講演抄録/キーワード |
講演名 |
2011-11-30 09:00
GPUを用いた3次元Smith-Waterman法の高速化手法の提案 ○須戸里織・吉見真聡・三木光範(同志社大) CPSY2011-49 |
抄録 |
(和) |
近年,画像処理用のアクセラレータである GPU を,汎用計算に用いる研究が多く行われている.多数の コアを持つ GPU は並列処理において高い計算性能を発揮する.GPU による高速化が期待されているアルゴリズムの 1 つに SW(Smith-Waterman) 法が挙げられる.SW 法は,DNA 配列中の類似部分を探索する配列アラインメントの 手法のひとつである.その応用として,脳血流をリアルタイムで測定する光トポグラフィの時系列データを解析する 試みが行われている.しかし,多数の系列からなる光トポグラフィの出力を,2 系列のデータを対象とする SW 法で 解析するには,系列数の拡張と演算量緩和への対応が課題となる.そこで本研究報告では,3 次元 SW 法を提案し, CPU および GPU を対象に実装を行った.速度比較による評価を行い,3 次元 SW 法が GPU を用いて高速化できる ことを確認した. |
(英) |
Graphic processing units (GPUs), which was entirely used in image processing, have been applied to a lot of studies and products in general purpose computation. One of the most famous algorithm expected to accel- erate by utilizing GPU is Smith-Waterman (SW) algorithm in bioinformatics. The algorithm computes sequence alignment obtains the most similar part of strings and patterns between a pair of DNA sequences. As the application of SW method, a study to analyze time series data of fNIRS, which measures cerebral blood flows is progressing. Two challenges are required to analyze time series data from dozens of channels by SW method; extension of se- ries analyzed simultaneously and relaxation of computing amount. This paper proposes the three-dimensional SW (3D-SW) method as evaluation of GPU implementation to confirm achieving high-performance compared to CPU implementation. |
キーワード |
(和) |
GPU / Smith-Waterman 法 / 並列計算 / / / / / |
(英) |
GPU / Smith-Waterman algorithm / Parallel Computing / / / / / |
文献情報 |
信学技報, vol. 111, no. 328, CPSY2011-49, pp. 35-40, 2011年11月. |
資料番号 |
CPSY2011-49 |
発行日 |
2011-11-22 (CPSY) |
ISSN |
Print edition: ISSN 0913-5685 Online edition: ISSN 2432-6380 |
著作権に ついて |
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します.(許諾番号:10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034) |
PDFダウンロード |
CPSY2011-49 |
研究会情報 |
研究会 |
VLD DC IPSJ-SLDM CPSY RECONF ICD CPM |
開催期間 |
2011-11-28 - 2011-11-30 |
開催地(和) |
ニューウェルシティ宮崎 |
開催地(英) |
NewWelCity Miyazaki |
テーマ(和) |
デザインガイア2011 -VLSI設計の新しい大地― |
テーマ(英) |
Design Gaia 2010 -New Field of VLSI Design- |
講演論文情報の詳細 |
申込み研究会 |
CPSY |
会議コード |
2011-11-VLD-DC-SLDM-CPSY-RECONF-ICD-CPM |
本文の言語 |
日本語 |
タイトル(和) |
GPUを用いた3次元Smith-Waterman法の高速化手法の提案 |
サブタイトル(和) |
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タイトル(英) |
An Acceleration Method for Three-Dimensional Smith-Waterman Algorithm on a GPU |
サブタイトル(英) |
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キーワード(1)(和/英) |
GPU / GPU |
キーワード(2)(和/英) |
Smith-Waterman 法 / Smith-Waterman algorithm |
キーワード(3)(和/英) |
並列計算 / Parallel Computing |
キーワード(4)(和/英) |
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キーワード(5)(和/英) |
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キーワード(6)(和/英) |
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キーワード(7)(和/英) |
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キーワード(8)(和/英) |
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第1著者 氏名(和/英/ヨミ) |
須戸 里織 / Saori Sudo / スド サオリ |
第1著者 所属(和/英) |
同志社大学 (略称: 同志社大)
Doshisha University (略称: Doshisha Univ.) |
第2著者 氏名(和/英/ヨミ) |
吉見 真聡 / Masato Yoshimi / ヨシミ マサト |
第2著者 所属(和/英) |
同志社大学 (略称: 同志社大)
Doshisha University (略称: Doshisha Univ.) |
第3著者 氏名(和/英/ヨミ) |
三木 光範 / Mitsunori Miki / ミキ ミツノリ |
第3著者 所属(和/英) |
同志社大学 (略称: 同志社大)
Doshisha University (略称: Doshisha Univ.) |
第4著者 氏名(和/英/ヨミ) |
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講演者 |
第1著者 |
発表日時 |
2011-11-30 09:00:00 |
発表時間 |
25分 |
申込先研究会 |
CPSY |
資料番号 |
CPSY2011-49 |
巻番号(vol) |
vol.111 |
号番号(no) |
no.328 |
ページ範囲 |
pp.35-40 |
ページ数 |
6 |
発行日 |
2011-11-22 (CPSY) |