講演抄録/キーワード |
講演名 |
2017-03-09 15:50
ソフトウェア制御型SSDを用いたゲノム解析向けデータ近傍演算の高速化 ○桑村慎哉・風間 哲・吉田英司・小川淳二・三吉貴史・野口泰生(富士通研) CPSY2016-139 DC2016-85 |
抄録 |
(和) |
データ移動コストを削減してシステムを高速化するため、メモリの近傍で演算を行うデータ近傍演算が最近注目されている。今回、我々はソフトウェア制御型SSDのコントローラに演算回路を実装し、ゲノム解析分野における遺伝子変異データベースの集約処理に適用した。
提案方式は、従来のSSDからデータを読み出してCPUで処理する方式よりも1.4倍高速であることが分かった。さらに、SSD 3台では、全データを主記憶上に展開しておくインメモリ方式よりも高速化できる可能性を示した。 |
(英) |
Recently, a sort of near-data processing is a hot topic, in order to reduce data transfer cost and get higher system performances.
We implemented multiple processing units in a software-controlled PCIe card SSD to aggregate gene variants in a genome analysis database.
Our proposed method achieves 1.4 times faster than that of conventional methods, which basically fetch data from a SSD database to main memory and process genome analysis with multiple CPU.
Consequently, to use three PCIe card SSDs has a possibility to overcome even in-memory processing performance, with which all data is prepared in main memory. |
キーワード |
(和) |
データ近傍演算 / SSD / FPGA / フラッシュメモリ / ゲノム / ソフトウェア制御型SSD / / |
(英) |
Near-data processing / SSD / FPGA / Flash memory / Genome / Software-controlled SSD / / |
文献情報 |
信学技報, vol. 116, no. 510, CPSY2016-139, pp. 45-50, 2017年3月. |
資料番号 |
CPSY2016-139 |
発行日 |
2017-03-02 (CPSY, DC) |
ISSN |
Print edition: ISSN 0913-5685 Online edition: ISSN 2432-6380 |
著作権に ついて |
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します.(許諾番号:10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034) |
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CPSY2016-139 DC2016-85 |
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