| 講演名 | 2005-02-24 カーネル行列補完による生物学的ネットワークの推定(学習理論とパターン認識メディア理解, 学習理論とパターン認識メディア理解, 機械学習による自然言語処理・言語処理を利用したメディア理解, 一般) 加藤 毅, 津田 宏治, 浅井 潔, |
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| 抄録(和) | バイオインフォマティクスにおいてタンパク質のネットワークを推定することは重要な問題の一つである.本論文では, 教師つきネットワーク推定のための新たな方法を提案する.筆者らはネットワーク推定をカーネル行列の補完問題として定式化し, 未知要素を推定するためのEM法を開発した.提案法を2種類の生物学的ネットワークに適用したところ, いずれに対しても従来法を凌駕する実験結果を得た. |
| 抄録(英) | Inferring networks of proteins from biological data is a central issue of computational biology. Most network inference methods, including Bayesian networks, take unsupervised approaches in which the network is totally unknown in the beginning, and all the edges have to be predicted. We propose a new kernel-based method for supervised graph inference based on multiple types of biological data such as gene expression, phylogenetic profiles, and amino acid sequences. Our approach is favorably tested in two biological networks : a metabolic network and a protein interaction network. |
| キーワード(和) | 生物学的ネットワーク / 教師ありネットワーク推定 / カーネル行列補完 / EM法 |
| キーワード(英) | biological network / supervised network inference / kernel matrix completion / EM algorithm |
| 資料番号 | NLC2004-97,PRMU2004-179 |
| 発行日 |
| 研究会情報 | |
| 研究会 | NLC |
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| 開催期間 | 2005/2/17(から1日開催) |
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| テーマ（英） | |
| 委員長氏名（和） | |
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| 幹事氏名（英） | |
| 幹事補佐氏名（和） | |
| 幹事補佐氏名（英） | |
| 講演論文情報詳細 | |
| 申込み研究会 | Natural Language Understanding and Models of Communication (NLC) |
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| 本文の言語 | ENG |
| タイトル（和） | カーネル行列補完による生物学的ネットワークの推定(学習理論とパターン認識メディア理解, 学習理論とパターン認識メディア理解, 機械学習による自然言語処理・言語処理を利用したメディア理解, 一般) |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | Biological network inference via kernel matrix completion |
| サブタイトル（和） | |
| キーワード(1)（和/英） | 生物学的ネットワーク / biological network |
| キーワード(2)（和/英） | 教師ありネットワーク推定 / supervised network inference |
| キーワード(3)（和/英） | カーネル行列補完 / kernel matrix completion |
| キーワード(4)（和/英） | EM法 / EM algorithm |
| 第 1 著者 氏名（和/英） | 加藤 毅 / Tsuyoshi KATO |
| 第 1 著者 所属（和/英） | 産総研生命情報科学研究センター AIST Computational Biology Research Center |
| 第 2 著者 氏名（和/英） | 津田 宏治 / Koji TSUDA |
| 第 2 著者 所属（和/英） | 産総研生命情報科学研究センター AIST Computational Biology Research Center:Max Planck Institute for Biological Cybernetics |
| 第 3 著者 氏名（和/英） | 浅井 潔 / Kiyoshi ASAI |
| 第 3 著者 所属（和/英） | 東京大学大学院新領域創成科学研究科:産総研生命情報科学研究センター Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo:AIST Computational Biology Research Center |
| 発表年月日 | 2005-02-24 |
| 資料番号 | NLC2004-97,PRMU2004-179 |
| 巻番号（vol） | vol.104 |
| 号番号（no） | 667 |
| ページ範囲 | pp.- |
| ページ数 | 6 |
| 発行日 | |