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| 講演抄録／キーワード | ||
| 講演名 | 2010-09-16 14:35 FPGAグリッドを用いたHMMERの高速化 ○高木豊和・丸山 勉（筑波大）  RECONF2010-23 |
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| 抄録 | （和） | HMMER はプロファイルHMM 検索によく使用されているソフトウェアの一つである.HMMER は一つのプロファイルHMM と，N 個のシークエンスとをN 個のノードを用いて並列に比較することで高速化することができる. しかしながら，HMMER はCPU に負荷をかける問題である. HMMER において動的計画法であるビタビアルゴリズムがプファイルHMM とシークエンスを整列するのに使用されている. 専用のハードウェアを使うことで，ビタビアルゴリズムにおける検索空間を並列に複数のノードで処理することによって高速化することができる. 本論文では，FPGA グリッドを用いたHMMERの検索を高速化する手法を述べる. FPGA グリッドにおいて，それぞれのノードのFPGA は並列にビタビアルゴリズムを実行する. |
| （英） | HMMER is one of the most used software tools for sensitive pro le HMM (Hidden Markov Model)searches of biological sequence databases. HMMER can be accelerated by comparing a pro le HMM with N sequences in parallel using a computing grid with N nodes. HMMER is, however, still a cpu-intensive program. In HMMER, the Viterbi algorithm, which is a quadratic dynamic programming algorithm, is used to align a pro fileHMM and a sequence. Using a dedicated hardware, the search by the Viterbi algorithm can be accelerated by processing several nodes in the search space in parallel. In this paper, we describe an approach for accelerating HMMER search using an FPGA grid. | |
| キーワード | （和） | FPGA / HMMER / プロファイルHMM / グリッドコンピューティング / 並列計算 / / / |
| （英） | FPGA / HMMER / profile HMM / grid computing / parallel computation / / / | |
| 文献情報 | 信学技報, vol. 110, no. 204, RECONF2010-23, pp. 31-36, 2010年9月. | |
| 資料番号 | RECONF2010-23 | |
| 発行日 | 2010-09-09 (RECONF) | |
| ISSN | Print edition: ISSN 0913-5685 Online edition: ISSN 2432-6380 | |
| 著作権に ついて |
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します．(許諾番号：10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034) | |
| PDFダウンロード | RECONF2010-23 |
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| 研究会情報 | |
| 研究会 | RECONF |
| 開催期間 | 2010-09-16 - 2010-09-17 |
| 開催地（和） | 静岡大学(工学部2号館) |
| 開催地（英） | Shizuoka University (Faculty of Eng., Hall 2) |
| テーマ（和） | リコンフィギャラブルシステム，一般 |
| テーマ（英） | Reconfigurable Systems, etc. |
| 講演論文情報の詳細 | |
| 申込み研究会 | RECONF |
| 会議コード | 2010-09-RECONF |
| 本文の言語 | 日本語 |
| タイトル（和） | FPGAグリッドを用いたHMMERの高速化 |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | Accelerating HMMER search using FPGA Grid |
| サブタイトル（英） | |
| キーワード(1)（和/英） | FPGA / FPGA |
| キーワード(2)（和/英） | HMMER / HMMER |
| キーワード(3)（和/英） | プロファイルHMM / profile HMM |
| キーワード(4)（和/英） | グリッドコンピューティング / grid computing |
| キーワード(5)（和/英） | 並列計算 / parallel computation |
| キーワード(6)（和/英） | / |
| キーワード(7)（和/英） | / |
| キーワード(8)（和/英） | / |
| 第1著者 氏名（和/英/ヨミ） | 高木 豊和 / Toyokazu Takagi / タカギ トヨカズ |
| 第1著者 所属（和/英） | 筑波大学 (略称： 筑波大) Tsukuba University (略称： Tsukuba Univ.) |
| 第2著者 氏名（和/英/ヨミ） | 丸山 勉 / Tsutomu Maruyama / マルヤマ ツトム |
| 第2著者 所属（和/英） | 筑波大学 (略称： 筑波大) Tsukuba University (略称： Tsukuba Univ.) |
| 第3著者 氏名（和/英/ヨミ） | / / |
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| 講演者 | 第1著者 |
| 発表日時 | 2010-09-16 14:35:00 |
| 発表時間 | 25分 |
| 申込先研究会 | RECONF |
| 資料番号 | RECONF2010-23 |
| 巻番号（vol） | vol.110 |
| 号番号（no） | no.204 |
| ページ範囲 | pp.31-36 |
| ページ数 | 6 |
| 発行日 | 2010-09-09 (RECONF) |
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