| 講演名 | 2006-06-15 EM法を用いた太古のDNA修復タンパク質RecAの推定(機械学習によるバイオデータマインニング) 永井 友理, 胡桃坂 仁志, 村田 昇, |
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| 抄録(和) | DNAが紫外線等で損傷した場合,それを修復するのに中心的役割を担うRecAタンパク質が存在する.太古の地球は現在よりも強い電磁波を浴びていたので,過去のRecAタンパク質の方が現在よりも修復活性が強かったのではないかと考えられる.そこで.現在の微生物のRecAタンパク質のアミノ酸配列を比較することで過去のタンパク質の推定を行なわれている.MCMC法を用いて,子配列となる複数のアミノ酸配列のグループ化を行い,各グループの多数決により,親配列を推定する手法が提案されている.シミュレーションを行なった結果,十分な精度が得られなかった.これは子配列のグループ化が不十分なためと考えられる.そのため本問題に適した新たなモデルを構築し,EM法を用いて解くことを提案する. |
| 抄録(英) | Protein RecA plays a center role to restore DNA when it is damaged because of ultraviolet rays. It is thought that the repair activity of the ancient RecA protein was stronger than that of present one, because ancient earth was exposed by a strong electromagnetic radiation. A past protein was estimated by comparing the amino acid sequences of the RecA protein exists in a present microorganism. Currently, parents arrays are estimated from the majority decision of those groups, classified by some known amino acid sequences, using MCMC method. However, the result of the simulation shows the poor accuracy. Therefore, instead of using MCMC, we use the EM method to estimate how to classify proteins. |
| キーワード(和) | MCMC / Gibbs sampling / EM法 / RecAタンパク質 |
| キーワード(英) | MCMC / Gibbs sampling / EM algorithm / RecA protein |
| 資料番号 | NC2006-21 |
| 発行日 |
| 研究会情報 | |
| 研究会 | NC |
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| 開催期間 | 2006/6/8(から1日開催) |
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| テーマ（和） | |
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| 委員長氏名（和） | |
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| 幹事氏名（和） | |
| 幹事氏名（英） | |
| 幹事補佐氏名（和） | |
| 幹事補佐氏名（英） | |
| 講演論文情報詳細 | |
| 申込み研究会 | Neurocomputing (NC) |
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| 本文の言語 | JPN |
| タイトル（和） | EM法を用いた太古のDNA修復タンパク質RecAの推定(機械学習によるバイオデータマインニング) |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | Inference of ancestral RecA protein by EM algorithm |
| サブタイトル（和） | |
| キーワード(1)（和/英） | MCMC / MCMC |
| キーワード(2)（和/英） | Gibbs sampling / Gibbs sampling |
| キーワード(3)（和/英） | EM法 / EM algorithm |
| キーワード(4)（和/英） | RecAタンパク質 / RecA protein |
| 第 1 著者 氏名（和/英） | 永井 友理 / Yuri NAGAI |
| 第 1 著者 所属（和/英） | 早稲田大学 大学院 理工学研究科 電気・情報生命専攻 Waseda University |
| 第 2 著者 氏名（和/英） | 胡桃坂 仁志 / Hitoshi KURUMIZAKA |
| 第 2 著者 所属（和/英） | 早稲田大学 Waseda University |
| 第 3 著者 氏名（和/英） | 村田 昇 / Noboru MURATA |
| 第 3 著者 所属（和/英） | 早稲田大学 Waseda University |
| 発表年月日 | 2006-06-15 |
| 資料番号 | NC2006-21 |
| 巻番号（vol） | vol.106 |
| 号番号（no） | 101 |
| ページ範囲 | pp.- |
| ページ数 | 6 |
| 発行日 | |