| 講演名 | 1999/4/23 生物学的配列の組換えの解析のための新しいアプローチ 渋谷 哲朗, |
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| 抄録(和) | 組換えは遺伝子変異の最も重要な機構のひとつであるが、既存の配列データから組換えを検出する手法は、いずれも不正確あるいは非実用的であった。本論文では、まず、この組換えを考慮したアラインメントの問題を定義し、それに対する実用的時間のアルゴリズムを提示する。また、アラインメントから組換えを統計的に検出する方法についても提示する。さらに、実際のヒト免疫不全ウィルスのRNA配列や、人工的に組換えをおこさせた人工的配列を用いてこれらの手法の検証実験を行なった。 |
| 抄録(英) | Recombination is one of the most important mechanisms of genomic mutation, but existing techniques for detecting recombinations of sequences are inaccurate or impractical. We first formulate an alignment problem for sequences containing recombinations, and then give algorithms with practical bounds for the problem. We also propose new statistical methods for detecting recombinations from aligned sequences. To demonstrate both techniques, we conducted experiments using actual RNA sequences of human immnodeficiency viruses (HIVs) and artificially recombined sequence data. |
| キーワード(和) | 配列解析 / 組換え / 配列アラインメント / 動的計画法 / 統計的解析 |
| キーワード(英) | sequence analysis / recombination / sequence alignmnet / dynamic programming / statistical analysis |
| 資料番号 | COMP99-1 |
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| 研究会情報 | |
| 研究会 | COMP |
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| 開催期間 | 1999/4/23(から1日開催) |
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| テーマ（英） | |
| 委員長氏名（和） | |
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| 幹事氏名（和） | |
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| 幹事補佐氏名（和） | |
| 幹事補佐氏名（英） | |
| 講演論文情報詳細 | |
| 申込み研究会 | Theoretical Foundations of Computing (COMP) |
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| 本文の言語 | ENG |
| タイトル（和） | 生物学的配列の組換えの解析のための新しいアプローチ |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | New Approaches for Analyzing Recombinations of Biological Sequences |
| サブタイトル（和） | |
| キーワード(1)（和/英） | 配列解析 / sequence analysis |
| キーワード(2)（和/英） | 組換え / recombination |
| キーワード(3)（和/英） | 配列アラインメント / sequence alignmnet |
| キーワード(4)（和/英） | 動的計画法 / dynamic programming |
| キーワード(5)（和/英） | 統計的解析 / statistical analysis |
| 第 1 著者 氏名（和/英） | 渋谷 哲朗 / Tetsuo Shibuya |
| 第 1 著者 所属（和/英） | 日本アイ・ビー・エム(株)東京基礎研究所 IBM Research Division, Tokyo Resaerch Laboratory |
| 発表年月日 | 1999/4/23 |
| 資料番号 | COMP99-1 |
| 巻番号（vol） | vol.99 |
| 号番号（no） | 30 |
| ページ範囲 | pp.- |
| ページ数 | 8 |
| 発行日 | |