| 講演名 | 2017-03-09 ソフトウェア制御型SSDを用いたゲノム解析向けデータ近傍演算の高速化 桑村 慎哉(富士通研), 風間 哲(富士通研), 吉田 英司(富士通研), 小川 淳二(富士通研), 三吉 貴史(富士通研), 野口 泰生(富士通研), |
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| 抄録(和) | データ移動コストを削減してシステムを高速化するため、メモリの近傍で演算を行うデータ近傍演算が最近注目されている。今回、我々はソフトウェア制御型SSDのコントローラに演算回路を実装し、ゲノム解析分野における遺伝子変異データベースの集約処理に適用した。提案方式は、従来のSSDからデータを読み出してCPUで処理する方式よりも1.4倍高速であることが分かった。さらに、SSD 3台では、全データを主記憶上に展開しておくインメモリ方式よりも高速化できる可能性を示した。 |
| 抄録(英) | Recently, a sort of near-data processing is a hot topic, in order to reduce data transfer cost and get higher system performances. We implemented multiple processing units in a software-controlled PCIe card SSD to aggregate gene variants in a genome analysis database. Our proposed method achieves 1.4 times faster than that of conventional methods, which basically fetch data from a SSD database to main memory and process genome analysis with multiple CPU. Consequently, to use three PCIe card SSDs has a possibility to overcome even in-memory processing performance, with which all data is prepared in main memory. |
| キーワード(和) | データ近傍演算 / SSD / FPGA / フラッシュメモリ / ゲノム / ソフトウェア制御型SSD |
| キーワード(英) | Near-data processing / SSD / FPGA / Flash memory / Genome / Software-controlled SSD |
| 資料番号 | CPSY2016-139,DC2016-85 |
| 発行日 | 2017-03-02 (CPSY, DC) |
| 研究会情報 | |
| 研究会 | CPSY / DC / IPSJ-SLDM / IPSJ-EMB / IPSJ-ARC |
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| 開催期間 | 2017/3/9(から2日開催) |
| 開催地（和） | 具志川農村環境改善センター |
| 開催地（英） | Kumejima Island |
| テーマ（和） | 組込み技術とネットワークに関するワークショップETNET2017 |
| テーマ（英） | ETNET20167 |
| 委員長氏名（和） | 中島 康彦(奈良先端大) / 井上 美智子(奈良先端大) / 浜口 清治(島根大) |
| 委員長氏名（英） | Yasuhiko Nakashima(NAIST) / Michiko Inoue(NAIST) / Kiyoharu Hamaguchi(Shimane Univ.) |
| 副委員長氏名（和） | 中野 浩嗣(広島大) / 入江 英嗣(東大) / 福本 聡(首都大東京) |
| 副委員長氏名（英） | Koji Nakano(Hiroshima Univ.) / Hidetsugu Irie(Univ. of Tokyo) / Satoshi Fukumoto(Tokyo Metropolitan Univ.) |
| 幹事氏名（和） | 三吉 貴史(富士通研) / 鯉渕 道紘(NII) / 吉村 正義(京都産大) / 金子 晴彦(東工大) / 西出 岳央(東芝) / 高島 康裕(北九州市大) / 許 浩沿(パナソニックセミコンダクタソリューションズ) |
| 幹事氏名（英） | Takashi Miyoshi(Fujitsu Labs.) / Michihiro Koibuchi(NII) / Masayoshi Yoshimura(Kyoto Sangyo Univ.) / Haruhiko Kaneko(Tokyo Inst. of Tech.) / Takeo Nishide(Toshiba) / Yasuhiro Takashima(Univ. of Kitakyushu) / Ko Kyo(Panasonic) |
| 幹事補佐氏名（和） | 大川 猛(宇都宮大) / 高前田 伸也(北大) |
| 幹事補佐氏名（英） | Takeshi Ohkawa(Utsunomiya Univ.) / Shinya Takameda(Hokkaido Univ.) |
| 講演論文情報詳細 | |
| 申込み研究会 | Technical Committee on Computer Systems / Technical Committee on Dependable Computing / Special Interest Group on System and LSI Design Methodology / Special Interest Group on Embedded Systems / Special Interest Group on System Architecture |
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| 本文の言語 | JPN |
| タイトル（和） | ソフトウェア制御型SSDを用いたゲノム解析向けデータ近傍演算の高速化 |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | Near-data processing for genome analysis using software-controlled SSD |
| サブタイトル（和） | |
| キーワード(1)（和/英） | データ近傍演算 / Near-data processing |
| キーワード(2)（和/英） | SSD / SSD |
| キーワード(3)（和/英） | FPGA / FPGA |
| キーワード(4)（和/英） | フラッシュメモリ / Flash memory |
| キーワード(5)（和/英） | ゲノム / Genome |
| キーワード(6)（和/英） | ソフトウェア制御型SSD / Software-controlled SSD |
| 第 1 著者 氏名（和/英） | 桑村 慎哉 / Kuwamura, Shinya |
| 第 1 著者 所属（和/英） | 株式会社富士通研究所(略称：富士通研) Fujitsu Laboratories Ltd.(略称：Fujitsu Labs.) |
| 第 2 著者 氏名（和/英） | 風間 哲 / Kazama, Satoshi |
| 第 2 著者 所属（和/英） | 株式会社富士通研究所(略称：富士通研) Fujitsu Laboratories Ltd.(略称：Fujitsu Labs.) |
| 第 3 著者 氏名（和/英） | 吉田 英司 / Yoshida, Eiji |
| 第 3 著者 所属（和/英） | 株式会社富士通研究所(略称：富士通研) Fujitsu Laboratories Ltd.(略称：Fujitsu Labs.) |
| 第 4 著者 氏名（和/英） | 小川 淳二 / Ogawa, Junji |
| 第 4 著者 所属（和/英） | 株式会社富士通研究所(略称：富士通研) Fujitsu Laboratories Ltd.(略称：Fujitsu Labs.) |
| 第 5 著者 氏名（和/英） | 三吉 貴史 / Miyoshi, Takashi |
| 第 5 著者 所属（和/英） | 株式会社富士通研究所(略称：富士通研) Fujitsu Laboratories Ltd.(略称：Fujitsu Labs.) |
| 第 6 著者 氏名（和/英） | 野口 泰生 / Noguchi, Yasuo |
| 第 6 著者 所属（和/英） | 株式会社富士通研究所(略称：富士通研) Fujitsu Laboratories Ltd.(略称：Fujitsu Labs.) |
| 発表年月日 | 2017-03-09 |
| 資料番号 | CPSY2016-139,DC2016-85 |
| 巻番号（vol） | vol.116 |
| 号番号（no） | CPSY-510,DC-511 |
| ページ範囲 | pp.45-50(CPSY), pp.45-50(DC), |
| ページ数 | 6 |
| 発行日 | 2017-03-02 (CPSY, DC) |