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講演抄録/キーワード
講演名 2017-03-09 15:50
ソフトウェア制御型SSDを用いたゲノム解析向けデータ近傍演算の高速化
桑村慎哉風間 哲吉田英司小川淳二三吉貴史野口泰生富士通研CPSY2016-139 DC2016-85
抄録 (和) データ移動コストを削減してシステムを高速化するため、メモリの近傍で演算を行うデータ近傍演算が最近注目されている。今回、我々はソフトウェア制御型SSDのコントローラに演算回路を実装し、ゲノム解析分野における遺伝子変異データベースの集約処理に適用した。
提案方式は、従来のSSDからデータを読み出してCPUで処理する方式よりも1.4倍高速であることが分かった。さらに、SSD 3台では、全データを主記憶上に展開しておくインメモリ方式よりも高速化できる可能性を示した。 
(英) Recently, a sort of near-data processing is a hot topic, in order to reduce data transfer cost and get higher system performances.

We implemented multiple processing units in a software-controlled PCIe card SSD to aggregate gene variants in a genome analysis database.

Our proposed method achieves 1.4 times faster than that of conventional methods, which basically fetch data from a SSD database to main memory and process genome analysis with multiple CPU.

Consequently, to use three PCIe card SSDs has a possibility to overcome even in-memory processing performance, with which all data is prepared in main memory.
キーワード (和) データ近傍演算 / SSD / FPGA / フラッシュメモリ / ゲノム / ソフトウェア制御型SSD / /  
(英) Near-data processing / SSD / FPGA / Flash memory / Genome / Software-controlled SSD / /  
文献情報 信学技報, vol. 116, no. 510, CPSY2016-139, pp. 45-50, 2017年3月.
資料番号 CPSY2016-139 
発行日 2017-03-02 (CPSY, DC) 
ISSN Print edition: ISSN 0913-5685  Online edition: ISSN 2432-6380
著作権に
ついて
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します.(許諾番号:10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034)
PDFダウンロード CPSY2016-139 DC2016-85

研究会情報
研究会 CPSY DC IPSJ-SLDM IPSJ-EMB IPSJ-ARC  
開催期間 2017-03-09 - 2017-03-10 
開催地(和) 具志川農村環境改善センター 
開催地(英) Kumejima Island 
テーマ(和) 組込み技術とネットワークに関するワークショップETNET2017 
テーマ(英) ETNET20167 
講演論文情報の詳細
申込み研究会 CPSY 
会議コード 2017-03-CPSY-DC-SLDM-EMB-ARC 
本文の言語 日本語 
タイトル(和) ソフトウェア制御型SSDを用いたゲノム解析向けデータ近傍演算の高速化 
サブタイトル(和)  
タイトル(英) Near-data processing for genome analysis using software-controlled SSD 
サブタイトル(英)  
キーワード(1)(和/英) データ近傍演算 / Near-data processing  
キーワード(2)(和/英) SSD / SSD  
キーワード(3)(和/英) FPGA / FPGA  
キーワード(4)(和/英) フラッシュメモリ / Flash memory  
キーワード(5)(和/英) ゲノム / Genome  
キーワード(6)(和/英) ソフトウェア制御型SSD / Software-controlled SSD  
キーワード(7)(和/英) /  
キーワード(8)(和/英) /  
第1著者 氏名(和/英/ヨミ) 桑村 慎哉 / Kuwamura, Shinya / クワムラ シンヤ
第1著者 所属(和/英) 株式会社富士通研究所 (略称: 富士通研)
Fujitsu Laboratories Ltd. (略称: Fujitsu Labs.)
第2著者 氏名(和/英/ヨミ) 風間 哲 / Kazama, Satoshi / カザマ サトシ
第2著者 所属(和/英) 株式会社富士通研究所 (略称: 富士通研)
Fujitsu Laboratories Ltd. (略称: Fujitsu Labs.)
第3著者 氏名(和/英/ヨミ) 吉田 英司 / Yoshida, Eiji / ヨシダ エイジ
第3著者 所属(和/英) 株式会社富士通研究所 (略称: 富士通研)
Fujitsu Laboratories Ltd. (略称: Fujitsu Labs.)
第4著者 氏名(和/英/ヨミ) 小川 淳二 / Ogawa, Junji / オガワ ジュンジ
第4著者 所属(和/英) 株式会社富士通研究所 (略称: 富士通研)
Fujitsu Laboratories Ltd. (略称: Fujitsu Labs.)
第5著者 氏名(和/英/ヨミ) 三吉 貴史 / Miyoshi, Takashi / ミヨシ タカシ
第5著者 所属(和/英) 株式会社富士通研究所 (略称: 富士通研)
Fujitsu Laboratories Ltd. (略称: Fujitsu Labs.)
第6著者 氏名(和/英/ヨミ) 野口 泰生 / Noguchi, Yasuo / ノグチ ヤスオ
第6著者 所属(和/英) 株式会社富士通研究所 (略称: 富士通研)
Fujitsu Laboratories Ltd. (略称: Fujitsu Labs.)
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講演者
発表日時 2017-03-09 15:50:00 
発表時間 20 
申込先研究会 CPSY 
資料番号 IEICE-CPSY2016-139,IEICE-DC2016-85 
巻番号(vol) IEICE-116 
号番号(no) no.510(CPSY), no.511(DC) 
ページ範囲 pp.45-50 
ページ数 IEICE-6 
発行日 IEICE-CPSY-2017-03-02,IEICE-DC-2017-03-02 


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