| 講演抄録／キーワード |
| 講演名 |
2005-09-15 16:45
FPGAを用いた生化学シミュレータ向けSBML処理系の構築
○岩岡 洋・長名保範・吉見真聡・小嶋利紀・西川由理（慶大）・舟橋 啓・広井賀子（JST）・柴田裕一郎・岩永直樹（長崎大）・北野宏明（JST）・天野英晴（慶大） |
| 抄録 |
（和） |
計算機を利用した生化学反応のシミュレーションが行なわれるようになってき
た。大規模なシミュレーションモデルを扱う場合、膨大な計算時間を要するた
め、FPGAを用いてシミュレーションを高速化する研究が行われている。しかし、
これまでの研究は主としてアルゴリズムの高速化であり、ユーザの利便性は考
えられていなかった。そこでシステム生物学ではデファクトスタンダードとし
て用いられているモデル記述言語SBMLを利用可能とするためのインタフェイス
ソフトウェアを実装し、その際のオーバーヘッドなどの評価を取った。 |
| （英） |
Today, there are many simulators which simulates biochemical
reactions. And an FPGA based simulator was developed because a large
scale simulation brings compute time growth. However, it carrys out
only accelerating, and does not pay attention to usability.
In this research report, interface software which accepts SBML models
is implemented, and this overhead is evaluated. |
| キーワード |
（和） |
SBML / FPGA / 生化学シミュレーション / ReCSiP / / / / |
| （英） |
SBML / FPGA / Biochemical Simulation / ReCSiP / / / / |
| 文献情報 |
信学技報, vol. 105, no. 287, RECONF2005-40, pp. 61-66, 2005年9月. |
| 資料番号 |
RECONF2005-40 |
| 発行日 |
2005-09-08 (RECONF) |
| ISSN |
Print edition: ISSN 0913-5685 |
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