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講演抄録/キーワード
講演名 2011-10-21 14:55
JNIを用いたHadoopによる分子進化系統樹解析用プログラムTree-Puzzle並列化
小山 敦佐藤三久筑波大CPSY2011-34
抄録 (和) 広域分散環境における大容量データ処理を効果的に行うためのプログラミングモデルを開発するためにMapReduceに着目し,進化系統樹解析用ソフトウェアTree-Puzzleの並列化を行った.従来のTree-Puzzleではユーザ指定系統樹についての解析については並列化は考慮されていない.本稿ではMapReduceの実装であるHadoopをJNIを用いてプログラミングコストを少なくする実装方法を提案し,Tree-Puzzleにおける系統樹のML解析部分に対してMapReduceを実装した.7台構成のPCクラスタ上での性能測定の結果,弱スケーリングおよび強スケーリングに対する性能では,逐次版に比し約4.5倍の性能向上を確認できた. 
(英) We have parallelized of Tree-Puzzle that is a phylogenetic analysis program in molecular evolution by using MapReduce as a case study of a programming model processing large amount of datas in a wide distributed area. In this research, we have proposed an implementation approach of MapReduce with Hadoop reduces programming cost, and implemented MapReduce into the analysis of maximum likelihood of phylogenetic tree in Tree-Puzzle. The result of performance evaluation on our cluster for weak scaling and strong scaling shows about 4.5 times speed than original version.
キーワード (和) Hadoop / MapReduce / JNI / Tree-Puzzle / / / /  
(英) Hadoop / MapReduce / JNI / Tree-Puzzle / / / /  
文献情報 信学技報, vol. 111, no. 255, CPSY2011-34, pp. 49-54, 2011年10月.
資料番号 CPSY2011-34 
発行日 2011-10-14 (CPSY) 
ISSN Print edition: ISSN 0913-5685    Online edition: ISSN 2432-6380
著作権に
ついて
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します.(許諾番号:10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034)
PDFダウンロード CPSY2011-34

研究会情報
研究会 CPSY  
開催期間 2011-10-21 - 2011-10-21 
開催地(和) 神戸大学大学院 
開催地(英)  
テーマ(和) ネットワーク、クラウドおよび一般 
テーマ(英)  
講演論文情報の詳細
申込み研究会 CPSY 
会議コード 2011-10-CPSY 
本文の言語 日本語 
タイトル(和) JNIを用いたHadoopによる分子進化系統樹解析用プログラムTree-Puzzle並列化 
サブタイトル(和)  
タイトル(英) Parallelization of Tree-Puzzle Program for Phylogenetic Analysis in Molecular Evolution by Hadoop using JNI 
サブタイトル(英)  
キーワード(1)(和/英) Hadoop / Hadoop  
キーワード(2)(和/英) MapReduce / MapReduce  
キーワード(3)(和/英) JNI / JNI  
キーワード(4)(和/英) Tree-Puzzle / Tree-Puzzle  
キーワード(5)(和/英) /  
キーワード(6)(和/英) /  
キーワード(7)(和/英) /  
キーワード(8)(和/英) /  
第1著者 氏名(和/英/ヨミ) 小山 敦 / Tsutomu Koyama / コヤマ ツトム
第1著者 所属(和/英) 筑波大学 (略称: 筑波大)
University of Tsukuba (略称: Univ. Tsukuba)
第2著者 氏名(和/英/ヨミ) 佐藤 三久 / Mitsuhisa Sato / サトウ ミツヒサ
第2著者 所属(和/英) 筑波大学 (略称: 筑波大)
University of Tsukuba (略称: Univ. Tsukuba)
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講演者 第1著者 
発表日時 2011-10-21 14:55:00 
発表時間 20分 
申込先研究会 CPSY 
資料番号 CPSY2011-34 
巻番号(vol) vol.111 
号番号(no) no.255 
ページ範囲 pp.49-54 
ページ数
発行日 2011-10-14 (CPSY) 


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