講演抄録/キーワード |
講演名 |
2011-10-21 14:55
JNIを用いたHadoopによる分子進化系統樹解析用プログラムTree-Puzzle並列化 ○小山 敦・佐藤三久(筑波大) CPSY2011-34 |
抄録 |
(和) |
広域分散環境における大容量データ処理を効果的に行うためのプログラミングモデルを開発するためにMapReduceに着目し,進化系統樹解析用ソフトウェアTree-Puzzleの並列化を行った.従来のTree-Puzzleではユーザ指定系統樹についての解析については並列化は考慮されていない.本稿ではMapReduceの実装であるHadoopをJNIを用いてプログラミングコストを少なくする実装方法を提案し,Tree-Puzzleにおける系統樹のML解析部分に対してMapReduceを実装した.7台構成のPCクラスタ上での性能測定の結果,弱スケーリングおよび強スケーリングに対する性能では,逐次版に比し約4.5倍の性能向上を確認できた. |
(英) |
We have parallelized of Tree-Puzzle that is a phylogenetic analysis program in molecular evolution by using MapReduce as a case study of a programming model processing large amount of datas in a wide distributed area. In this research, we have proposed an implementation approach of MapReduce with Hadoop reduces programming cost, and implemented MapReduce into the analysis of maximum likelihood of phylogenetic tree in Tree-Puzzle. The result of performance evaluation on our cluster for weak scaling and strong scaling shows about 4.5 times speed than original version. |
キーワード |
(和) |
Hadoop / MapReduce / JNI / Tree-Puzzle / / / / |
(英) |
Hadoop / MapReduce / JNI / Tree-Puzzle / / / / |
文献情報 |
信学技報, vol. 111, no. 255, CPSY2011-34, pp. 49-54, 2011年10月. |
資料番号 |
CPSY2011-34 |
発行日 |
2011-10-14 (CPSY) |
ISSN |
Print edition: ISSN 0913-5685 Online edition: ISSN 2432-6380 |
著作権に ついて |
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CPSY2011-34 |