講演抄録/キーワード |
講演名 |
2013-05-20 15:50
FPGAを用いたショートリードマッピングの高速化 ○曽我部陽光・丸山 勉(筑波大) RECONF2013-4 |
抄録 |
(和) |
次世代シーケンサー(NGS)は一台のマシンで一日あたり千億塩基対以上の解析を可能にした.NGS が読み出す数十から数百塩基程度に断片化された DNA 配列をショートリードと呼ぶ.断片化前の塩基配列を得るためには,それぞれのショートリードが元の配列のどの部分であったのかを特定する必要がある.この処理をショートリードマッピングと呼ぶ.数百万以上のリードに対しマッピング処理を行う必要があるため処理速度が重要である.そこで我々は Hash-index 法に基づいた FPGA システムを提案する.我々が提案するシステムでは seed(ショートリード中の固定長の部分配列)をバケットソートし,マッピング候補と並列に比較する.さらに,この手法では DRAM へのランダムアクセスを削減することができ,処理時間が DRAM へのランダムアクセスの際の遅延に依存しないため,FPGA のリソースにて決定される並列度に応じて高速化を図ることができる. |
(英) |
The rapid development of Next Generation Sequencing has enabled to generate more than 100 billion base pairs per day from one machine. The produced data are randomly fragmented DNA base pair strings, called short reads. Next step for the genetic analysis is the short read mapping, which determines the location of the short reads in the reference genomes. The traditional software tools for the short read mapping are slower than NGS throughput. In this paper, we propose a scalable FPGA system based on the hash index method. |
キーワード |
(和) |
FPGA / 遺伝子情報処理 / ショートリードマッピング / 高速化 / / / / |
(英) |
FPGA / Bioinformatics / Short Read Mapping / Application Acceleration / / / / |
文献情報 |
信学技報, vol. 113, no. 52, RECONF2013-4, pp. 19-24, 2013年5月. |
資料番号 |
RECONF2013-4 |
発行日 |
2013-05-13 (RECONF) |
ISSN |
Print edition: ISSN 0913-5685 Online edition: ISSN 2432-6380 |
著作権に ついて |
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します.(許諾番号:10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034) |
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RECONF2013-4 |