| 講演名 | 2006-01-12 サポート・ベクター・マシンにおける遺伝子のエクソン・イントロン境界識別に適した塩基表現 冨成 裕輔, 藤田 祐司, 山森 一人, 吉原 郁夫, |
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| 抄録(和) | 本報告では, 遺伝情報解析の有効な手段の1つであるサポート・ベクター・マシンを用いて, 遺伝子のエクソン・イントロン境界識別を行う. SVMを用いた研究の多くでは, 遺伝的プログラミングやニューラルネットワークなどによる研究と同様に各塩基のコード化には, 2変数表現, 4変数表現が用いられている. そこで, 我々はサポートベクター・マシンが学習データの識別にユークリッド距離を用いることに注目し, コード化した塩基間のユークリッド距離を均一としつつ, 変数を減らした3変数表現を提案する. さらに, 各表現でコード化された塩基列データを用い, 認識精度の比較・検討を行った. その結果, 3変数表現でも4変数表現と同様の高い識別率を得ることができた. |
| 抄録(英) | In this report, we propose three-tuple encoding to identify Exon-Intron boundaries of gene by Support Vector Machine. In conventional experiments by Genetic Programing or Neural Network, they used 2-bits or 4-bits binary encoding to express the bases. We focuced on that only the euclidean distance is used in Support Vector Machine. We propose three-tuple encoding which the three-tuple encoding has some features that the euclidean distance of between bases is equal, and dimension of a code is small. We compared with boundary identification rate among three kinds of based expression. The identification rate of three-tuple expression was high as well as one of 4-bit. |
| キーワード(和) | サポート・ベクター・マシン / 遺伝子 / エクソン-イントロン / コード化 |
| キーワード(英) | Support Vector Machine / Genome / Exon-Intron / Encoding |
| 資料番号 | CAS2005-84 |
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| 研究会情報 | |
| 研究会 | CAS |
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| 開催期間 | 2006/1/5(から1日開催) |
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| 委員長氏名（和） | |
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| 幹事氏名（和） | |
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| 幹事補佐氏名（和） | |
| 幹事補佐氏名（英） | |
| 講演論文情報詳細 | |
| 申込み研究会 | Circuits and Systems (CAS) |
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| 本文の言語 | JPN |
| タイトル（和） | サポート・ベクター・マシンにおける遺伝子のエクソン・イントロン境界識別に適した塩基表現 |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | Comparison with Base Expression to Identify Exon-Intron Boundaries of Gene by Support Vector Machine |
| サブタイトル（和） | |
| キーワード(1)（和/英） | サポート・ベクター・マシン / Support Vector Machine |
| キーワード(2)（和/英） | 遺伝子 / Genome |
| キーワード(3)（和/英） | エクソン-イントロン / Exon-Intron |
| キーワード(4)（和/英） | コード化 / Encoding |
| 第 1 著者 氏名（和/英） | 冨成 裕輔 / Yusuke TOMINARI |
| 第 1 著者 所属（和/英） | 宮崎大学工学研究科 Graduate School of Miyazaki, Miyazaki Univercity |
| 第 2 著者 氏名（和/英） | 藤田 祐司 / Yuji FUJITA |
| 第 2 著者 所属（和/英） | 宮崎大学工学研究科 Graduate School of Miyazaki, Miyazaki Univercity |
| 第 3 著者 氏名（和/英） | 山森 一人 / Kunihito YAMAMORI |
| 第 3 著者 所属（和/英） | 宮崎大学工学部情報システム工学科 Facutly of Engineering, Miyazaki Univercity |
| 第 4 著者 氏名（和/英） | 吉原 郁夫 / Ikuo YOSHIHARA |
| 第 4 著者 所属（和/英） | 宮崎大学工学部情報システム工学科 Facutly of Engineering, Miyazaki Univercity |
| 発表年月日 | 2006-01-12 |
| 資料番号 | CAS2005-84 |
| 巻番号（vol） | vol.105 |
| 号番号（no） | 503 |
| ページ範囲 | pp.- |
| ページ数 | 6 |
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