| 講演名 | 2005-05-12 ヒープ木を用いた確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装(リコンフィギャラブル応用I, リコンフィギャラブルシステム, 一般) 吉見 真聡, 長名 保範, 岩岡 洋, 福島 知紀, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明, 天野 英晴, |
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| 抄録(和) | 細胞代謝に代表される化学反応が複雑に発生するシステムを計算機上でシミュレーションする試みがなされているが, 計算時間に関する問題は深刻である.確率モデルによる化学反応のシミュレーションは, 処理自体は単純な演算であるものの, 演算を膨大な回数繰り返す必要があるため, 大規模な化学反応システムに対し, 高速にシミュレーションが実行できる手法の実現が期待されている.本報告では, ヒープ木を用いて効率的に化学反応の確率モデルシミュレーションを行うアルゴリズムであるNext Reaction MethodをFPGA上に実装し, 評価を行った.その結果, Dual Xeon 2.4GHzを用いたソフトウェア実行と比較して, 約17.1倍の高速化を実現した. |
| 抄録(英) | Reconfigurabe system can be a high-performance solution in biological simulations. In this research report, the stochastic simulation algorithm proposed by Gibson is implemented on a Xilinx Virtex-IIPRO. The implemented simulator module includes heap-tree using Dualport BlockRAM and deep pipelined floating-point arithmetic units. And it outperforms the software implementation on Dual Xeon 2.4GHz by 17.1 times. |
| キーワード(和) | ヒープ木 / 確率モデルシミュレーション |
| キーワード(英) | Heap tree / FPGA / Stochastic simulation |
| 資料番号 | RECONF2005-7 |
| 発行日 |
| 研究会情報 | |
| 研究会 | RECONF |
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| 開催期間 | 2005/5/5(から1日開催) |
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| 幹事氏名（和） | |
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| 幹事補佐氏名（和） | |
| 幹事補佐氏名（英） | |
| 講演論文情報詳細 | |
| 申込み研究会 | Reconfigurable Systems (RECONF) |
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| 本文の言語 | JPN |
| タイトル（和） | ヒープ木を用いた確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装(リコンフィギャラブル応用I, リコンフィギャラブルシステム, 一般) |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | Design of a Heap-tree Based Scalable Stochastic Biochemical Simulator on an FPGA |
| サブタイトル（和） | |
| キーワード(1)（和/英） | ヒープ木 / Heap tree |
| キーワード(2)（和/英） | 確率モデルシミュレーション / FPGA |
| 第 1 著者 氏名（和/英） | 吉見 真聡 / Masato YOSHIMI |
| 第 1 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学大学院理工学研究科 Graduate School of Science and Technology, Keio University |
| 第 2 著者 氏名（和/英） | 長名 保範 / Yasunori OSANA |
| 第 2 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学大学院理工学研究科 Graduate School of Science and Technology, Keio University |
| 第 3 著者 氏名（和/英） | 岩岡 洋 / Yow IWAOKA |
| 第 3 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学大学院理工学研究科 Graduate School of Science and Technology, Keio University |
| 第 4 著者 氏名（和/英） | 福島 知紀 / Tomonori FUKUSHIMA |
| 第 4 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学大学院理工学研究科 Graduate School of Science and Technology, Keio University |
| 第 5 著者 氏名（和/英） | 舟橋 啓 / Akira HUNAHASHI |
| 第 5 著者 所属（和/英） | 科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト Kitano Symbiotic Systems Project, ERATO-SORST, Japan Science and Technology Agency |
| 第 6 著者 氏名（和/英） | 広井 賀子 / Noriko HIROI |
| 第 6 著者 所属（和/英） | 科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト Kitano Symbiotic Systems Project, ERATO-SORST, Japan Science and Technology Agency |
| 第 7 著者 氏名（和/英） | 柴田 裕一郎 / Yuichiro SHIBATA |
| 第 7 著者 所属（和/英） | 長崎大学工学部情報システム工学科 Dept. of Computer and Information Sciences, Nagasaki University |
| 第 8 著者 氏名（和/英） | 岩永 直樹 / Naoki IWANAGA |
| 第 8 著者 所属（和/英） | 長崎大学工学部情報システム工学科 Dept. of Computer and Information Sciences, Nagasaki University |
| 第 9 著者 氏名（和/英） | 北野 宏明 / Hiroaki KITANO |
| 第 9 著者 所属（和/英） | 科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト Kitano Symbiotic Systems Project, ERATO-SORST, Japan Science and Technology Agency |
| 第 10 著者 氏名（和/英） | 天野 英晴 / Hideharu AMANO |
| 第 10 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学大学院理工学研究科 Graduate School of Science and Technology, Keio University |
| 発表年月日 | 2005-05-12 |
| 資料番号 | RECONF2005-7 |
| 巻番号（vol） | vol.105 |
| 号番号（no） | 42 |
| ページ範囲 | pp.- |
| ページ数 | 6 |
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