| 講演名 | 2006-01-18 データ転送網を用いた確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装の検討(FPGAとその応用及び一般) 吉見 真聡, 長名 保範, 岩岡 洋, 西川 由理, 小嶋 利紀, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明, 天野 英晴, |
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| 抄録(和) | 確率モデル生化学シミュレーションアルゴリズム(SSA)は, 生化学システムの厳密なシミュレーションが可能である一方, 膨大な計算時間を要求することが知られている.本研究報告では, Next Reaction Method (SSA-NRM)をFPGA上で高スループットに実行することを目的として, シミュレーションデータ部分(DU)と計算部分のデータ転送をルータを介して接続する手法に関しての予備評価を行った.その結果, 単一のシミュレーション速度は汎用プロセッサに劣るものの, 中規模なFPGAに15個以上のDUを搭載可能であるため, 汎用プロセッサの演算能力を超える性能が期待できることがわかった. |
| 抄録(英) | A high-perfomance biochemical simulator using a reconfigurable system draws attention as a low-cost solution from biologists. Especially, stochastic simulation algorithms (SSAs) are widely known to be rigorous, but also to be time-consuming for advanced microprocessors due to its algorithm characteristics. In this research report, a prototype of data-transfer network based on SSA-NRM(Next Reaction Method) simulator is designed and evaluated with the most basic configuration. The evaluation result indicates high-throughput capability for large-scale biochemical systems. |
| キーワード(和) | データ接続網 / FPGA / 確率モデル生化学シミュレーション |
| キーワード(英) | Data-transfer network / FPGA / Stochastic biochemical simulation |
| 資料番号 | VLD2005-105,CPSY2005-61,RECONF2005-94 |
| 発行日 |
| 研究会情報 | |
| 研究会 | RECONF |
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| 開催期間 | 2006/1/11(から1日開催) |
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| 委員長氏名（和） | |
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| 幹事氏名（和） | |
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| 幹事補佐氏名（和） | |
| 幹事補佐氏名（英） | |
| 講演論文情報詳細 | |
| 申込み研究会 | Reconfigurable Systems (RECONF) |
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| 本文の言語 | JPN |
| タイトル（和） | データ転送網を用いた確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装の検討(FPGAとその応用及び一般) |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | A Stochastic Biochemical Simulator with a Data-transfer Network on an FPGA |
| サブタイトル（和） | |
| キーワード(1)（和/英） | データ接続網 / Data-transfer network |
| キーワード(2)（和/英） | FPGA / FPGA |
| キーワード(3)（和/英） | 確率モデル生化学シミュレーション / Stochastic biochemical simulation |
| 第 1 著者 氏名（和/英） | 吉見 真聡 / Masato YOSHIMI |
| 第 1 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学大学院理工学研究科 Graduate School of Science and Technology, Keio University |
| 第 2 著者 氏名（和/英） | 長名 保範 / Yasunori OSANA |
| 第 2 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学大学院理工学研究科 Graduate School of Science and Technology, Keio University |
| 第 3 著者 氏名（和/英） | 岩岡 洋 / Yow IWAOKA |
| 第 3 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学大学院理工学研究科 Graduate School of Science and Technology, Keio University |
| 第 4 著者 氏名（和/英） | 西川 由理 / Yuri NISHIKAWA |
| 第 4 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学理工学部 Faculty of Science and Technology, Keio University |
| 第 5 著者 氏名（和/英） | 小嶋 利紀 / Toshinori KOJIMA |
| 第 5 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学理工学部 Faculty of Science and Technology, Keio University |
| 第 6 著者 氏名（和/英） | 舟橋 啓 / Akira FUNAHASHI |
| 第 6 著者 所属（和/英） | 科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト Kitano Symbiotic Systems Project, ERATO-SORST, Japan Science and Technology Agency |
| 第 7 著者 氏名（和/英） | 広井 賀子 / Noriko HIROI |
| 第 7 著者 所属（和/英） | 科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト Kitano Symbiotic Systems Project, ERATO-SORST, Japan Science and Technology Agency |
| 第 8 著者 氏名（和/英） | 柴田 裕一郎 / Yuichiro SHIBATA |
| 第 8 著者 所属（和/英） | 長崎大学工学部情報システム工学科 Dept. of Computer and Information Sciences, Nagasaki University |
| 第 9 著者 氏名（和/英） | 岩永 直樹 / Naoki IWANAGA |
| 第 9 著者 所属（和/英） | 長崎大学工学部情報システム工学科 Dept. of Computer and Information Sciences, Nagasaki University |
| 第 10 著者 氏名（和/英） | 北野 宏明 / Hiroaki KITANO |
| 第 10 著者 所属（和/英） | 科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト Kitano Symbiotic Systems Project, ERATO-SORST, Japan Science and Technology Agency |
| 第 11 著者 氏名（和/英） | 天野 英晴 / Hideharu AMANO |
| 第 11 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学大学院理工学研究科 Graduate School of Science and Technology, Keio University |
| 発表年月日 | 2006-01-18 |
| 資料番号 | VLD2005-105,CPSY2005-61,RECONF2005-94 |
| 巻番号（vol） | vol.105 |
| 号番号（no） | 518 |
| ページ範囲 | pp.- |
| ページ数 | 6 |
| 発行日 | |