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講演抄録/キーワード
講演名 2018-01-19 15:55
アミノ酸断片配列慣用句ネットワーク解析のための共通部分グラフ問題
前城健太郎琉球大)・天願 健名桜大)・名嘉村盛和琉球大
技報オンラインサービス実施中
抄録 (和) タンパク質を構成するアミノ酸配列から固定長$k$の断片配列を一文字づつずらしながら抜き出すことで、断片配列の出現確率や分布に基づく解析法を研究開発してきた。
また、二つのアミノ酸断片配列が同時に配列上に存在する状況を断片配列の慣用句とみなした時、アミノ酸配列を複数の慣用句のつながりとしてネットワーク表現することを提案した。
本稿では複数の慣用句ネットワーク(Idiom Network)のグラフ構造に共通して含まれる共通部分グラフを求める問題を定式化し新しいアミノ酸配列の解析法として提案するとともに、既存の最大共通部分グラフを求めるアルゴリズムを適用した場合の処理時間を評価する。
提案する解析手法はSCS PackageというWebアプリケーションとして公開する. 
(英) We proposed and developed in our previous works a way to analyze the primal protein structure based on occurrence probability and variances of short constituent sequences of amino acids.
We extend the concept of idioms, a pair of short constituent sequences which appear in near location of sequcence, to idiom networks by connecting series of idioms.
This paper presents a new analysis way for amino acid sequences based on idiom networks.
We formulate a common sub-graph problem for idiom networks and apply existing a maximum clique problem based algorithm.
Computational experiment shows our new method can be applied for practical size of amino acid sequences from the view point of the computational time.
キーワード (和) バイオインフォマティクス / タンパク質 / アミノ酸 / グラフ理論 / 共通部分グラフ / / /  
(英) Bioinformatics / Protein / Amino acid / Graph theory / Common subgraph / / /  
文献情報 信学技報, vol. 117, no. 380, MSS2017-73, pp. 149-153, 2018年1月.
資料番号 MSS2017-73 
発行日 2018-01-11 (MSS, SS) 
ISSN Print edition: ISSN 0913-5685  Online edition: ISSN 2432-6380

研究会情報
研究会 SS MSS  
開催期間 2018-01-18 - 2018-01-19 
開催地(和) 広島市立大学サテライトキャンパス 
開催地(英)  
テーマ(和)  
テーマ(英)  
講演論文情報の詳細
申込み研究会 MSS 
会議コード 2018-01-SS-MSS 
本文の言語 日本語 
タイトル(和) アミノ酸断片配列慣用句ネットワーク解析のための共通部分グラフ問題 
サブタイトル(和)  
タイトル(英) Common Sub-Graph Extraction from Idiom Networks of Amino Acid Short Constituent Sequences 
サブタイトル(英)  
キーワード(1)(和/英) バイオインフォマティクス / Bioinformatics  
キーワード(2)(和/英) タンパク質 / Protein  
キーワード(3)(和/英) アミノ酸 / Amino acid  
キーワード(4)(和/英) グラフ理論 / Graph theory  
キーワード(5)(和/英) 共通部分グラフ / Common subgraph  
キーワード(6)(和/英) /  
キーワード(7)(和/英) /  
キーワード(8)(和/英) /  
第1著者 氏名(和/英/ヨミ) 前城 健太郎 / Kentaro Maeshiro / マエシロ ケンタロウ
第1著者 所属(和/英) 琉球大学 (略称: 琉球大)
Ryukyu University (略称: Ryukyu Univ)
第2著者 氏名(和/英/ヨミ) 天願 健 / Takeshi Tengan / テンガン タケシ
第2著者 所属(和/英) 名桜大学 (略称: 名桜大)
Meio University (略称: Meio Univ)
第3著者 氏名(和/英/ヨミ) 名嘉村 盛和 / Morikazu Nakamura / ナカムラ モリカズ
第3著者 所属(和/英) 琉球大学 (略称: 琉球大)
Ryukyu University (略称: Ryukyu Univ)
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講演者
発表日時 2018-01-19 15:55:00 
発表時間 25 
申込先研究会 MSS 
資料番号 IEICE-MSS2017-73,IEICE-SS2017-60 
巻番号(vol) IEICE-117 
号番号(no) no.380(MSS), no.381(SS) 
ページ範囲 pp.149-153 
ページ数 IEICE-5 
発行日 IEICE-MSS-2018-01-11,IEICE-SS-2018-01-11 


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