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講演抄録/キーワード
講演名 2013-05-20 15:00
An FPGA Implementation of the Progressive Tree Neighborhood Algorithm -- Phylogenetic Tree Reconstruction with Maximum Parsimony --
Henry BlockTsutomu MaruyamaUniv. of TsukubaRECONF2013-2
抄録 (和) (まだ登録されていません) 
(英) In this paper, we present an FPGA-hardware implementation for the progressive tree neighborhood algorithm applied to phylogenetic tree reconstruction with maximum parsimony. The proposed hardware architecture is modular, and has pipelined stages to improve the performance and reduce the execution time of the algorithm. Implementation results for a specific problem showed a 1247x acceleration compared to a C++ software implementation.
キーワード (和) / / / / / / /  
(英) FPGA / Bioinformatics / Acceleration / Parsimony / / / /  
文献情報 信学技報, vol. 113, no. 52, RECONF2013-2, pp. 7-12, 2013年5月.
資料番号 RECONF2013-2 
発行日 2013-05-13 (RECONF) 
ISSN Print edition: ISSN 0913-5685  Online edition: ISSN 2432-6380
著作権に
ついて
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します.(許諾番号:10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034)
PDFダウンロード RECONF2013-2

研究会情報
研究会 RECONF  
開催期間 2013-05-20 - 2013-05-21 
開催地(和) 高知県民文化ホール 
開催地(英) Kochi Prefectural Culture Hall 
テーマ(和) リコンフィギャラブルシステム、一般 
テーマ(英) Reconfigurable Systems, etc. 
講演論文情報の詳細
申込み研究会 RECONF 
会議コード 2013-05-RECONF 
本文の言語 英語 
タイトル(和)  
サブタイトル(和)  
タイトル(英) An FPGA Implementation of the Progressive Tree Neighborhood Algorithm 
サブタイトル(英) Phylogenetic Tree Reconstruction with Maximum Parsimony 
キーワード(1)(和/英) / FPGA  
キーワード(2)(和/英) / Bioinformatics  
キーワード(3)(和/英) / Acceleration  
キーワード(4)(和/英) / Parsimony  
キーワード(5)(和/英) /  
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キーワード(7)(和/英) /  
キーワード(8)(和/英) /  
第1著者 氏名(和/英/ヨミ) ブロック ヘンリー / Henry Block / ブロック ヘンリー
第1著者 所属(和/英) 筑波大学 (略称: 筑波大)
University of Tsukuba (略称: Univ. of Tsukuba)
第2著者 氏名(和/英/ヨミ) 丸山 勉 / Tsutomu Maruyama / マルヤマ ツトム
第2著者 所属(和/英) 筑波大学 (略称: 筑波大)
University of Tsukuba (略称: Univ. of Tsukuba)
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講演者
発表日時 2013-05-20 15:00:00 
発表時間 25 
申込先研究会 RECONF 
資料番号 IEICE-RECONF2013-2 
巻番号(vol) IEICE-113 
号番号(no) no.52 
ページ範囲 pp.7-12 
ページ数 IEICE-6 
発行日 IEICE-RECONF-2013-05-13 


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