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講演抄録/キーワード
講演名 2006-01-18 14:55
データ転送網を用いた確率モデル生化学シミュレータのFPGA への実装の検討
吉見真聡長名保範岩岡 洋西川由理小嶋利紀慶大)・舟橋 啓広井賀子JST)・柴田裕一郎岩永直樹長崎大)・北野宏明JST)・天野英晴慶大
抄録 (和) 確率モデル生化学シミュレーションアルゴリズム(SSA)は,生化学システムの厳密なシミュレーションが可能である一方,膨大な計算時間を要求することが知られている.本研究報告では,Next Reaction Method (SSA-NRM)をFPGA上で高スループットに実行することを目的として,シミュレーションデータ部分(DU)と計算部分のデータ転送をルータを介して接続する手法に関しての予備評価を行った.その結果,中規模なFPGAに15個以上のDUを搭載可能であり,複数DUの並列実行により,汎用プロセッサの演算能力を超える性能が得られることがわかった. 
(英) A high-perfomance biochemical simulatior using a reconfigurable system draws attention as a low-cost solution from biologists. Especially, stochastic simulation algorithm (SSA) is widely known to be rigorous, but also as a time-consuming task with advanced microprocesnsors due to its algorithm characteristics. In this research report, a prototype of deta-transfer network based on SSA-NRM(Next Reaction Method) simulator is designed and evaluated with the most basic configuration. The evaluation result indicates high-throughput capability for large-scale biochemical systems.
キーワード (和) データ接続網 / FPGA / 確率モデル生化学シミュレーション / / / / /  
(英) Data-transfer network / FPGA / Stochastic biochemical simulation / / / / /  
文献情報 信学技報, vol. 105, no. 518, RECONF2005-94, pp. 47-52, 2006年1月.
資料番号 RECONF2005-94 
発行日 2006-01-11 (VLD, CPSY, RECONF) 
ISSN Print edition: ISSN 0913-5685  Online edition: ISSN 2432-6380
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研究会情報
研究会 RECONF CPSY VLD IPSJ-SLDM  
開催期間 2006-01-17 - 2006-01-18 
開催地(和) 慶應大学日吉キャンパス 来往舎 
開催地(英)  
テーマ(和) FPGAとその応用および一般 
テーマ(英) FPGA and its Application, etc. 
講演論文情報の詳細
申込み研究会 RECONF 
会議コード 2006-01-RECONF-CPSY-VLD-IPSJ-SLDM 
本文の言語 日本語 
タイトル(和) データ転送網を用いた確率モデル生化学シミュレータのFPGA への実装の検討 
サブタイトル(和)  
タイトル(英) A Stochastic Biochemical Simulator with a Data-transfer Network on an FPGA 
サブタイトル(英)  
キーワード(1)(和/英) データ接続網 / Data-transfer network  
キーワード(2)(和/英) FPGA / FPGA  
キーワード(3)(和/英) 確率モデル生化学シミュレーション / Stochastic biochemical simulation  
キーワード(4)(和/英) /  
キーワード(5)(和/英) /  
キーワード(6)(和/英) /  
キーワード(7)(和/英) /  
キーワード(8)(和/英) /  
第1著者 氏名(和/英/ヨミ) 吉見 真聡 / Masato Yoshimi / ヨシミ マサト
第1著者 所属(和/英) 慶應義塾大学 (略称: 慶大)
Keio University (略称: Keio Univ.)
第2著者 氏名(和/英/ヨミ) 長名 保範 / Yasunori Osana / オサナ ヤスノリ
第2著者 所属(和/英) 慶應義塾大学 (略称: 慶大)
Keio University (略称: Keio Univ.)
第3著者 氏名(和/英/ヨミ) 岩岡 洋 / Yow Iwaoka / イワオカ ヨウ
第3著者 所属(和/英) 慶應義塾大学 (略称: 慶大)
Keio University (略称: Keio Univ.)
第4著者 氏名(和/英/ヨミ) 西川 由理 / Yuri Nishikawa / ニシカワ ユリ
第4著者 所属(和/英) 慶應義塾大学 (略称: 慶大)
Keio University (略称: Keio Univ.)
第5著者 氏名(和/英/ヨミ) 小嶋 利紀 / Toshinori Kojima / コジマ トシノリ
第5著者 所属(和/英) 慶應義塾大学 (略称: 慶大)
Keio University (略称: Keio Univ.)
第6著者 氏名(和/英/ヨミ) 舟橋 啓 / Akira Funahashi / フナハシ アキラ
第6著者 所属(和/英) 科学技術振興事業機構 ERATO-SORST 北野共生プロジェクト (略称: JST)
Kitano Symbiotic Project, ERATO-SORST, JST (略称: JST)
第7著者 氏名(和/英/ヨミ) 広井 賀子 / Noriko Hiroi / ヒロイ ノリコ
第7著者 所属(和/英) 科学技術振興事業機構 ERATO-SORST 北野共生プロジェクト (略称: JST)
Kitano Symbiotic Project, ERATO-SORST, JST (略称: JST)
第8著者 氏名(和/英/ヨミ) 柴田 裕一郎 / Yuichiro Shibata / シバタ ユウイチロウ
第8著者 所属(和/英) 長崎大学 (略称: 長崎大)
Nagasaki University (略称: Nagasaki Univ.)
第9著者 氏名(和/英/ヨミ) 岩永 直樹 / Naoki Iwanaga / イワナガ ナオキ
第9著者 所属(和/英) 長崎大学 (略称: 長崎大)
Nagasaki University (略称: Nagasaki Univ.)
第10著者 氏名(和/英/ヨミ) 北野 宏明 / Hiroaki Kitano / キタノ ヒロアキ
第10著者 所属(和/英) 科学技術振興事業機構 ERATO-SORST 北野共生プロジェクト (略称: JST)
Kitano Symbiotic Project, ERATO-SORST, JST (略称: JST)
第11著者 氏名(和/英/ヨミ) 天野 英晴 / Hideharu Amano / アマノ ヒデハル
第11著者 所属(和/英) 慶應義塾大学 (略称: 慶大)
Keio University (略称: Keio Univ.)
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講演者
発表日時 2006-01-18 14:55:00 
発表時間 25 
申込先研究会 RECONF 
資料番号 IEICE-VLD2005-105,IEICE-CPSY2005-61,IEICE-RECONF2005-94 
巻番号(vol) IEICE-105 
号番号(no) no.514(VLD), no.516(CPSY), no.518(RECONF) 
ページ範囲 pp.47-52 
ページ数 IEICE-6 
発行日 IEICE-VLD-2006-01-11,IEICE-CPSY-2006-01-11,IEICE-RECONF-2006-01-11 


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