| 講演名 | 2005-09-15 FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPのシミュレーション制御機構(リコンフィギャラブル応用I) 長名 保範, 吉見 真聡, 岩岡 洋, 小嶋 利紀, 西川 由理, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明, 天野 英晴, |
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| 抄録(和) | 現代の生物学において、生命現象の数理モデリングと数値シミュレーションによる解析は、実験と並んで重要な研究の手段になりつつある。しかし、数理モデルのパラメータを実験結果にフィッティングするような作業において、大きなパラメータ空間をスキャンするような場合には計算時間が深刻な問題となる。ReCSiPは、このような問題を解決するために開発されたFPGAによる生化学シミュレータであり、4年半の開発期間を経てフロントエンドから計算モジュールまでの計算システムが完成しつつある。本稿では、ReCSiPの計算モジュールを制御する機構の動作について述べるとともに、さらに高い性能対面積比を実現するための改良方法について考察する。 |
| 抄録(英) | Mathematical modeling and simulations of biochemical systems are now essential for biological researches. However, modern microprocessors can't provide enough throughput for parameter fitting of the models, or simulation of large scale systems. ReCSiP is an accelerated biochemical simulator on an FPGA, and it's now in the final stage to be released as an "system" which includes from front-end GUI tools to simulatior modules on FP-GAs. In this report, the control mechanism of ReCSiP is described, then approarches to achieve higher throughput per area ratio are discussed. |
| キーワード(和) | 生化学シミュレーション / 計算制御機構 |
| キーワード(英) | FPGA / ReCSiP / biochemical simulations / control mechanism |
| 資料番号 | RECONF2005-39 |
| 発行日 |
| 研究会情報 | |
| 研究会 | RECONF |
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| 開催期間 | 2005/9/8(から1日開催) |
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| 委員長氏名（和） | |
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| 幹事氏名（和） | |
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| 幹事補佐氏名（和） | |
| 幹事補佐氏名（英） | |
| 講演論文情報詳細 | |
| 申込み研究会 | Reconfigurable Systems (RECONF) |
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| 本文の言語 | JPN |
| タイトル（和） | FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPのシミュレーション制御機構(リコンフィギャラブル応用I) |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | The Control Mechanism of an FPGA-Based Biochemical Simulator ReCSiP |
| サブタイトル（和） | |
| キーワード(1)（和/英） | 生化学シミュレーション / FPGA |
| キーワード(2)（和/英） | 計算制御機構 / ReCSiP |
| 第 1 著者 氏名（和/英） | 長名 保範 / Yasunori OSANA |
| 第 1 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学大学院理工学研究科 Graduate School of Science and Technology, Keio University |
| 第 2 著者 氏名（和/英） | 吉見 真聡 / Masato YOSHIMI |
| 第 2 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学大学院理工学研究科 Graduate School of Science and Technology, Keio University |
| 第 3 著者 氏名（和/英） | 岩岡 洋 / Yow IWAOKA |
| 第 3 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学大学院理工学研究科 Graduate School of Science and Technology, Keio University |
| 第 4 著者 氏名（和/英） | 小嶋 利紀 / Toshinori KOJIMA |
| 第 4 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学理工学部情報工学科 Department of Information and Computer Science, Faculty of Science and Technology, Keio University |
| 第 5 著者 氏名（和/英） | 西川 由理 / Yuri NISHIKAWA |
| 第 5 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学理工学部情報工学科 Department of Information and Computer Science, Faculty of Science and Technology, Keio University |
| 第 6 著者 氏名（和/英） | 舟橋 啓 / Akira FUNAHASHI |
| 第 6 著者 所属（和/英） | 科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト Kitano Symbiotic Project, ERATO-SORST, Japan Science and Technology Corporation |
| 第 7 著者 氏名（和/英） | 広井 賀子 / Noriko HIROI |
| 第 7 著者 所属（和/英） | 科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト Kitano Symbiotic Project, ERATO-SORST, Japan Science and Technology Corporation |
| 第 8 著者 氏名（和/英） | 柴田 裕一郎 / Yuichiro SHIBATA |
| 第 8 著者 所属（和/英） | 長崎大学工学部情報システム工学科 Department of Computer and Information Scienecs, Nagasaki University |
| 第 9 著者 氏名（和/英） | 岩永 直樹 / Naoki IWANAGA |
| 第 9 著者 所属（和/英） | 長崎大学工学部情報システム工学科 Department of Computer and Information Scienecs, Nagasaki University |
| 第 10 著者 氏名（和/英） | 北野 宏明 / Hiroaki KITANO |
| 第 10 著者 所属（和/英） | 科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト Kitano Symbiotic Project, ERATO-SORST, Japan Science and Technology Corporation |
| 第 11 著者 氏名（和/英） | 天野 英晴 / Hideharu AMANO |
| 第 11 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学大学院理工学研究科 Graduate School of Science and Technology, Keio University |
| 発表年月日 | 2005-09-15 |
| 資料番号 | RECONF2005-39 |
| 巻番号（vol） | vol.105 |
| 号番号（no） | 287 |
| ページ範囲 | pp.- |
| ページ数 | 6 |
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