お知らせ 2023年度・2024年度 学生員 会費割引キャンペーン実施中です
お知らせ 技術研究報告と和文論文誌Cの同時投稿施策(掲載料1割引き)について
お知らせ 電子情報通信学会における研究会開催について
お知らせ NEW 参加費の返金について
電子情報通信学会 研究会発表申込システム
講演論文 詳細
技報閲覧サービス
[ログイン]
技報アーカイブ
 トップに戻る 前のページに戻る   [Japanese] / [English] 

講演抄録/キーワード
講演名 2013-05-20 15:50
FPGAを用いたショートリードマッピングの高速化
曽我部陽光丸山 勉筑波大RECONF2013-4
抄録 (和) 次世代シーケンサー(NGS)は一台のマシンで一日あたり千億塩基対以上の解析を可能にした.NGS が読み出す数十から数百塩基程度に断片化された DNA 配列をショートリードと呼ぶ.断片化前の塩基配列を得るためには,それぞれのショートリードが元の配列のどの部分であったのかを特定する必要がある.この処理をショートリードマッピングと呼ぶ.数百万以上のリードに対しマッピング処理を行う必要があるため処理速度が重要である.そこで我々は Hash-index 法に基づいた FPGA システムを提案する.我々が提案するシステムでは seed(ショートリード中の固定長の部分配列)をバケットソートし,マッピング候補と並列に比較する.さらに,この手法では DRAM へのランダムアクセスを削減することができ,処理時間が DRAM へのランダムアクセスの際の遅延に依存しないため,FPGA のリソースにて決定される並列度に応じて高速化を図ることができる. 
(英) The rapid development of Next Generation Sequencing has enabled to generate more than 100 billion base pairs per day from one machine. The produced data are randomly fragmented DNA base pair strings, called short reads. Next step for the genetic analysis is the short read mapping, which determines the location of the short reads in the reference genomes. The traditional software tools for the short read mapping are slower than NGS throughput. In this paper, we propose a scalable FPGA system based on the hash index method.
キーワード (和) FPGA / 遺伝子情報処理 / ショートリードマッピング / 高速化 / / / /  
(英) FPGA / Bioinformatics / Short Read Mapping / Application Acceleration / / / /  
文献情報 信学技報, vol. 113, no. 52, RECONF2013-4, pp. 19-24, 2013年5月.
資料番号 RECONF2013-4 
発行日 2013-05-13 (RECONF) 
ISSN Print edition: ISSN 0913-5685    Online edition: ISSN 2432-6380
著作権に
ついて
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します.(許諾番号:10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034)
PDFダウンロード RECONF2013-4

研究会情報
研究会 RECONF  
開催期間 2013-05-20 - 2013-05-21 
開催地(和) 高知県民文化ホール 
開催地(英) Kochi Prefectural Culture Hall 
テーマ(和) リコンフィギャラブルシステム、一般 
テーマ(英) Reconfigurable Systems, etc. 
講演論文情報の詳細
申込み研究会 RECONF 
会議コード 2013-05-RECONF 
本文の言語 日本語 
タイトル(和) FPGAを用いたショートリードマッピングの高速化 
サブタイトル(和)  
タイトル(英) FPGA Acceleration of Short Read Mapping 
サブタイトル(英)  
キーワード(1)(和/英) FPGA / FPGA  
キーワード(2)(和/英) 遺伝子情報処理 / Bioinformatics  
キーワード(3)(和/英) ショートリードマッピング / Short Read Mapping  
キーワード(4)(和/英) 高速化 / Application Acceleration  
キーワード(5)(和/英) /  
キーワード(6)(和/英) /  
キーワード(7)(和/英) /  
キーワード(8)(和/英) /  
第1著者 氏名(和/英/ヨミ) 曽我部 陽光 / Yoko Sogabe /
第1著者 所属(和/英) 筑波大学 (略称: 筑波大)
University of Tsukuba (略称: Univ. of Tsukuba)
第2著者 氏名(和/英/ヨミ) 丸山 勉 / Tsutomu Maruyama /
第2著者 所属(和/英) 筑波大学 (略称: 筑波大)
University of Tsukuba (略称: Univ. of Tsukuba)
第3著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第3著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第4著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第4著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第5著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第5著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第6著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第6著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第7著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第7著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第8著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第8著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第9著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第9著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第10著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第10著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第11著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第11著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第12著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第12著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第13著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第13著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第14著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第14著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第15著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第15著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第16著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第16著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第17著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第17著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第18著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第18著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第19著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第19著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第20著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第20著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
講演者 第1著者 
発表日時 2013-05-20 15:50:00 
発表時間 25分 
申込先研究会 RECONF 
資料番号 RECONF2013-4 
巻番号(vol) vol.113 
号番号(no) no.52 
ページ範囲 pp.19-24 
ページ数
発行日 2013-05-13 (RECONF) 


[研究会発表申込システムのトップページに戻る]

[電子情報通信学会ホームページ]


IEICE / 電子情報通信学会