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| 講演抄録／キーワード | ||
| 講演名 | 2007-11-27 14:50 ［招待講演］形式文法に基づくRNA２次構造予測 ○加藤有己（京大）・関 浩之（奈良先端大）・阿久津達也（京大）  IT2007-21 |
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| 抄録 | （和） | 近年，形式文法における構文解析技術を応用したRNA の２次構造予測が盛んに研究されている． 典型的なRNA 配列では塩基対が互いに入れ子になって現れるため，２次構造を文脈自由文法（CFG）でモデル化する試みがなされてきた． 一方，いくつかの塩基対が配列上で交差して現れるシュードノットと呼ばれる部分構造や，２つのRNA 間の相互作用によるキッシングヘアピンループと呼ばれる結合構造が存在し，CFG では表現できないことが知られている． 本稿では，シュードノットやキッシングヘアピンループを含めたRNA ２次構造に対する，形式文法に基づく予測法について論じる． |
| （英） | Recently, much attention has been paid to RNA secondary structure prediction that applies parsing techniques in formal grammars. Since base pairs in typical RNA sequences occur in a nested way, secondary structures have been successfully modeled by context-free grammars (CFGs). On the other hand, there are substructures called pseudoknots where some base pairs occur in a crossed fashion, and joint structures called kissing hairpin loops caused by RNA-RNA interactions, which cannot be represented by CFGs. This paper is dedicated to discussing several grammatical approaches to the prediction of RNA secondary structure including pseudoknots and kissing hairpin loops. |
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| キーワード | （和） | RNA２次構造 / シュードノット / RNA間相互作用 / キッシングヘアピンループ / 文脈自由文法 / 多重文脈自由文法 / / |
| （英） | RNA secondary structure / pseudoknot / RNA-RNA interaction / kissing hairpin loop / context-free grammar / multiple context-free grammar / / | |
| 文献情報 | 信学技報, vol. 107, no. 354, IT2007-21, pp. 7-16, 2007年11月. | |
| 資料番号 | IT2007-21 | |
| 発行日 | 2007-11-20 (IT) | |
| ISSN | Print edition: ISSN 0913-5685 Online edition: ISSN 2432-6380 | |
| 著作権に ついて |
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します．(許諾番号：10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034) | |
| PDFダウンロード | IT2007-21 |
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| 研究会情報 | |
| 研究会 | IT |
| 開催期間 | 2007-11-27 - 2007-11-27 |
| 開催地（和） | 賢島宝生苑 |
| 開催地（英） | Kashikojima Hojoen (Shima) |
| テーマ（和） | 若手研究者のための講演会 |
| テーマ（英） | Invited Talk for Young Researcheres |
| 講演論文情報の詳細 | |
| 申込み研究会 | IT |
| 会議コード | 2007-11-IT |
| 本文の言語 | 英語（日本語タイトルあり） |
| タイトル（和） | 形式文法に基づくRNA２次構造予測 |
| サブタイトル（和） | |
| タイトル（英） | RNA Secondary Structure Prediction Based on Formal Grammars |
| サブタイトル（英） | |
| キーワード(1)（和/英） | RNA２次構造 / RNA secondary structure |
| キーワード(2)（和/英） | シュードノット / pseudoknot |
| キーワード(3)（和/英） | RNA間相互作用 / RNA-RNA interaction |
| キーワード(4)（和/英） | キッシングヘアピンループ / kissing hairpin loop |
| キーワード(5)（和/英） | 文脈自由文法 / context-free grammar |
| キーワード(6)（和/英） | 多重文脈自由文法 / multiple context-free grammar |
| キーワード(7)（和/英） | / |
| キーワード(8)（和/英） | / |
| 第1著者 氏名（和/英/ヨミ） | 加藤 有己 / Yuki Kato / カトウ ユウキ |
| 第1著者 所属（和/英） | 京都大学 (略称： 京大) Kyoto University (略称： Kyoto Univ.) |
| 第2著者 氏名（和/英/ヨミ） | 関 浩之 / Hiroyuki Seki / セキ ヒロユキ |
| 第2著者 所属（和/英） | 奈良先端科学技術大学院大学 (略称： 奈良先端大) Nara Institute of Science and Technology (略称： NAIST) |
| 第3著者 氏名（和/英/ヨミ） | 阿久津 達也 / Tatsuya Akutsu / アクツ タツヤ |
| 第3著者 所属（和/英） | 京都大学 (略称： 京大) Kyoto University (略称： Kyoto Univ.) |
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| 講演者 | 第1著者 |
| 発表日時 | 2007-11-27 14:50:00 |
| 発表時間 | 40分 |
| 申込先研究会 | IT |
| 資料番号 | IT2007-21 |
| 巻番号（vol） | vol.107 |
| 号番号（no） | no.354 |
| ページ範囲 | pp.7-16 |
| ページ数 | 10 |
| 発行日 | 2007-11-20 (IT) |
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