| 講演名 | 2003/1/22 FPGAを用いた細胞シミュレーションシステムの構築 長名 保範, 福島 知紀, 天野 英晴, |
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| 抄録(和) | 近年の急速な分子生物学の進展に伴い、細胞内の代謝活動を定量的なモデルで表現し、シミュレーションを行い、その結果と実験結果を比較することでより詳細に細胞のはたらきを理解するという研究方法が可能になりつつある。しかしながら、細胞シミュレーションに必要な計算量は大きく、将来、より精密なシミュレーションが行われるようになった場合には計算時間が現在よりもさらに深刻な問題になると考えられる。本研究報告では、FPGAとホストPCの協調処理によって高速なシミュレーションを行うための基盤システムであるReCSiPを提案する。初期評価の結果、ReCSiPは、ホストPC上のソフトウェアによる処理に比べて約8倍の速度向上を達成した。 |
| 抄録(英) | The rapid progress of molecular biology in 1990s made simulations of metabolism possible. By modeling and simulating metabolism in living cells, biologists will be able to understand more details of metabolic processes. However, the computational cost for cell simulation often becomes large, and simulations tend to take much longer time than experiments. In this research, a simulation accelerator with FPGA is proposed and evaluated with a simple exanpmle. The accelerator system "ReCSiP" consists of a PCI board with FPGA and software library for controling the board. Initial evaluation results show that the performance of ReCSiP is about 8 times that of the software on the host PC. |
| キーワード(和) | 細胞シミュレーション / 代謝系モデル / reconfigurable hardware / ReCSiP |
| キーワード(英) | Cell simulation / metabolic model / reconfigurable hardware / ReCSiP |
| 資料番号 | VLD20002-140,CPSY2002-93 |
| 発行日 |
| 研究会情報 | |
| 研究会 | VLD |
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| 開催期間 | 2003/1/22(から1日開催) |
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| 委員長氏名（和） | |
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| 幹事氏名（和） | |
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| 幹事補佐氏名（和） | |
| 幹事補佐氏名（英） | |
| 講演論文情報詳細 | |
| 申込み研究会 | VLSI Design Technologies (VLD) |
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| 本文の言語 | JPN |
| タイトル（和） | FPGAを用いた細胞シミュレーションシステムの構築 |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | Design of a Cell Simulation System with FPGA |
| サブタイトル（和） | |
| キーワード(1)（和/英） | 細胞シミュレーション / Cell simulation |
| キーワード(2)（和/英） | 代謝系モデル / metabolic model |
| キーワード(3)（和/英） | reconfigurable hardware / reconfigurable hardware |
| キーワード(4)（和/英） | ReCSiP / ReCSiP |
| 第 1 著者 氏名（和/英） | 長名 保範 / Yasunori OSANA |
| 第 1 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学大学院理工学研究科 Graduate School of Science and Technology, Keio University |
| 第 2 著者 氏名（和/英） | 福島 知紀 / Tomonori FUKUSHIMA |
| 第 2 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学大学院理工学研究科 Graduate School of Science and Technology, Keio University |
| 第 3 著者 氏名（和/英） | 天野 英晴 / Hideharu AMANO |
| 第 3 著者 所属（和/英） | 慶應義塾大学大学院理工学研究科 Graduate School of Science and Technology, Keio University |
| 発表年月日 | 2003/1/22 |
| 資料番号 | VLD20002-140,CPSY2002-93 |
| 巻番号（vol） | vol.102 |
| 号番号（no） | 609 |
| ページ範囲 | pp.- |
| ページ数 | 6 |
| 発行日 | |