お知らせ 2023年度・2024年度 学生員 会費割引キャンペーン実施中です
お知らせ 技術研究報告と和文論文誌Cの同時投稿施策(掲載料1割引き)について
お知らせ 電子情報通信学会における研究会開催について
お知らせ NEW 参加費の返金について
電子情報通信学会 研究会発表申込システム
講演論文 詳細
技報閲覧サービス
[ログイン]
技報アーカイブ
 トップに戻る 前のページに戻る   [Japanese] / [English] 

講演抄録/キーワード
講演名 2011-11-30 09:00
GPUを用いた3次元Smith-Waterman法の高速化手法の提案
須戸里織吉見真聡三木光範同志社大CPSY2011-49
抄録 (和) 近年,画像処理用のアクセラレータである GPU を,汎用計算に用いる研究が多く行われている.多数の コアを持つ GPU は並列処理において高い計算性能を発揮する.GPU による高速化が期待されているアルゴリズムの 1 つに SW(Smith-Waterman) 法が挙げられる.SW 法は,DNA 配列中の類似部分を探索する配列アラインメントの 手法のひとつである.その応用として,脳血流をリアルタイムで測定する光トポグラフィの時系列データを解析する 試みが行われている.しかし,多数の系列からなる光トポグラフィの出力を,2 系列のデータを対象とする SW 法で 解析するには,系列数の拡張と演算量緩和への対応が課題となる.そこで本研究報告では,3 次元 SW 法を提案し, CPU および GPU を対象に実装を行った.速度比較による評価を行い,3 次元 SW 法が GPU を用いて高速化できる ことを確認した. 
(英) Graphic processing units (GPUs), which was entirely used in image processing, have been applied to a lot of studies and products in general purpose computation. One of the most famous algorithm expected to accel- erate by utilizing GPU is Smith-Waterman (SW) algorithm in bioinformatics. The algorithm computes sequence alignment obtains the most similar part of strings and patterns between a pair of DNA sequences. As the application of SW method, a study to analyze time series data of fNIRS, which measures cerebral blood flows is progressing. Two challenges are required to analyze time series data from dozens of channels by SW method; extension of se- ries analyzed simultaneously and relaxation of computing amount. This paper proposes the three-dimensional SW (3D-SW) method as evaluation of GPU implementation to confirm achieving high-performance compared to CPU implementation.
キーワード (和) GPU / Smith-Waterman 法 / 並列計算 / / / / /  
(英) GPU / Smith-Waterman algorithm / Parallel Computing / / / / /  
文献情報 信学技報, vol. 111, no. 328, CPSY2011-49, pp. 35-40, 2011年11月.
資料番号 CPSY2011-49 
発行日 2011-11-22 (CPSY) 
ISSN Print edition: ISSN 0913-5685    Online edition: ISSN 2432-6380
著作権に
ついて
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します.(許諾番号:10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034)
PDFダウンロード CPSY2011-49

研究会情報
研究会 VLD DC IPSJ-SLDM CPSY RECONF ICD CPM  
開催期間 2011-11-28 - 2011-11-30 
開催地(和) ニューウェルシティ宮崎 
開催地(英) NewWelCity Miyazaki 
テーマ(和) デザインガイア2011 -VLSI設計の新しい大地― 
テーマ(英) Design Gaia 2010 -New Field of VLSI Design- 
講演論文情報の詳細
申込み研究会 CPSY 
会議コード 2011-11-VLD-DC-SLDM-CPSY-RECONF-ICD-CPM 
本文の言語 日本語 
タイトル(和) GPUを用いた3次元Smith-Waterman法の高速化手法の提案 
サブタイトル(和)  
タイトル(英) An Acceleration Method for Three-Dimensional Smith-Waterman Algorithm on a GPU 
サブタイトル(英)  
キーワード(1)(和/英) GPU / GPU  
キーワード(2)(和/英) Smith-Waterman 法 / Smith-Waterman algorithm  
キーワード(3)(和/英) 並列計算 / Parallel Computing  
キーワード(4)(和/英) /  
キーワード(5)(和/英) /  
キーワード(6)(和/英) /  
キーワード(7)(和/英) /  
キーワード(8)(和/英) /  
第1著者 氏名(和/英/ヨミ) 須戸 里織 / Saori Sudo / スド サオリ
第1著者 所属(和/英) 同志社大学 (略称: 同志社大)
Doshisha University (略称: Doshisha Univ.)
第2著者 氏名(和/英/ヨミ) 吉見 真聡 / Masato Yoshimi / ヨシミ マサト
第2著者 所属(和/英) 同志社大学 (略称: 同志社大)
Doshisha University (略称: Doshisha Univ.)
第3著者 氏名(和/英/ヨミ) 三木 光範 / Mitsunori Miki / ミキ ミツノリ
第3著者 所属(和/英) 同志社大学 (略称: 同志社大)
Doshisha University (略称: Doshisha Univ.)
第4著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第4著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第5著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第5著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第6著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第6著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第7著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第7著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第8著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第8著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第9著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第9著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第10著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第10著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第11著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第11著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第12著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第12著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第13著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第13著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第14著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第14著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第15著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第15著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第16著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第16著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第17著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第17著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第18著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第18著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第19著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第19著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第20著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第20著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
講演者 第1著者 
発表日時 2011-11-30 09:00:00 
発表時間 25分 
申込先研究会 CPSY 
資料番号 CPSY2011-49 
巻番号(vol) vol.111 
号番号(no) no.328 
ページ範囲 pp.35-40 
ページ数
発行日 2011-11-22 (CPSY) 


[研究会発表申込システムのトップページに戻る]

[電子情報通信学会ホームページ]


IEICE / 電子情報通信学会