism. It motivates the development of statistical techniques that quantify the significance of the expression profiles for sets of genes defined, e.g., based on pathway information. In this report we propose a new approach for gene set significance analysis. The proposed test measures the significance of gene sets using cross-validated errors of nearest-neighbor classifiers. Our approach is computationally efficient and powerful to detect various types of differences in expression patterns. We demonstrate the advantage of our approach through the simulation studies for power analysis and an application to a public microarray data. |
| キーワード(和) | マイクロアレイ / 発現解析 / パスウェイ解析 / 遺伝子グループ / 統計的検定 / 多重比較 / 並び替え検定 / 最近傍法 / 交差検証法 |
| キーワード(英) | Microarray / Expression Profile / Pathway Analysis / Gene Set / Statistical Test / Multiple Comparison / Permutation Test / Nearest-Neighbor Method / Cross-Validation |
| 資料番号 | NC2007-13 |
| 発行日 |
| 研究会情報 | |
| 研究会 | NC |
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| 開催期間 | 2007/6/7(から1日開催) |
| 開催地（和） | |
| 開催地（英） | |
| テーマ（和） | |
| テーマ（英） | |
| 委員長氏名（和） | |
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| 幹事氏名（和） | |
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| 幹事補佐氏名（和） | |
| 幹事補佐氏名（英） | |
| 講演論文情報詳細 | |
| 申込み研究会 | Neurocomputing (NC) |
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| 本文の言語 | JPN |
| タイトル（和） | 最近傍分類器の分類誤差を用いた遺伝子グループの有意性検定に関する一考察(機械学習によるバイオデータマインニング,一般) |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | A Study on Significance Analysis of Gene Sets Using Nearest-Neighbor Classification Error |
| サブタイトル（和） | |
| キーワード(1)（和/英） | マイクロアレイ / Microarray |
| キーワード(2)（和/英） | 発現解析 / Expression Profile |
| キーワード(3)（和/英） | パスウェイ解析 / Pathway Analysis |
| キーワード(4)（和/英） | 遺伝子グループ / Gene Set |
| キーワード(5)（和/英） | 統計的検定 / Statistical Test |
| キーワード(6)（和/英） | 多重比較 / Multiple Comparison |
| キーワード(7)（和/英） | 並び替え検定 / Permutation Test |
| キーワード(8)（和/英） | 最近傍法 / Nearest-Neighbor Method |
| キーワード(9)（和/英） | 交差検証法 / Cross-Validation |
| 第 1 著者 氏名（和/英） | 竹内 一郎 / Ichiro TAKEUCHI |
| 第 1 著者 所属（和/英） | 三重大学大学院工学研究科情報工学専攻 Division of Information Engineering, Graduate School of Engineering, Mie University |
| 第 2 著者 氏名（和/英） | 林 真太郎 / Shintaro HAYASHI |
| 第 2 著者 所属（和/英） | 三重大学大学院工学研究科情報工学専攻 Division of Information Engineering, Graduate School of Engineering, Mie University |
| 第 3 著者 氏名（和/英） | 勝呂 幸 / Miyuki SUGURO |
| 第 3 著者 所属（和/英） | 愛知県がんセンター研究所遺伝子医療研究部 Division of Molecular Medicine, Aich Cancer Center Research Institute |
| 第 4 著者 氏名（和/英） | 瀬戸 加大 / Masao SETO |
| 第 4 著者 所属（和/英） | 愛知県がんセンター研究所遺伝子医療研究部 Division of Molecular Medicine, Aich Cancer Center Research Institute |
| 発表年月日 | 2007-06-14 |
| 資料番号 | NC2007-13 |
| 巻番号（vol） | vol.107 |
| 号番号（no） | 92 |
| ページ範囲 | pp.- |
| ページ数 | 6 |
| 発行日 | |