| 講演名 | 2005-05-12 FPGAを用いた生化学シミュレータにおける反応速度関数スケジューリングに関する検討(リコンフィギャラブル応用I, リコンフィギャラブルシステム, 一般) 岩永 直樹, 柴田 裕一郎, 吉見 真聡, 長名 保範, 岩岡 洋, 福島 知紀, 天野 英晴, 舟橋 啓, 広井 賀子, 北野 宏明, 小栗 清, |
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| 抄録(和) | 常微分方程式を解く再構成可能な生化学シミュレータが、研究者が個人で利用できる高速なシミュレーション環境として注目されてきている。再構成可能なハードウェアを効率良く利用するには、高スループットな演算パイプラインの静的スケジューリングが重要である。本稿では、いくつかのスケジューリング方法を示し、性能とハードウェア量のトレードオフの比較を行なった。この結果、共有化優先スケジューリングでは平均で33.8%のハードウェア量を削減することができたが、スループットでは最大で11.5%の性能低下が見られた。また、反応速度関数を共有することによる影響も検討した。 |
| 抄録(英) | A reconfigurable biochemical simulator solving ordinary differential equations has received attention as a personal high speed environment for biochemical researchers. For efficient use of the reconfigurable hardware, static scheduling of high-throughput arithmetic pipeline structures is essential. This paper shows and compares some scheduling alternatives, and analyzes the tradeoffs between performance and hardware amount. Through the evaluation, it is shown that the sharing first scheduling reduces the hardware cost by 33.8% in average, with the up to 11.5% throughput degradation. Effects of sharing rate law functions are also analyzed. |
| キーワード(和) | 生化学シミュレータ / 常微分方程式 / 演算スケジューリング |
| キーワード(英) | biochemical simulator / ordinary differential equation / arithmetic scheduling |
| 資料番号 | RECONF2005-8 |
| 発行日 |
| 研究会情報 | |
| 研究会 | RECONF |
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| 開催期間 | 2005/5/5(から1日開催) |
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| テーマ（和） | |
| テーマ（英） | |
| 委員長氏名（和） | |
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| 幹事氏名（和） | |
| 幹事氏名（英） | |
| 幹事補佐氏名（和） | |
| 幹事補佐氏名（英） | |
| 講演論文情報詳細 | |
| 申込み研究会 | Reconfigurable Systems (RECONF) |
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| 本文の言語 | JPN |
| タイトル（和） | FPGAを用いた生化学シミュレータにおける反応速度関数スケジューリングに関する検討(リコンフィギャラブル応用I, リコンフィギャラブルシステム, 一般) |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | Scheduling of Rate Law Functions for an FPGA-based Biochemical Simulator |
| サブタイトル（和） | |
| キーワード(1)（和/英） | 生化学シミュレータ / biochemical simulator |
| キーワード(2)（和/英） | 常微分方程式 / ordinary differential equation |
| キーワード(3)（和/英） | 演算スケジューリング / arithmetic scheduling |
| 第 1 著者 氏名（和/英） | 岩永 直樹 / Naoki IWANAGA |
| 第 1 著者 所属（和/英） | 長崎大学工学部情報システム工学科 Dept. Computer and Information Sciences, Faculty of Engineering, Nagasaki University |
| 第 2 著者 氏名（和/英） | 柴田 裕一郎 / Yuichiro SHIBATA |
| 第 2 著者 所属（和/英） | 長崎大学工学部情報システム工学科 Dept. Computer and Information Sciences, Faculty of Engineering, Nagasaki University |
| 第 3 著者 氏名（和/英） | 吉見 真聡 / Masato YOSHIMI |
| 第 3 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学理工学部情報工学科 Dept. Information and Computer Science, Faculty of Science and Technology, Keio University |
| 第 4 著者 氏名（和/英） | 長名 保範 / Yasunori OSANA |
| 第 4 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学理工学部情報工学科 Dept. Information and Computer Science, Faculty of Science and Technology, Keio University |
| 第 5 著者 氏名（和/英） | 岩岡 洋 / Yow IWAOKA |
| 第 5 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学理工学部情報工学科 Dept. Information and Computer Science, Faculty of Science and Technology, Keio University |
| 第 6 著者 氏名（和/英） | 福島 知紀 / Tomonori FUKUSHIMA |
| 第 6 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学理工学部情報工学科 Dept. Information and Computer Science, Faculty of Science and Technology, Keio University |
| 第 7 著者 氏名（和/英） | 天野 英晴 / Hideharu AMANO |
| 第 7 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学理工学部情報工学科 Dept. Information and Computer Science, Faculty of Science and Technology, Keio University |
| 第 8 著者 氏名（和/英） | 舟橋 啓 / Akira FUNAHASHI |
| 第 8 著者 所属（和/英） | 科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト Kitano Symbiotic Systems Project, ERATO-SORST, Japan Science and Technology Agency |
| 第 9 著者 氏名（和/英） | 広井 賀子 / Noriko HIROI |
| 第 9 著者 所属（和/英） | 科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト Kitano Symbiotic Systems Project, ERATO-SORST, Japan Science and Technology Agency |
| 第 10 著者 氏名（和/英） | 北野 宏明 / Hiroaki KITANO |
| 第 10 著者 所属（和/英） | 科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト Kitano Symbiotic Systems Project, ERATO-SORST, Japan Science and Technology Agency |
| 第 11 著者 氏名（和/英） | 小栗 清 / Kiyoshi OGURI |
| 第 11 著者 所属（和/英） | 長崎大学工学部情報システム工学科 Dept. Computer and Information Sciences, Faculty of Engineering, Nagasaki University |
| 発表年月日 | 2005-05-12 |
| 資料番号 | RECONF2005-8 |
| 巻番号（vol） | vol.105 |
| 号番号（no） | 42 |
| ページ範囲 | pp.- |
| ページ数 | 6 |
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