| 講演名 | 2005-01-27 複数の準最小木を考慮した遺伝子発現データクラスタリング(コンカレントシステム, 一般) 鹿川 大輔, 名嘉村 盛和, 中島 裕美子, |
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| 抄録(和) | 本論文では, 遺伝子発現データクラスタリング問題において, 良質な解を求めるために, 複数の最小木に基づくクラスタリング手法を提案する. 提案手法では, 各遺伝子の発現データを頂点とする完全グラフに発現データ間の非類似度を表す辺の重みを付加したものを入力データとし, 最小木を求めるプリムのアルゴリズムを重みの誤差を考慮しながら適用することによって複数の準最小木を求める. この時, 求められた木からk-1本の辺を抜くことでk個の部分木を求めることができる. これらの部分木がクラスタに対応づけられることになる. どのk-1本の辺を選択するかによってクラスタリングの結果が変わるため, 最適化手法の遺伝アルゴリズムを適用して進化的に質の高いクラスタリングになるように辺を選択する. 計算機実験により提案手法の有効性を示す. |
| 抄録(英) | This paper proposes a clustering method based on multiple quasi-minimal spanning trees to obtain good quality clusters from genetic expression data. In the proposed method, we get multiple quasi-minimal spanning trees from the complete graph in which each gene expression corresponds to a node and each edge is weighted with unlikeness value between the terminal nodes by applying Prim's algorithm with taking errors of edge weights into consideration. We can obtain k partial trees which corresponds to k clusters when we remove k-1 edges from a quasi-minimal spanning tree. The quality of clustering depends on the set of removed edges. Therefore, we apply genetic algorithms to select k-1 edges so that the clustering can be better quality. Experimental evaluation shows the effectiveness of our proposed method. |
| キーワード(和) | 遺伝子発現データクラスタリング / 最小木 / 遺伝的局所探索 |
| キーワード(英) | Gene expression data clustering / Minimal spanning tree / Genetic Local Search |
| 資料番号 | CST2004-49 |
| 発行日 |
| 研究会情報 | |
| 研究会 | CST |
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| 開催期間 | 2005/1/20(から1日開催) |
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| テーマ（和） | |
| テーマ（英） | |
| 委員長氏名（和） | |
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| 副委員長氏名（英） | |
| 幹事氏名（和） | |
| 幹事氏名（英） | |
| 幹事補佐氏名（和） | |
| 幹事補佐氏名（英） | |
| 講演論文情報詳細 | |
| 申込み研究会 | Concurrent System Technology (CST) |
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| 本文の言語 | JPN |
| タイトル（和） | 複数の準最小木を考慮した遺伝子発現データクラスタリング(コンカレントシステム, 一般) |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | A Clustering Method based on Multiple Quasi-Minimum Spanning Trees |
| サブタイトル（和） | |
| キーワード(1)（和/英） | 遺伝子発現データクラスタリング / Gene expression data clustering |
| キーワード(2)（和/英） | 最小木 / Minimal spanning tree |
| キーワード(3)（和/英） | 遺伝的局所探索 / Genetic Local Search |
| 第 1 著者 氏名（和/英） | 鹿川 大輔 / Daisuke KAGAWA |
| 第 1 著者 所属（和/英） | 琉球大学 University of the Ryukyus |
| 第 2 著者 氏名（和/英） | 名嘉村 盛和 / Morikazu NAKAMURA |
| 第 2 著者 所属（和/英） | 琉球大学 University of the Ryukyus |
| 第 3 著者 氏名（和/英） | 中島 裕美子 / Yumiko NAKAJIMA |
| 第 3 著者 所属（和/英） | 琉球大学遺伝子実験センター Center of Molecular Biosciences |
| 発表年月日 | 2005-01-27 |
| 資料番号 | CST2004-49 |
| 巻番号（vol） | vol.104 |
| 号番号（no） | 593 |
| ページ範囲 | pp.- |
| ページ数 | 5 |
| 発行日 | |