お知らせ 研究会の開催と会場に参加される皆様へのお願い(2020年10月開催~)
電子情報通信学会 研究会発表申込システム
講演論文 詳細
技報閲覧サービス
[ログイン]
技報アーカイブ
 トップに戻る 前のページに戻る   [Japanese] / [English] 

講演抄録/キーワード
講演名 2009-05-14 16:10
FPGAを用いた汎用生化学シミュレータにおけるハードウェアモジュール自動生成アルゴリズムの実機評価
大屋智範山田英樹石森智也柴田裕一郎長崎大)・長名保範成蹊大)・吉見真聡同志社大)・西川由理天野英晴舟橋 啓広井賀子慶大)・小栗 清長崎大RECONF2009-7
抄録 (和) FPGAをベースとした再構成可能なコンピュータには、性能とハードウェアコスト
のトレードオフにおいて、これらの比重を変更可能であるという利点が存在する。しかし、このトレードオフについてのアプリケーションレベルにおける議論はユーザにとって重要であるにも関わらず、あまりなされてこなかった。本稿は、FPGAにおける生化学モデルのシミュレーションを対象に、複数の機能を単一のハードウェアモジュールに割り当てる手法の実機評価を示す。その結果を用いて、ハードウェアコスト、シミュレーションにおけるスループット、並列性の抽出、データ転送のオーバーヘッドの観点から、複数の機能をそれぞれモジュールで実現した場合と複数の機能を単一のモジュールで実現した場合を比較し、議論を行う。 
(英) One of the obvious advantages of FPGA-based reconfigurable computing is customizability of a tradeoff point between performance and hardware costs. However, this tradeoff has rarely been discussed in a whole application level, which is the most important view for application users. This paper presents empirical evaluation of a hardware module sharing technique which can shift a tradeoff point of area and performance on an FPGA-based biochemical simulator. The practical biochemical simulation results are discussed in terms of hardware costs, simulation throughput, parallelism extracted in simulation hardware, and data transfer overheads.
キーワード (和) 生化学シミュレーション / 同型部分グラフ / 反応速度式 / FPGA / データ転送 / トレードオフ / /  
(英) biochemical simulation / common subgraph / reaction rate equation / FPGA / data transfer / trade-off / /  
文献情報 信学技報, vol. 109, no. 26, RECONF2009-7, pp. 37-42, 2009年5月.
資料番号 RECONF2009-7 
発行日 2009-05-07 (RECONF) 
ISSN Print edition: ISSN 0913-5685  Online edition: ISSN 2432-6380
著作権に
ついて
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します.(許諾番号:10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034)
PDFダウンロード RECONF2009-7

研究会情報
研究会 RECONF  
開催期間 2009-05-14 - 2009-05-15 
開催地(和) 福井大学文京キャンパス 
開催地(英)  
テーマ(和) リコンフィギャラブルシステム,一般 
テーマ(英)  
講演論文情報の詳細
申込み研究会 RECONF 
会議コード 2009-05-RECONF 
本文の言語 日本語 
タイトル(和) FPGAを用いた汎用生化学シミュレータにおけるハードウェアモジュール自動生成アルゴリズムの実機評価 
サブタイトル(和)  
タイトル(英) Performance evaluation of an auto-generation algorithm of hardware modules for an FPGA-based general-purpose biochemical simulator 
サブタイトル(英)  
キーワード(1)(和/英) 生化学シミュレーション / biochemical simulation  
キーワード(2)(和/英) 同型部分グラフ / common subgraph  
キーワード(3)(和/英) 反応速度式 / reaction rate equation  
キーワード(4)(和/英) FPGA / FPGA  
キーワード(5)(和/英) データ転送 / data transfer  
キーワード(6)(和/英) トレードオフ / trade-off  
キーワード(7)(和/英) /  
キーワード(8)(和/英) /  
第1著者 氏名(和/英/ヨミ) 大屋 智範 / Tomonori Ooya / オオヤ トモノリ
第1著者 所属(和/英) 長崎大学 (略称: 長崎大)
Nagasaki University (略称: Nagasaki Univ)
第2著者 氏名(和/英/ヨミ) 山田 英樹 / Hideki Yamada / ヤマダ ヒデキ
第2著者 所属(和/英) 長崎大学 (略称: 長崎大)
Nagasaki University (略称: Nagasaki Univ)
第3著者 氏名(和/英/ヨミ) 石森 智也 / Tomoya Ishimori / イシモリ トモヤ
第3著者 所属(和/英) 長崎大学 (略称: 長崎大)
Nagasaki University (略称: Nagasaki Univ)
第4著者 氏名(和/英/ヨミ) 柴田 裕一郎 / Yuichiro Shibata / シバタ ユウイチロウ
第4著者 所属(和/英) 長崎大学 (略称: 長崎大)
Nagasaki University (略称: Nagasaki Univ)
第5著者 氏名(和/英/ヨミ) 長名 保範 / Yasunori Osana / オサナ ヤスノリ
第5著者 所属(和/英) 成蹊大学 (略称: 成蹊大)
Seikei Unversity (略称: Seikei Univ)
第6著者 氏名(和/英/ヨミ) 吉見 真聡 / Masato Yoshimi / ヨシミ マサト
第6著者 所属(和/英) 同志社大学 (略称: 同志社大)
Doshisha University (略称: Doshisha Univ)
第7著者 氏名(和/英/ヨミ) 西川 由理 / Yuri Nishikawa / ニシカワ ユリ
第7著者 所属(和/英) 慶應義塾大学 (略称: 慶大)
Keio University (略称: Keio Univ)
第8著者 氏名(和/英/ヨミ) 天野 英晴 / Hideharu Amano / アマノ ヒデハル
第8著者 所属(和/英) 慶應義塾大学 (略称: 慶大)
Keio University (略称: Keio Univ)
第9著者 氏名(和/英/ヨミ) 舟橋 啓 / Akira Funahashi / フナハシ アキラ
第9著者 所属(和/英) 慶應義塾大学 (略称: 慶大)
Keio University (略称: Keio Univ)
第10著者 氏名(和/英/ヨミ) 広井 賀子 / Noriko Hiroi / ヒロイ ノリコ
第10著者 所属(和/英) 慶應義塾大学 (略称: 慶大)
Keio University (略称: Keio Univ)
第11著者 氏名(和/英/ヨミ) 小栗 清 / Kiyoshi Oguri / オグリ キヨシ
第11著者 所属(和/英) 長崎大学 (略称: 長崎大)
Nagasaki University (略称: Nagasaki Univ)
第12著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第12著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第13著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第13著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第14著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第14著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第15著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第15著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第16著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第16著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第17著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第17著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第18著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第18著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第19著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第19著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
第20著者 氏名(和/英/ヨミ) / /
第20著者 所属(和/英) (略称: )
(略称: )
講演者
発表日時 2009-05-14 16:10:00 
発表時間 30 
申込先研究会 RECONF 
資料番号 IEICE-RECONF2009-7 
巻番号(vol) IEICE-109 
号番号(no) no.26 
ページ範囲 pp.37-42 
ページ数 IEICE-6 
発行日 IEICE-RECONF-2009-05-07 


[研究会発表申込システムのトップページに戻る]

[電子情報通信学会ホームページ]


IEICE / 電子情報通信学会