| 講演名 | 2005-09-15 FPGAを用いた生化学シミュレータ向けSBML処理系の構築(リコンフィギャラブル応用I) 岩岡 洋, 長名 保範, 吉見 真聡, 小嶋 利紀, 西川 由理, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明, 天野 英晴, |
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| 抄録(和) | 計算機を利用した生化学反応のシミュレーションが行なわれるようになってきた。大規模なシミュレーションモデルを扱う場合、膨大な計算時間を要するため、FPGAを用いてシミュレーションを高速化する研究が行われている。しかし、これまでの研究は主としてアルゴリズムの高速化であり、ユーザの利便性は考えられていなかった。そこでシステム生物学ではデファクトスタンダードとして用いられているモデル記述言語SBMLを利用可能とするためのインタフェイスソフトウェアを実装し、その際のオーバーヘッドなどの評価を取った。 |
| 抄録(英) | Today, there are many simulators which simulates biochemical reactions. And an FPGA based simulator was developed because a large scale simulation brings compute time growth. However, it carrys out only accelerating, and does not pay attention to usability. In this research report, interface software which accepts SBML models is implemented, and this overhead is evaluated. |
| キーワード(和) | 生化学シミュレーション |
| キーワード(英) | SBML / FPGA / Biochemical Simulation / ReCSiP |
| 資料番号 | RECONF2005-40 |
| 発行日 |
| 研究会情報 | |
| 研究会 | RECONF |
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| 開催期間 | 2005/9/8(から1日開催) |
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| テーマ（和） | |
| テーマ（英） | |
| 委員長氏名（和） | |
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| 幹事氏名（和） | |
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| 幹事補佐氏名（和） | |
| 幹事補佐氏名（英） | |
| 講演論文情報詳細 | |
| 申込み研究会 | Reconfigurable Systems (RECONF) |
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| 本文の言語 | JPN |
| タイトル（和） | FPGAを用いた生化学シミュレータ向けSBML処理系の構築(リコンフィギャラブル応用I) |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | Building of the SBML System for an FPGA-based Biochemical Simulator |
| サブタイトル（和） | |
| キーワード(1)（和/英） | 生化学シミュレーション / SBML |
| 第 1 著者 氏名（和/英） | 岩岡 洋 / Yow Iwaoka |
| 第 1 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学大学院理工学研究科 Graduate School of Science and Technology, Keio University |
| 第 2 著者 氏名（和/英） | 長名 保範 / Yasunori Osana |
| 第 2 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学大学院理工学研究科 Graduate School of Science and Technology, Keio University |
| 第 3 著者 氏名（和/英） | 吉見 真聡 / Masato Yoshimi |
| 第 3 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学大学院理工学研究科 Graduate School of Science and Technology, Keio University |
| 第 4 著者 氏名（和/英） | 小嶋 利紀 / Toshinori Kojima |
| 第 4 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学理工学部 Faculty of Science and Technology, Keio University |
| 第 5 著者 氏名（和/英） | 西川 由理 / Yuri Nishikawa |
| 第 5 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学理工学部 Faculty of Science and Technology, Keio University |
| 第 6 著者 氏名（和/英） | 舟橋 啓 / Akira Hunahashi |
| 第 6 著者 所属（和/英） | 科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト Kitano Symbiotic Systems Project, ERATO-SORST, Japan Science and Technology Agency |
| 第 7 著者 氏名（和/英） | 広井 賀子 / Noriko Hiroi |
| 第 7 著者 所属（和/英） | 科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト Kitano Symbiotic Systems Project, ERATO-SORST, Japan Science and Technology Agency |
| 第 8 著者 氏名（和/英） | 柴田 裕一郎 / Yuichiro Shibata |
| 第 8 著者 所属（和/英） | 長崎大学工学部情報システム工学科 Dept. of Computer and Information Sciences, Nagasaki University |
| 第 9 著者 氏名（和/英） | 岩永 直樹 / Naoki Iwanaga |
| 第 9 著者 所属（和/英） | 長崎大学工学部情報システム工学科 Dept. of Computer and Information Sciences, Nagasaki University |
| 第 10 著者 氏名（和/英） | 北野 宏明 / Hiroaki Kitano |
| 第 10 著者 所属（和/英） | 科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト Kitano Symbiotic Systems Project, ERATO-SORST, Japan Science and Technology Agency |
| 第 11 著者 氏名（和/英） | 天野 英晴 / Hideharu Amano |
| 第 11 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学理工学部 Faculty of Science and Technology, Keio University |
| 発表年月日 | 2005-09-15 |
| 資料番号 | RECONF2005-40 |
| 巻番号（vol） | vol.105 |
| 号番号（no） | 287 |
| ページ範囲 | pp.- |
| ページ数 | 6 |
| 発行日 | |