| 講演名 | 2006-06-15 ネットワーク型雑音除去によるマイクロアレイデータから由薬剤耐性予測(機械学習によるバイオデータマインニング) 加藤 毅, 三浦 康, 村田 幸生, 浅井 潔, ホートン ポール, 藤渕 航, 津田 宏治, |
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| 抄録(和) | マイクロアレイデータから抗がん剤の耐性を予測するのは難しいタスクである.その理由のひとつにマイクロアレイデータが多くの雑音を含んでいることがあげられる.本論文ではオフ部分空間雑音除去法を拡張して配列相同性やたんばく質相互作用などから得られる非一様なネットワークデータを利用して雑音を除去する方法を提案する.実験により,薬剤耐性予測にこの雑音除去法を組み合わせると,予測性能が向上することを示す. |
| 抄録(英) | Prediction of human cell response to anti-cancer drugs (compounds) from microarray data is a challenging problem, due to the noise properties of microarrays as well as the high variance of living cell responses to drugs. Hence there is a strong need for more practical and robust methods than standard methods for real-value prediction. We devised an extended version of the off-subspace noise-reduction (de-noising) method to incorporate heterogeneous network data such as sequence similarity or protein protein interactions into a single framework. Experimental results show that prediction performance is improved by combining a prediction method with our de-noising method. |
| キーワード(和) | マイクロアレイデータ / 抗がん剤 / ネットワーク / オフ部分空間雑音除去法 |
| キーワード(英) | microarray data / anti-cancer drugs / network / off-subspace de-noising method |
| 資料番号 | NC2006-16 |
| 発行日 |
| 研究会情報 | |
| 研究会 | NC |
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| 開催期間 | 2006/6/8(から1日開催) |
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| テーマ（和） | |
| テーマ（英） | |
| 委員長氏名（和） | |
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| 副委員長氏名（和） | |
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| 幹事氏名（和） | |
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| 幹事補佐氏名（和） | |
| 幹事補佐氏名（英） | |
| 講演論文情報詳細 | |
| 申込み研究会 | Neurocomputing (NC) |
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| 本文の言語 | ENG |
| タイトル（和） | ネットワーク型雑音除去によるマイクロアレイデータから由薬剤耐性予測(機械学習によるバイオデータマインニング) |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | Drug-response prediction from microarray data using network-based de-noising |
| サブタイトル（和） | |
| キーワード(1)（和/英） | マイクロアレイデータ / microarray data |
| キーワード(2)（和/英） | 抗がん剤 / anti-cancer drugs |
| キーワード(3)（和/英） | ネットワーク / network |
| キーワード(4)（和/英） | オフ部分空間雑音除去法 / off-subspace de-noising method |
| 第 1 著者 氏名（和/英） | 加藤 毅 / Tsuyoshi KATO |
| 第 1 著者 所属（和/英） | 東京大学大学院新領域創成科学研究科 Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo |
| 第 2 著者 氏名（和/英） | 三浦 康 / Koh MIURA |
| 第 2 著者 所属（和/英） | 東北大学大学院生体調節外科 Division of Biological Regulation and Oncology, Department of Surgery, Tohoku University Graduate School of Medicine |
| 第 3 著者 氏名（和/英） | 村田 幸生 / Yukio MURATA |
| 第 3 著者 所属（和/英） | 東北大学大学院生体調節外科 Division of Biological Regulation and Oncology, Department of Surgery, Tohoku University Graduate School of Medicine |
| 第 4 著者 氏名（和/英） | 浅井 潔 / Kiyoshi ASAI |
| 第 4 著者 所属（和/英） | 東京大学大学院新領域創成科学研究科:産総研 生命情報科学研究センター Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo:AIST Computational Biology Research Center |
| 第 5 著者 氏名（和/英） | ホートン ポール / Paul B. HORTON |
| 第 5 著者 所属（和/英） | 産総研 生命情報科学研究センター AIST Computational Biology Research Center |
| 第 6 著者 氏名（和/英） | 藤渕 航 / Wataru FUJIBUCHI |
| 第 6 著者 所属（和/英） | 産総研 生命情報科学研究センター AIST Computational Biology Research Center |
| 第 7 著者 氏名（和/英） | 津田 宏治 / Koji TSUDA |
| 第 7 著者 所属（和/英） | 産総研 生命情報科学研究センター AIST Computational Biology Research Center |
| 発表年月日 | 2006-06-15 |
| 資料番号 | NC2006-16 |
| 巻番号（vol） | vol.106 |
| 号番号（no） | 101 |
| ページ範囲 | pp.- |
| ページ数 | 6 |
| 発行日 | |