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講演抄録/キーワード
講演名 2011-07-01 10:00
GPUによるマルチプルアラインメントの並列計算
布田丈浩名嘉村盛和琉球大
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抄録 (和) マルチプルアラインメントは、バイオインフォマティックスにおける主要な
情報処理の一つであり、バイオ研究の現場からはより正確な解をより高速に求め
ることができる計算手法が要求されている。
本研究では、GPGPUを用いてマルチプルアラインメント処理を高速に処理
するための計算手法を検討する。本稿では、マルチプルアラインメントで
広く用いられているツリーベース法の並列化を図る。計算機実験により、
CPU処理と比較してかなりの高速処理が可能である事を示す。 
(英) The multiple sequence alignment is an essential analysis since it
is used to detect homology between new sequences and existing sequences.
Researchers in biology require more efficient methods to compute the multiple alignment
for increasing large size of sequences.
In this research, we investigate parallel algorithms on GPGPU platforms for the multiple alignment problems.
We present in this paper a parallel tree-base method on GPGPU.
Experimental evaluation shows that the parallel algorhtm on GPGPU can calculate multiple alignment more efficiently than CPU-based approaches.
キーワード (和) マルチプルアラインメント / GPGPU / ツリーベース法 / CUDA / / / /  
(英) multiple sequence alignment / GPGPU / tree-base method / CUDA / / / /  
文献情報 信学技報, vol. 111, no. 105, MSS2011-20, pp. 115-119, 2011年6月.
資料番号 MSS2011-20 
発行日 2011-06-23 (CAS, VLD, SIP, MSS) 
ISSN Print edition: ISSN 0913-5685  Online edition: ISSN 2432-6380

研究会情報
研究会 MSS CAS VLD SIP  
開催期間 2011-06-30 - 2011-07-01 
開催地(和) 沖縄県青年会館 
開催地(英) Okinawa-Ken-Seinen-Kaikan 
テーマ(和) システムと信号処理および一般 
テーマ(英)  
講演論文情報の詳細
申込み研究会 MSS 
会議コード 2011-06-MSS-CAS-VLD-SIP 
本文の言語 日本語 
タイトル(和) GPUによるマルチプルアラインメントの並列計算 
サブタイトル(和)  
タイトル(英) A Parallel Computation Scheme for Multiple Alignment Problems 
サブタイトル(英)  
キーワード(1)(和/英) マルチプルアラインメント / multiple sequence alignment  
キーワード(2)(和/英) GPGPU / GPGPU  
キーワード(3)(和/英) ツリーベース法 / tree-base method  
キーワード(4)(和/英) CUDA / CUDA  
キーワード(5)(和/英) /  
キーワード(6)(和/英) /  
キーワード(7)(和/英) /  
キーワード(8)(和/英) /  
第1著者 氏名(和/英/ヨミ) 布田 丈浩 / Takehiro Nunota / ヌノタ タケヒロ
第1著者 所属(和/英) 琉球大学 (略称: 琉球大)
University of the Ryukyus (略称: Univ. of the Ryukyus)
第2著者 氏名(和/英/ヨミ) 名嘉村 盛和 / Morikazu Nakamura / ナカムラ モリカズ
第2著者 所属(和/英) 琉球大学 (略称: 琉球大)
University of the Ryukyus (略称: Univ. of the Ryukyus)
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講演者
発表日時 2011-07-01 10:00:00 
発表時間 20 
申込先研究会 MSS 
資料番号 IEICE-CAS2011-20,IEICE-VLD2011-27,IEICE-SIP2011-49,IEICE-MSS2011-20 
巻番号(vol) IEICE-111 
号番号(no) no.102(CAS), no.103(VLD), no.104(SIP), no.105(MSS) 
ページ範囲 pp.115-119 
ページ数 IEICE-5 
発行日 IEICE-CAS-2011-06-23,IEICE-VLD-2011-06-23,IEICE-SIP-2011-06-23,IEICE-MSS-2011-06-23 


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