| 講演名 | 2005-01-25 SBML対応細胞シミュレータ環境の構築(応用1, FRGAとその応用及び一般) 岩岡 洋, 長名 保範, 福島 知紀, 吉見 真聡, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明, 天野 英晴, |
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| 抄録(和) | 近年, 細胞内の化学反応機構のシミュレーションに関する研究が盛んである.しかし, 大規模なモデルを扱う場合, 膨大な計算時間を要するため, FPGAを用いてシミュレーションを高速化する研究が行われている.これまでに開発された多くのシミュレータは, SBMLと呼ばれるモデル記述言語が標準的に利用しており, 互換性を保つことが重要である.本研究報告では, SBMLで記述されたモデルをFPGA上での効率的な処理を行うシミュレーション環境のための一部ソフトウェアを実装し, 評価を取った. |
| 抄録(英) | Computer simulation in widely used in biochemistry research. However, simulating large-scale model requires a large computational time. To reduce it, we have been developing a FPGA-based high-speed simulator, but previous research mainly forcues on high speed implementation, and standard model for description has not been prepared. SBML model, that is a standard modeling language for biochemical networks, has been popular in many software simulator. In this reseach report, an environment of FPGA-based simulator which can use SBML for modeling is implemented and evaluated. |
| キーワード(和) | 生化学シミュレーション |
| キーワード(英) | SBML / FPGA / Biochemical Simulation |
| 資料番号 | VLD2004-108,CPSY2004-74 |
| 発行日 |
| 研究会情報 | |
| 研究会 | VLD |
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| 開催期間 | 2005/1/18(から1日開催) |
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| テーマ（英） | |
| 委員長氏名（和） | |
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| 幹事氏名（和） | |
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| 幹事補佐氏名（和） | |
| 幹事補佐氏名（英） | |
| 講演論文情報詳細 | |
| 申込み研究会 | VLSI Design Technologies (VLD) |
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| 本文の言語 | JPN |
| タイトル（和） | SBML対応細胞シミュレータ環境の構築(応用1, FRGAとその応用及び一般) |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | Design of cellular simulation platform for SBML model |
| サブタイトル（和） | |
| キーワード(1)（和/英） | 生化学シミュレーション / SBML |
| 第 1 著者 氏名（和/英） | 岩岡 洋 / Yow Iwaoka |
| 第 1 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学理工学部 Faculty of Science and Technology, Keio University |
| 第 2 著者 氏名（和/英） | 長名 保範 / Yasunori Osana |
| 第 2 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学大学院理工学研究科 Graduate School of Science and Technology, Keio University |
| 第 3 著者 氏名（和/英） | 福島 知紀 / Tomonori Fukushima |
| 第 3 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学大学院理工学研究科 Graduate School of Science and Technology, Keio University |
| 第 4 著者 氏名（和/英） | 吉見 真聡 / Masato Yoshimi |
| 第 4 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学大学院理工学研究科 Graduate School of Science and Technology, Keio University |
| 第 5 著者 氏名（和/英） | 舟橋 啓 / Akira Hunahashi |
| 第 5 著者 所属（和/英） | 科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト Kitano Symbiotic Systems Project, ERATO-SORST, Japan Science and Technology Agency |
| 第 6 著者 氏名（和/英） | 広井 賀子 / Noriko Hiroi |
| 第 6 著者 所属（和/英） | 科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト Kitano Symbiotic Systems Project, ERATO-SORST, Japan Science and Technology Agency |
| 第 7 著者 氏名（和/英） | 柴田 裕一郎 / Yuichiro Shibata |
| 第 7 著者 所属（和/英） | 長崎大学工学部情報システム工学科 Dept. of Computer and Information Sciences, Nagasaki University |
| 第 8 著者 氏名（和/英） | 岩永 直樹 / Naoki Iwanaga |
| 第 8 著者 所属（和/英） | 長崎大学工学部情報システム工学科 Dept. of Computer and Information Sciences, Nagasaki University |
| 第 9 著者 氏名（和/英） | 北野 宏明 / Hiroaki Kitano |
| 第 9 著者 所属（和/英） | 科学技術振興機構北野共生システムプロジェクト Kitano Symbiotic Systems Project, ERATO-SORST, Japan Science and Technology Agency |
| 第 10 著者 氏名（和/英） | 天野 英晴 / Hideharu Amano |
| 第 10 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学理工学部 Faculty of Science and Technology, Keio University |
| 発表年月日 | 2005-01-25 |
| 資料番号 | VLD2004-108,CPSY2004-74 |
| 巻番号（vol） | vol.104 |
| 号番号（no） | 589 |
| ページ範囲 | pp.- |
| ページ数 | 6 |
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