| 講演名 | 2006-05-24 隠れマルコフモデルを用いたDNA配列設計 前村 一哉, 小野 廣隆, 定兼 邦彦, 山下 雅史, |
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| 抄録(和) | DNAコンピューティングとは,DNA同士の反応過程を計算として見なした新しい計算パラダイムである.DNAコンピューティングでは,計算に使用するDNA分子の塩基配列を設計することが重要な研究テーマのひとつとなっている.DNA分子が意図したように反応するには,様々な制約をできるだけ満たす配列を準備する必要がある.このため従来様々な塩基配列の設計手法が研究されてきたが,本研究では隠れマルコフモデルを用いた配列設計を提案する.隠れマルコフモデルはマルコフ過程を利用した確率モデルである.本論文では,試験的な配列設計として行った,DNAのもつ最小自由エネルギーが小さい配列の設計の実験と結果について述べる. |
| 抄録(英) | DNA computing is a new computation paradigm to take reaction process of DNA as computation. The design of DNA sequence is a one of crucial research topics in DNA computing. We have to prepare DNA sequences that satisfy many constraints to react DNA as we expected. In our research, we propose sequence design using Hidden Markov Models. Hidden Markov Model is a stochastic model utilizing Markov process. In this paper, as a test of this method, we show experiments and their results of sequence design of DNA whose minimum free energy is small. |
| キーワード(和) | DNAコンピューティング / 配列設計 / 隠れマルコフモデル / 機械学習 |
| キーワード(英) | DNA Computing / Sequence Design / Hidden Markov Model / Machine Learning |
| 資料番号 | COMP2006-15 |
| 発行日 |
| 研究会情報 | |
| 研究会 | COMP |
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| 開催期間 | 2006/5/17(から1日開催) |
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| テーマ（和） | |
| テーマ（英） | |
| 委員長氏名（和） | |
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| 副委員長氏名（英） | |
| 幹事氏名（和） | |
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| 幹事補佐氏名（和） | |
| 幹事補佐氏名（英） | |
| 講演論文情報詳細 | |
| 申込み研究会 | Theoretical Foundations of Computing (COMP) |
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| 本文の言語 | JPN |
| タイトル（和） | 隠れマルコフモデルを用いたDNA配列設計 |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | DNA Sequence Desgin Using Hidden Markov Models |
| サブタイトル（和） | |
| キーワード(1)（和/英） | DNAコンピューティング / DNA Computing |
| キーワード(2)（和/英） | 配列設計 / Sequence Design |
| キーワード(3)（和/英） | 隠れマルコフモデル / Hidden Markov Model |
| キーワード(4)（和/英） | 機械学習 / Machine Learning |
| 第 1 著者 氏名（和/英） | 前村 一哉 / Kazuya MAEMURA |
| 第 1 著者 所属（和/英） | 九州大学大学院 システム情報科学府 Dept. of Computer Science and Communication Engineering, Kyushu University |
| 第 2 著者 氏名（和/英） | 小野 廣隆 / Hirotaka ONO |
| 第 2 著者 所属（和/英） | 九州大学大学院 システム情報科学研究院 Dept. of Computer Science and Communication Engineering, Kyushu University |
| 第 3 著者 氏名（和/英） | 定兼 邦彦 / Kunihiko SADAKANE |
| 第 3 著者 所属（和/英） | 九州大学大学院 システム情報科学研究院 Dept. of Computer Science and Communication Engineering, Kyushu University |
| 第 4 著者 氏名（和/英） | 山下 雅史 / Masafumi YAMASHITA |
| 第 4 著者 所属（和/英） | 九州大学大学院 システム情報科学研究院 Dept. of Computer Science and Communication Engineering, Kyushu University |
| 発表年月日 | 2006-05-24 |
| 資料番号 | COMP2006-15 |
| 巻番号（vol） | vol.106 |
| 号番号（no） | 63 |
| ページ範囲 | pp.- |
| ページ数 | 8 |
| 発行日 | |