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| 講演抄録／キーワード | ||
| 講演名 | 2009-01-30 16:35 高速モチーフ探索を目指したGibbs Sampling法のFPGAによる実装 ○佐藤由香・田沢純子・宮崎敏明（会津大）  VLD2008-124 CPSY2008-86 RECONF2008-88 |
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| 抄録 | （和） | 遺伝子を構成する複数の塩基配列から，共通のモチーフ（小さな部分配列）を探索することは，バイオインフォマティクス分野で強く求められ，幾つかの手法が提案されている．筆者らは，その手法の一つとしてよく知られたGibbs sampling法のハードウェアによる高速化を目指し，最適なモチーフを検出するための評価値の計算方法を再考した．また，その結果を元に，FPGAに実装する事を試みた．本稿では，そのアーキテクチャの概要を示し，現状を報告する． |
| （英） | It is very important to detect a common motif, i.e., partial base sequence, from DNA sequences in bioinformatics research field, and some methods have been proposed. Gibbs sampling is one of the popular methods to perform it. To accelerate Gibbs sampling with a dedicated hardware, we reconsider the way of the evaluation-value calculation part that is the performance bottleneck of Gibbs sampling. In this paper, after discussing the evaluation-value modification, an FPGA implementation and its current status are introduced. | |
| キーワード | （和） | モチーフ検出 / バイオインフォマティクス / Gibbs Sampling / FPGA実装 / / / / |
| （英） | Motif detection / Bioinformatics / Gibbs Sampling / FPGA implementation / / / / | |
| 文献情報 | 信学技報, vol. 108, no. 414, RECONF2008-88, pp. 195-199, 2009年1月. | |
| 資料番号 | RECONF2008-88 | |
| 発行日 | 2009-01-22 (VLD, CPSY, RECONF) | |
| ISSN | Print edition: ISSN 0913-5685 Online edition: ISSN 2432-6380 | |
| 著作権に ついて |
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します．(許諾番号：10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034) | |
| PDFダウンロード | VLD2008-124 CPSY2008-86 RECONF2008-88 |
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| 研究会情報 | |
| 研究会 | VLD CPSY RECONF IPSJ-SLDM |
| 開催期間 | 2009-01-29 - 2009-01-30 |
| 開催地（和） | 慶応義塾大学(日吉) |
| 開催地（英） | |
| テーマ（和） | FPGA応用および一般 |
| テーマ（英） | |
| 講演論文情報の詳細 | |
| 申込み研究会 | RECONF |
| 会議コード | 2009-01-VLD-CPSY-RECONF-SLDM |
| 本文の言語 | 日本語 |
| タイトル（和） | 高速モチーフ探索を目指したGibbs Sampling法のFPGAによる実装 |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | An FPGA implementation of Gibbs sampling method towards high-speed motif search |
| サブタイトル（英） | |
| キーワード(1)（和/英） | モチーフ検出 / Motif detection |
| キーワード(2)（和/英） | バイオインフォマティクス / Bioinformatics |
| キーワード(3)（和/英） | Gibbs Sampling / Gibbs Sampling |
| キーワード(4)（和/英） | FPGA実装 / FPGA implementation |
| キーワード(5)（和/英） | / |
| キーワード(6)（和/英） | / |
| キーワード(7)（和/英） | / |
| キーワード(8)（和/英） | / |
| 第1著者 氏名（和/英/ヨミ） | 佐藤 由香 / Yuka Sato / サトウ ユカ |
| 第1著者 所属（和/英） | 会津大学 (略称： 会津大) The University of Aizu (略称： Univ. of Aizu) |
| 第2著者 氏名（和/英/ヨミ） | 田沢 純子 / Junko Tazawa / タザワ ジュンコ |
| 第2著者 所属（和/英） | 会津大学 (略称： 会津大) The University of Aizu (略称： Univ. of Aizu) |
| 第3著者 氏名（和/英/ヨミ） | 宮崎 敏明 / Toshiaki Miyazaki / ミヤザキ トシアキ |
| 第3著者 所属（和/英） | 会津大学 (略称： 会津大) The University of Aizu (略称： Univ. of Aizu) |
| 第4著者 氏名（和/英/ヨミ） | / / |
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| 講演者 | 第1著者 |
| 発表日時 | 2009-01-30 16:35:00 |
| 発表時間 | 25分 |
| 申込先研究会 | RECONF |
| 資料番号 | VLD2008-124, CPSY2008-86, RECONF2008-88 |
| 巻番号（vol） | vol.108 |
| 号番号（no） | no.412(VLD), no.413(CPSY), no.414(RECONF) |
| ページ範囲 | pp.195-199 |
| ページ数 | 5 |
| 発行日 | 2009-01-22 (VLD, CPSY, RECONF) |
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