| 講演名 | 2018-01-19 アミノ酸断片配列慣用句ネットワーク解析のための共通部分グラフ問題 前城 健太郎(琉球大), 天願 健(名桜大), 名嘉村 盛和(琉球大), |
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| 抄録(和) | タンパク質を構成するアミノ酸配列から固定長$k$の断片配列を一文字づつずらしながら抜き出すことで、断片配列の出現確率や分布に基づく解析法を研究開発してきた。また、二つのアミノ酸断片配列が同時に配列上に存在する状況を断片配列の慣用句とみなした時、アミノ酸配列を複数の慣用句のつながりとしてネットワーク表現することを提案した。本稿では複数の慣用句ネットワーク(Idiom Network)のグラフ構造に共通して含まれる共通部分グラフを求める問題を定式化し新しいアミノ酸配列の解析法として提案するとともに、既存の最大共通部分グラフを求めるアルゴリズムを適用した場合の処理時間を評価する。提案する解析手法はSCS PackageというWebアプリケーションとして公開する． |
| 抄録(英) | We proposed and developed in our previous works a way to analyze the primal protein structure based on occurrence probability and variances of short constituent sequences of amino acids. We extend the concept of idioms, a pair of short constituent sequences which appear in near location of sequcence, to idiom networks by connecting series of idioms. This paper presents a new analysis way for amino acid sequences based on idiom networks. We formulate a common sub-graph problem for idiom networks and apply existing a maximum clique problem based algorithm. Computational experiment shows our new method can be applied for practical size of amino acid sequences from the view point of the computational time. |
| キーワード(和) | バイオインフォマティクス / タンパク質 / アミノ酸 / グラフ理論 / 共通部分グラフ |
| キーワード(英) | Bioinformatics / Protein / Amino acid / Graph theory / Common subgraph |
| 資料番号 | MSS2017-73,SS2017-60 |
| 発行日 | 2018-01-11 (MSS, SS) |
| 研究会情報 | |
| 研究会 | SS / MSS |
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| 開催期間 | 2018/1/18(から2日開催) |
| 開催地（和） | 広島市立大学サテライトキャンパス |
| 開催地（英） | |
| テーマ（和） | |
| テーマ（英） | |
| 委員長氏名（和） | 緒方 和博(北陸先端大) / 名嘉村 盛和(琉球大) |
| 委員長氏名（英） | Kazuhiro Ogata(JAIST) / Morikazu Nakamura(Univ. of Ryukyus) |
| 副委員長氏名（和） | 中田 明夫(広島市大) / 髙井 重昌(阪大) |
| 副委員長氏名（英） | Akio Nakata(Hiroshima City Univ.) / Shigemasa Takai(Osaka Univ.) |
| 幹事氏名（和） | 小林 隆志(東工大) / 肥後 芳樹(阪大) / 豊嶋 伊知郎(東芝エネルギーシステムズ) / 金澤 尚史(阪大) |
| 幹事氏名（英） | Takashi Kobayashi(Tokyo Inst. of Tech.) / Yoshiki Higo(Osaka Univ.) / Ichiro Toyoshima(Toshiba) / Takahumi Kanazawa(Osaka Univ.) |
| 幹事補佐氏名（和） | 島 和之(広島市大) / 金城 秀樹(沖縄大) |
| 幹事補佐氏名（英） | Kazuyuki Shima(Hiroshima City Univ.) / Hideki Kinjo(Okinawa Univ.) |
| 講演論文情報詳細 | |
| 申込み研究会 | Technical Committee on Software Science / Technical Committee on Mathematical Systems Science and its applications |
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| 本文の言語 | JPN |
| タイトル（和） | アミノ酸断片配列慣用句ネットワーク解析のための共通部分グラフ問題 |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | Common Sub-Graph Extraction from Idiom Networks of Amino Acid Short Constituent Sequences |
| サブタイトル（和） | |
| キーワード(1)（和/英） | バイオインフォマティクス / Bioinformatics |
| キーワード(2)（和/英） | タンパク質 / Protein |
| キーワード(3)（和/英） | アミノ酸 / Amino acid |
| キーワード(4)（和/英） | グラフ理論 / Graph theory |
| キーワード(5)（和/英） | 共通部分グラフ / Common subgraph |
| 第 1 著者 氏名（和/英） | 前城 健太郎 / Kentaro Maeshiro |
| 第 1 著者 所属（和/英） | 琉球大学(略称：琉球大) Ryukyu University(略称：Ryukyu Univ) |
| 第 2 著者 氏名（和/英） | 天願 健 / Takeshi Tengan |
| 第 2 著者 所属（和/英） | 名桜大学(略称：名桜大) Meio University(略称：Meio Univ) |
| 第 3 著者 氏名（和/英） | 名嘉村 盛和 / Morikazu Nakamura |
| 第 3 著者 所属（和/英） | 琉球大学(略称：琉球大) Ryukyu University(略称：Ryukyu Univ) |
| 発表年月日 | 2018-01-19 |
| 資料番号 | MSS2017-73,SS2017-60 |
| 巻番号（vol） | vol.117 |
| 号番号（no） | MSS-380,SS-381 |
| ページ範囲 | pp.149-153(MSS), pp.149-153(SS), |
| ページ数 | 5 |
| 発行日 | 2018-01-11 (MSS, SS) |