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講演抄録/キーワード
講演名 2010-12-02 16:10
[招待講演]生物代謝物データベースKNApSAcK ~ 世界の薬用/食用植物の悉皆的代謝物解析に向けて ~
金谷重彦平井 晶高橋弘喜Altaf Ul-Amin中村建介奈良先端大SIS2010-47
抄録 (和) ゲノムプロジェクトの進展に伴って、現在までに、数百種のバクテリアゲノム、数十種の植物および動物のゲノムが解読された。植物における二次代謝産物は約20万種以上と推定され、5万種については構造決定されていると報告されている中で、ゲノムサイエンスの一環として、代謝産物と生物種の関係を体系化することを目的に、文献情報をもとに生物種とその生物において発見された代謝物の関係をデータベース化することを2004年より開始した。本論文では、このようにして開発された代謝物データベースKNApSAcK DBの現状を紹介する。さらに、生物資源の多面的な利用の目的からの代謝物検索を容易にするためのウェブサービスとしてKNApSAcKファミリーの研究開発を進めている(http://kanaya.naist.jp/KNApSAcK_Family/)。現在までにLunch Box(目的:食履歴)、KAMPO(漢方生薬)、KNApSAcK from around the world(世界の薬用植物)などのデータベース構築が完了した。これらのデータベースの現状についても紹介する。 
(英) In a metabolomics research, assignment of measured spectra to a specific metabolite is one of the most fundamental process. The assignment is usually made by taking a match with known compounds and therefore, it is necessary to scan the spectra against whole previously studied compounds. This means the survey of whole natural products reported in the literatures which is an extremely tedious and daunting process. In order to make this process feasible, we have developed a metabolite database that contains species-metabolite relations called KNApSAcK, which currently contains 102,005 species-metabolite relations involving 50,054 metabolites. In the present study, we review the current status of KNApSAcK database and its application to metabolomics and introduce the multifaceted retrieval system, KNApSAcK Family, which consists of seven parts for the purpose of retrieving metabolites from several different aspects. "Pocket" includes search system for species related to human living such as edible plant in Japan ("Lunch Box") , traditional Japanese medicine ("KAMPO"). "KNApSAcK from around the world" includes medicinal and edible plants utilized in each country. 8,947 pairwise relations between medicinal/edible plant and 120 nations world wide have been accumulated from scientific literatures.
キーワード (和) 代謝物-生物種関係データベース / ゲノムサイエンス / e-サイエンス / メタボロミクス / バイオインフォマティクス / / /  
(英) Species-metabolite relation database / genome science / e-scienc / metabolomics / bioinformatics / / /  
文献情報 信学技報, vol. 110, no. 322, SIS2010-47, pp. 71-76, 2010年12月.
資料番号 SIS2010-47 
発行日 2010-11-25 (SIS) 
ISSN Print edition: ISSN 0913-5685  Online edition: ISSN 2432-6380
著作権に
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PDFダウンロード SIS2010-47

研究会情報
研究会 SIS  
開催期間 2010-12-02 - 2010-12-03 
開催地(和) 奈良県文化会館 
開催地(英)  
テーマ(和) システムオンシリコン,RFID技術,一般 
テーマ(英)  
講演論文情報の詳細
申込み研究会 SIS 
会議コード 2010-12-SIS 
本文の言語 日本語 
タイトル(和) 生物代謝物データベースKNApSAcK 
サブタイトル(和) 世界の薬用/食用植物の悉皆的代謝物解析に向けて 
タイトル(英) Species-metabolte Database KNApSAcK 
サブタイトル(英) towards systematization of medicinal/edible plants around the world 
キーワード(1)(和/英) 代謝物-生物種関係データベース / Species-metabolite relation database  
キーワード(2)(和/英) ゲノムサイエンス / genome science  
キーワード(3)(和/英) e-サイエンス / e-scienc  
キーワード(4)(和/英) メタボロミクス / metabolomics  
キーワード(5)(和/英) バイオインフォマティクス / bioinformatics  
キーワード(6)(和/英) /  
キーワード(7)(和/英) /  
キーワード(8)(和/英) /  
第1著者 氏名(和/英/ヨミ) 金谷 重彦 / Shigehiko Kanaya / カナヤ シゲヒコ
第1著者 所属(和/英) 奈良先端科学技術大学院大学 (略称: 奈良先端大)
Nara Institute of Science and Technology (略称: NAIST)
第2著者 氏名(和/英/ヨミ) 平井 晶 / Aki Hirai /
第2著者 所属(和/英) 奈良先端科学技術大学院大学 (略称: 奈良先端大)
Nara Institute of Science and Technology (略称: NAIST)
第3著者 氏名(和/英/ヨミ) 高橋 弘喜 / Hiroki Takahashi /
第3著者 所属(和/英) 奈良先端科学技術大学院大学 (略称: 奈良先端大)
Nara Institute of Science and Technology (略称: NAIST)
第4著者 氏名(和/英/ヨミ) Altaf Ul-Amin / Altaf Ul-Amin /
第4著者 所属(和/英) 奈良先端科学技術大学院大学 (略称: 奈良先端大)
Nara Institute of Science and Technology (略称: NAIST)
第5著者 氏名(和/英/ヨミ) 中村 建介 / Kensuke Nakamura /
第5著者 所属(和/英) 奈良先端科学技術大学院大学 (略称: 奈良先端大)
Nara Institute of Science and Technology (略称: NAIST)
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講演者
発表日時 2010-12-02 16:10:00 
発表時間 60 
申込先研究会 SIS 
資料番号 IEICE-SIS2010-47 
巻番号(vol) IEICE-110 
号番号(no) no.322 
ページ範囲 pp.71-76 
ページ数 IEICE-6 
発行日 IEICE-SIS-2010-11-25 


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