| 講演名 | 2006-01-12 塩基記号を入力とした遺伝的プログラミングによるエクソン・イントロン境界判別モデルの生成 藤田 祐司, 山森 一人, 吉原 郁夫, 相川 勝, |
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| 抄録(和) | 我々は遺伝子塩基配列中のエクソン・イントロン境界を判別する有効な手法の一つとして遺伝的プログラミング(Genetic Programming : GP)について研究を行ってきた. これまで, A, G, C, Tで表される4種の塩基記号を2または4ビット長で符号化しモデル生成を行っていたが, 各ビットを独立して入力とするため生成されたモデルは塩基記号を直接反映していなかった. 2または4ビットで符号化すると入力する候補が2倍, 4倍になるので学習モデルの生成までに多くの入力候補の組み合わせを試さなくてはならない. そこで本報告では塩基記号を直接入力とするモデルをGPにより生成する手法と生成した境界判別モデルの判別率について報告する. |
| 抄録(英) | Genetic Programming (GP) is one of a method to identify exon-intron boundaries in gene sequences. In conventional method, bases are represented by 2- or 4-bits length binary codes and these bits are independently used as inputs to the identification model. However, the identification model is not directly reflect bases. Here we report a method to generate exon-intron boundaries identify model by GP which can directly use bases as inputs. |
| キーワード(和) | エクソン / イントロン / DNA塩基配列 / 遺伝的プログラミング |
| キーワード(英) | Exon / Intron / DNA sequence / Genetic Programming |
| 資料番号 | CAS2005-75 |
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| 研究会情報 | |
| 研究会 | CAS |
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| 開催期間 | 2006/1/5(から1日開催) |
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| 委員長氏名（和） | |
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| 幹事氏名（和） | |
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| 幹事補佐氏名（和） | |
| 幹事補佐氏名（英） | |
| 講演論文情報詳細 | |
| 申込み研究会 | Circuits and Systems (CAS) |
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| 本文の言語 | JPN |
| タイトル（和） | 塩基記号を入力とした遺伝的プログラミングによるエクソン・イントロン境界判別モデルの生成 |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | Generation of Character-base Model by Genetic Programming to Identify Exon-Intron Boundaries |
| サブタイトル（和） | |
| キーワード(1)（和/英） | エクソン / Exon |
| キーワード(2)（和/英） | イントロン / Intron |
| キーワード(3)（和/英） | DNA塩基配列 / DNA sequence |
| キーワード(4)（和/英） | 遺伝的プログラミング / Genetic Programming |
| 第 1 著者 氏名（和/英） | 藤田 祐司 / Yuji FUJITA |
| 第 1 著者 所属（和/英） | 宮崎大学大学院 工学研究科 Graduate School of Engineering, University of Miyazaki |
| 第 2 著者 氏名（和/英） | 山森 一人 / Kunihito YAMAMORI |
| 第 2 著者 所属（和/英） | 宮崎大学 工学部 情報システム工学科 Faculty of Engineering., University of Miyazaki |
| 第 3 著者 氏名（和/英） | 吉原 郁夫 / Ikuo YOSHIHARA |
| 第 3 著者 所属（和/英） | 宮崎大学 工学部 情報システム工学科 Faculty of Engineering., University of Miyazaki |
| 第 4 著者 氏名（和/英） | 相川 勝 / Masaru AIKAWA |
| 第 4 著者 所属（和/英） | 宮崎大学 工学部 情報システム工学科 Faculty of Engineering., University of Miyazaki |
| 発表年月日 | 2006-01-12 |
| 資料番号 | CAS2005-75 |
| 巻番号（vol） | vol.105 |
| 号番号（no） | 503 |
| ページ範囲 | pp.- |
| ページ数 | 6 |
| 発行日 | |