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講演抄録/キーワード
講演名 2010-11-05 15:30
[ポスター講演]MSTに基づくSVMパス追跡を用いた多重多変量2標本検定による遺伝子群解析に関する一考察
石川勇太磯部浩太名工大)・烏山昌幸名工大/学振)・泉 泰介竹内一郎名工大
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抄録 (和) マイクロアレイ技術により, 多くの遺伝子発現量を同時に計測できるようになった. 本研究では, 生物学的に関連の深い複数の遺伝子からなるグループ(遺伝子群)のうち, 2標本で発現パターンの異なっている遺伝子群を同定する問題を考察する. このような遺伝子群を同定する問題は遺伝子群解析(gene set analysis)と呼ばれ, 多重多変量2標本検定として定式化される. 本研究では, この問題のためにサポートベクトルマシン(SVM)に基づく多重多変量2標本検定を導入する. このアプローチにおいては, 統計量の帰無分布をラベル並べ替え演算により推定しなければならないため, SVMの学習(最適化)を多数回行わなくてはならない. 本稿では, SVMのラベル並べ替え解を効率的に計算するため, 最小全域木(MST)とパス追跡を用いるアプローチを提案する. 
(英) Microarray technology enables us to measure expression levels of thousands of genes simultaneously. We consider how to find differentially expressed gene sets between two samples. This task is called gene set analysis and it is formulated as multiple multivariate two-sample test. In this study, we introduce multiple multivariate two-sample test based on Support Vector Machine (SVM). In this approach, we have to train many label permuted SVMs in order to estimate the null distribution. To alleviate the computational difficulty, we propose an efficient algorithm for computing a set of label permuted SVMs using minimum spanning tree (MST) and path-following techniques.
キーワード (和) 多変量2標本検定 / SVM / MST / パス追跡 / 遺伝子群解析 / 多重検定 / /  
(英) multivariate two-sample test / SVM / MST / path-following / gene set analysis / multiple testing / /  
文献情報 信学技報, vol. 110, no. 265, IBISML2010-88, pp. 211-220, 2010年11月.
資料番号 IBISML2010-88 
発行日 2010-10-28 (IBISML) 
ISSN Print edition: ISSN 0913-5685  Online edition: ISSN 2432-6380

研究会情報
研究会 IBISML  
開催期間 2010-11-04 - 2010-11-06 
開催地(和) 東大生産研 
開催地(英) IIS, Univ. of Tokyo 
テーマ(和) IBIS 2010 (情報論的学習理論ワークショップ) 
テーマ(英) IBIS 2010 (Workshop on Information-based Induction Sciences) 
講演論文情報の詳細
申込み研究会 IBISML 
会議コード 2010-11-IBISML 
本文の言語 日本語 
タイトル(和) MSTに基づくSVMパス追跡を用いた多重多変量2標本検定による遺伝子群解析に関する一考察 
サブタイトル(和)  
タイトル(英) A Study on Multiple Multivariate Two-Sample Test for Gene Set Analysis using MST-based SVM Path-Following 
サブタイトル(英)  
キーワード(1)(和/英) 多変量2標本検定 / multivariate two-sample test  
キーワード(2)(和/英) SVM / SVM  
キーワード(3)(和/英) MST / MST  
キーワード(4)(和/英) パス追跡 / path-following  
キーワード(5)(和/英) 遺伝子群解析 / gene set analysis  
キーワード(6)(和/英) 多重検定 / multiple testing  
キーワード(7)(和/英) /  
キーワード(8)(和/英) /  
第1著者 氏名(和/英/ヨミ) 石川 勇太 / Yuta Ishikawa / イシカワ ユウタ
第1著者 所属(和/英) 名古屋工業大学 (略称: 名工大)
Nagoya Institute of Technology (略称: NIT)
第2著者 氏名(和/英/ヨミ) 磯部 浩太 / Kota Isobe / イソベ コウタ
第2著者 所属(和/英) 名古屋工業大学 (略称: 名工大)
Nagoya Institute of Technology (略称: NIT)
第3著者 氏名(和/英/ヨミ) 烏山 昌幸 / Masayuki Karasuyama / カラスヤマ マサユキ
第3著者 所属(和/英) 名古屋工業大学 (略称: 名工大/学振)
Nagoya Institute of Technology (略称: NIT)
第4著者 氏名(和/英/ヨミ) 泉 泰介 / Taisuke Izumi / イズミ タイスケ
第4著者 所属(和/英) 名古屋工業大学 (略称: 名工大)
Nagoya Institute of Technology (略称: NIT)
第5著者 氏名(和/英/ヨミ) 竹内 一郎 / Ichiro Takeuchi / タケウチ イチロウ
第5著者 所属(和/英) 名古屋工業大学 (略称: 名工大)
Nagoya Institute of Technology (略称: NIT)
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講演者
発表日時 2010-11-05 15:30:00 
発表時間 180 
申込先研究会 IBISML 
資料番号 IEICE-IBISML2010-88 
巻番号(vol) IEICE-110 
号番号(no) no.265 
ページ範囲 pp.211-220 
ページ数 IEICE-10 
発行日 IEICE-IBISML-2010-10-28 


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