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講演抄録/キーワード
講演名 2010-01-08 15:10
MTRAP法による配列アライメント精度の改善
原 利英佐藤圭子大矢雅則東京理科大IT2009-69
抄録 (和) アミノ酸配列のアライメントはライフサイエンスにおける特に重要な研究テーマの一つであ る.最適アライメントを求めるにあたり,ここには計算量の面での難しさに加え最適な目的関数とは 何かといった大変難しい問題が存在する.本講演では,新たに導入した配列間尺度を用いるアライメ ント法「MTRAP」について説明する (MTRAP: Pairwise sequence alignment algorithm by a new measure based on transition probability between two consecutive pairs of residues, to appear). PREFAB4 および HOMSTRAD 構造アライメントデータベースを用いたアライメント精度の検証の 結果,この新たな MTRAP 法は高精度でアライメントを行うことができる.特に配列一致率の低い進 化的に離れた配列のアライメントに対して,一般的なアライメントソフトであるNeedle, ClustalW2 と比べ高い精度を持っている. 
(英) Sequence alignment is one of the most important techniques in study of life science. However it is still a difficult computational problem because of not only computational complexity but also unsatisfactory objective functions for measuring alignment. In this talk, we discuss a novel sequence alignment algorithm called MTRAP, by introducing a new metric defined on compound systems of two sequences. In the accuracy benchmark tests by PREFAB4 and HOMSTRAD, our alignment method gives higher accuracy than usual methods such as Needle and ClustalW2.
キーワード (和) 配列アライメント / 動的計画法 / 推移確率 / / / / /  
(英) Sequence alignment / Dynamic programming / Transition-quantity / / / / /  
文献情報 信学技報, vol. 109, no. 357, IT2009-69, pp. 99-104, 2010年1月.
資料番号 IT2009-69 
発行日 2009-12-31 (IT) 
ISSN Print edition: ISSN 0913-5685  Online edition: ISSN 2432-6380
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本技術報告は査読を経ていない技術報告であり,推敲を加えられていずれかの場に発表されることがあります.
PDFダウンロード IT2009-69

研究会情報
研究会 IT  
開催期間 2010-01-07 - 2010-01-08 
開催地(和) ハワイ大学 
開催地(英) Univ. of Hawaii 
テーマ(和) 一般 
テーマ(英) general 
講演論文情報の詳細
申込み研究会 IT 
会議コード 2010-01-IT 
本文の言語 英語(日本語タイトルあり) 
タイトル(和) MTRAP法による配列アライメント精度の改善 
サブタイトル(和)  
タイトル(英) Improvement in accuracy of sequence alignment by the MTRAP algorithm 
サブタイトル(英)  
キーワード(1)(和/英) 配列アライメント / Sequence alignment  
キーワード(2)(和/英) 動的計画法 / Dynamic programming  
キーワード(3)(和/英) 推移確率 / Transition-quantity  
キーワード(4)(和/英) /  
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キーワード(8)(和/英) /  
第1著者 氏名(和/英/ヨミ) 原 利英 / Toshihide Hara / ハラ トシヒデ
第1著者 所属(和/英) 東京理科大学 (略称: 東京理科大)
Tokyo University of Science (略称: Tokyo Univ. of Science)
第2著者 氏名(和/英/ヨミ) 佐藤 圭子 / Keiko Sato / サトウ ケイコ
第2著者 所属(和/英) 東京理科大学 (略称: 東京理科大)
Tokyo University of Science (略称: Tokyo Univ. of Science)
第3著者 氏名(和/英/ヨミ) 大矢 雅則 / Masanori Ohya / オオヤ マサノリ
第3著者 所属(和/英) 東京理科大学 (略称: 東京理科大)
Tokyo University of Science (略称: Tokyo Univ. of Science)
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講演者
発表日時 2010-01-08 15:10:00 
発表時間 20 
申込先研究会 IT 
資料番号 IEICE-IT2009-69 
巻番号(vol) IEICE-109 
号番号(no) no.357 
ページ範囲 pp.99-104 
ページ数 IEICE-6 
発行日 IEICE-IT-2009-12-31 


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