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講演抄録/キーワード
講演名 2006-05-24 15:35
動的近傍操作を用いたDNA塩基配列設計
川下 優小野廣隆定兼邦彦山下雅史九大
抄録 (和) 近年,DNA塩基配列集合を利用したナノコンピューティング・ナノテクノロジーが注目されている.これらの技術に用いられる塩基配列集合は,利用目的に応じた制約を満たす必要がある.いくつかの制約は組合せ的であるので,本論文では塩基配列集合問題を組合せ最適化問題と捉える.さらに,他の制約より組合せ的なオーバーラップ指標に着目し,局所探索法に基づくアルゴリズムを提案する.
このアルゴリズムでは組合せ的制約を局所探索法で充足させるために,可変近傍探索法・可変深度探索近傍法と呼ばれる動的近傍操作を採用する.計算機実験において,提案手法は同様の制約を満たす他の手法と同等以上の配列集合の設計に成功した. 
(英) In recent years, DNA sequence sets are used in various fields such as nanotechnology and nanocomputing. Since there are several applications using the sequence sets, the sequence sets need to satisfy several constraints depending on the applications. Since several constraints are combinatorial, we consider the sequence sets design problem where the sequence sets are used to solve combinatorial problems. For the purpose, we focus on the overlapping measure which is more combinatorial than other constraints. Then, we propose a local-search based approximation algorithm. To deal with this, we adopt a dynamic neighorhood search frame work, called Variable Neighborhood Search and Variable Depth Search. The computational experiments show that generated sequence sets are as good as the ones generated by exiting methods, or better.
キーワード (和) DNA配列集合設計 / 組合せ最適化 / 局所探索法 / ハミング距離 / オーバーラップ指標 / / /  
(英) DNA sequence design / Combinatorial Optimization / Local Search / Hamming distance / Overlapping measure / / /  
文献情報 信学技報, vol. 106, no. 63, COMP2006-16, pp. 47-54, 2006年5月.
資料番号 COMP2006-16 
発行日 2006-05-17 (COMP) 
ISSN Print edition: ISSN 0913-5685  Online edition: ISSN 2432-6380
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研究会情報
研究会 COMP  
開催期間 2006-05-24 - 2006-05-24 
開催地(和) 九州工業大学 
開催地(英) Kyushu Institute of Technology 
テーマ(和)  
テーマ(英)  
講演論文情報の詳細
申込み研究会 COMP 
会議コード 2006-05-COMP 
本文の言語 日本語 
タイトル(和) 動的近傍操作を用いたDNA塩基配列設計 
サブタイトル(和)  
タイトル(英) DNA Sequence Design by Dynamic Neighborhood Searches 
サブタイトル(英)  
キーワード(1)(和/英) DNA配列集合設計 / DNA sequence design  
キーワード(2)(和/英) 組合せ最適化 / Combinatorial Optimization  
キーワード(3)(和/英) 局所探索法 / Local Search  
キーワード(4)(和/英) ハミング距離 / Hamming distance  
キーワード(5)(和/英) オーバーラップ指標 / Overlapping measure  
キーワード(6)(和/英) /  
キーワード(7)(和/英) /  
キーワード(8)(和/英) /  
第1著者 氏名(和/英/ヨミ) 川下 優 / Suguru Kawashimo / カワシモ スグル
第1著者 所属(和/英) 九州大学 (略称: 九大)
Kyushu University (略称: Kyushu Univ.)
第2著者 氏名(和/英/ヨミ) 小野 廣隆 / Hirotaka Ono / オノ ヒロタカ
第2著者 所属(和/英) 九州大学 (略称: 九大)
Kyushu University (略称: Kyushu Univ.)
第3著者 氏名(和/英/ヨミ) 定兼 邦彦 / Kunihiko Sadakane / サダカネ クニヒコ
第3著者 所属(和/英) 九州大学 (略称: 九大)
Kyushu University (略称: Kyushu Univ.)
第4著者 氏名(和/英/ヨミ) 山下 雅史 / Masafumi Yamashita / ヤマシタ マサフミ
第4著者 所属(和/英) 九州大学 (略称: 九大)
Kyushu University (略称: Kyushu Univ.)
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講演者
発表日時 2006-05-24 15:35:00 
発表時間 35 
申込先研究会 COMP 
資料番号 IEICE-COMP2006-16 
巻番号(vol) IEICE-106 
号番号(no) no.63 
ページ範囲 pp.47-54 
ページ数 IEICE-8 
発行日 IEICE-COMP-2006-05-17 


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