| 講演名 | 2003/6/19 HMMによる系列の向き及び位置の変分推定法と蛋白質の構造比較への応用(バイオインフォマティクスとパターン認識) 加藤 毅, 津田 宏治, 富井 健太郎, 浅井 潔, |
|---|---|
| PDFダウンロードページ | PDFダウンロードページへ |
| 抄録(和) | 本稿では,任意の次元の要素を持つ系列の剛体変換(回転及び平行移動)のパラメータを推定する方法を提案する.その主なる応用は蛋白質の立体構造(3次元の座標系列)の向きと位置の特定である.通常,蛋白質の立体構造は向きと位置が揃っていない状態で得られる.これらの解析を行うには予め蛋白質の向きと位置を揃えておくことが不可欠である.そこで,本稿では座標系列をHMMでモデル化し,HMMと剛体変換のパラメータを変分法を用いて同時に最尤推定する方法を与える.また,本手法の有効性を実験を通して確認する. |
| 抄録(英) | In this paper, we present a novel algorithm for estimating the parameters of rigid-body transformation for sequence which contains the d-dimensional coordinates. The algorithm can be applied to determining the direction and position of protein structure. Usually the available sequences of proteins are rotated and shifted. It is necessary to correct the rotation and shift before analyzing protein structures. So we model the sequence via hidden Markov model (HMM) and develop the maximum likelihood estimation algorithm which infers the parameters of HMM and rigid-body transformation, simultaneously using variational method. The experimental results reveals the effectiveness of our method. |
| キーワード(和) | 剛体変換 / 隠れマルコフモデル / 変分法 / GEM法 / 蛋白質構造比較 |
| キーワード(英) | rigid-body transformation / hidden Markov model / variational method / GEM algorithm / protein structure comparison |
| 資料番号 | PRMU2003-31 |
| 発行日 |
| 研究会情報 | |
| 研究会 | PRMU |
|---|---|
| 開催期間 | 2003/6/19(から1日開催) |
| 開催地（和） | |
| 開催地（英） | |
| テーマ（和） | |
| テーマ（英） | |
| 委員長氏名（和） | |
| 委員長氏名（英） | |
| 副委員長氏名（和） | |
| 副委員長氏名（英） | |
| 幹事氏名（和） | |
| 幹事氏名（英） | |
| 幹事補佐氏名（和） | |
| 幹事補佐氏名（英） | |
| 講演論文情報詳細 | |
| 申込み研究会 | Pattern Recognition and Media Understanding (PRMU) |
|---|---|
| 本文の言語 | ENG |
| タイトル（和） | HMMによる系列の向き及び位置の変分推定法と蛋白質の構造比較への応用(バイオインフォマティクスとパターン認識) |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | Variational inference for estimating direction and position of sequence via HMM and its application to protein structure comparison |
| サブタイトル（和） | |
| キーワード(1)（和/英） | 剛体変換 / rigid-body transformation |
| キーワード(2)（和/英） | 隠れマルコフモデル / hidden Markov model |
| キーワード(3)（和/英） | 変分法 / variational method |
| キーワード(4)（和/英） | GEM法 / GEM algorithm |
| キーワード(5)（和/英） | 蛋白質構造比較 / protein structure comparison |
| 第 1 著者 氏名（和/英） | 加藤 毅 / Tsuyoshi KATO |
| 第 1 著者 所属（和/英） | 産総研 生命情報科学研究センター AIST Computational Biology Research Center |
| 第 2 著者 氏名（和/英） | 津田 宏治 / Koji TSUDA |
| 第 2 著者 所属（和/英） | 産総研 生命情報科学研究センター:Max Planck Institute for Biological Cybernetics AIST Computational Biology Research Center:Max Planck Institute for Biological Cybernetics |
| 第 3 著者 氏名（和/英） | 富井 健太郎 / Kentaro TOMII |
| 第 3 著者 所属（和/英） | 産総研 生命情報科学研究センター AIST Computational Biology Research Center |
| 第 4 著者 氏名（和/英） | 浅井 潔 / Kiyoshi ASAI |
| 第 4 著者 所属（和/英） | 産総研 生命情報科学研究センター:東京大学大学院新領域創成科学研究科 AIST Computational Biology Research Center:Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo |
| 発表年月日 | 2003/6/19 |
| 資料番号 | PRMU2003-31 |
| 巻番号（vol） | vol.103 |
| 号番号（no） | 150 |
| ページ範囲 | pp.- |
| ページ数 | 6 |
| 発行日 | |