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講演抄録/キーワード
講演名 2009-10-16 14:50
代謝ネットワークの最小反応カットを求めるアルゴリズム
田村武幸京大)・竹本和広東大)・阿久津達也京大COMP2009-36
抄録 (和) 本稿において我々は,ブーリアンモデルの代謝ネットワークの最小反応カットを計算する2つのタイプの問題として,
ReactionCutとMD-ReactionCutを扱う.
これらの問題はそれぞれ,流束収支モデルと最小損傷モデルに基づいている.
我々は,ReactionCutとMD-ReactionCutが反応ノードの最大出次数($K_{out}$)が1の時でさえ
NP困難であることを示す.
また,MD-ReactionCutの$K_{out}=2, 3, k$のそれぞれに対し,
$O(1.822^n)$, $O(1.959^n)$, $o(2^n)$時間アルゴリズムを紹介する.
ただし,$n$は反応ノードの数であり,$k$は定数である.
これらのアルゴリズムは,ネットワークが閉路を含まなければ,
ReactionCutにも適用することができる. 
(英) In this article, we study two problems ReactionCut and MD-ReactionCut
for calculating minimum reaction cuts of a metabolic network under a Boolean model.
These problems are based on flux balance model and minimal damage model respectively.
We show that ReactionCut and MD-ReactionCut are NP-hard even if the maximum outdegree of reaction nodes ($K_{out}$)
is one.
We also present $O(1.822^n)$, $O(1.959^n)$ and $o(2^n)$ time algorithms
for MD-ReactionCut with $K_{out}=2, 3, k$ respectively where
$n$ is the number of reaction nodes and $k$ is a constant.
The same algorithms also work for ReactionCut if there is no cycle.
キーワード (和) 代謝ネットワーク / 反応カット / ブーリアンモデル / 堅牢性 / / / /  
(英) Metabolic network / Reaction cut / Boolean model / Robustness / / / /  
文献情報 信学技報, vol. 109, no. 235, COMP2009-36, pp. 27-34, 2009年10月.
資料番号 COMP2009-36 
発行日 2009-10-09 (COMP) 
ISSN Print edition: ISSN 0913-5685  Online edition: ISSN 2432-6380
著作権に
ついて
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します.(許諾番号:10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034)
PDFダウンロード COMP2009-36

研究会情報
研究会 COMP  
開催期間 2009-10-16 - 2009-10-16 
開催地(和) 東北大学 
開催地(英) Tohoku University 
テーマ(和)  
テーマ(英)  
講演論文情報の詳細
申込み研究会 COMP 
会議コード 2009-10-COMP 
本文の言語 日本語 
タイトル(和) 代謝ネットワークの最小反応カットを求めるアルゴリズム 
サブタイトル(和)  
タイトル(英) Algorithm for Finding Minimum Reaction Cut of Metabolic Network 
サブタイトル(英)  
キーワード(1)(和/英) 代謝ネットワーク / Metabolic network  
キーワード(2)(和/英) 反応カット / Reaction cut  
キーワード(3)(和/英) ブーリアンモデル / Boolean model  
キーワード(4)(和/英) 堅牢性 / Robustness  
キーワード(5)(和/英) /  
キーワード(6)(和/英) /  
キーワード(7)(和/英) /  
キーワード(8)(和/英) /  
第1著者 氏名(和/英/ヨミ) 田村 武幸 / Takeyuki Tamura / タムラ タケユキ
第1著者 所属(和/英) 京都大学 (略称: 京大)
Kyoto University (略称: Kyoto Univ.)
第2著者 氏名(和/英/ヨミ) 竹本 和広 / Kazuhiro Takemoto / タケモト カズヒロ
第2著者 所属(和/英) 東京大学 (略称: 東大)
The University of Tokyo (略称: Univ. of Tokyo.)
第3著者 氏名(和/英/ヨミ) 阿久津 達也 / Tatsuya Akutsu / アクツ タツヤ
第3著者 所属(和/英) 京都大学 (略称: 京大)
Kyoto University (略称: Kyoto Univ.)
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講演者
発表日時 2009-10-16 14:50:00 
発表時間 35 
申込先研究会 COMP 
資料番号 IEICE-COMP2009-36 
巻番号(vol) IEICE-109 
号番号(no) no.235 
ページ範囲 pp.27-34 
ページ数 IEICE-8 
発行日 IEICE-COMP-2009-10-09 


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