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講演抄録/キーワード
講演名 2005-01-28 11:20
遺伝的な距離に基づいた家系図推定問題
田村武幸伊藤大雄岩間一雄京大
抄録 (和) 進化系統樹とは地球上の生物が、
共通の祖先から進化したと考えた時の、
種間の進化的な関係を表現した木構造である。
遺伝的な情報から進化系統樹を推定する方法に
対する研究はさかんに行われてきた。
また系統樹の一部に修正を加えたデータ構造を
推定する研究も近年行われきている。

これに対し、家系図は進化系統樹を
さらに詳しくしたものと考えることができる。
進化系統樹をグラフで表現すれば有向木になるのに対し、
家系図は入次数が2以下の非閉路的有向グラフとなる。
本稿では、与えられた2節点間の遺伝的距離を満足する
家系図を全て列挙する問題を考え、
所望の家系図の全てが、
節点数を増やすことなく一つの有向グラフで表現できる
ことを示し、それを得る$O(n^3)$時間アルゴリズムを与える。 
(英) A phylogenetic tree is a tree data structure which shows
evolutionary interrelationships among species
which are believed to have a common ancestor.
Numerous methods of inferring phylogenetic trees
from genetic information have been researched.
Moreover, some data structures which are slightly
different from phylogenetic trees have been
proposed to infer.

On the other hand,
pedigrees can be regarded as more informed phylogenetic trees.
Phylogenetic trees can be represented by directed trees,
whereas pedigrees are represented by directed acyclic graphs
whose indegrees are at most two.
In this paper,
we deal with a problem in which our algorithm enumerates
all pedigrees which satisfy given genetic distances
between two nodes.
We show that
the output pedigrees can be represented by one directed graph
without increasing the number of nodes.
Moreover, $O(n^3)$-time algorithm which solves the problem
is also given.
キーワード (和) 距離行列 / 家系図 / 遺伝的距離 / 系統樹 / 系統ネットワーク / / /  
(英) distance matrix / pedigree / genetic distance / phylogenetic tree / phylogenetic network / / /  
文献情報 信学技報, vol. 104, no. 642, COMP2004-64, pp. 33-39, 2005年1月.
資料番号 COMP2004-64 
発行日 2005-01-21 (COMP) 
ISSN Print edition: ISSN 0913-5685  Online edition: ISSN 2432-6380
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研究会情報
研究会 COMP  
開催期間 2005-01-28 - 2005-01-28 
開催地(和) 名古屋大学 
開催地(英) Nagoya University 
テーマ(和)  
テーマ(英)  
講演論文情報の詳細
申込み研究会 COMP 
会議コード 2005-01-COMP 
本文の言語 日本語 
タイトル(和) 遺伝的な距離に基づいた家系図推定問題 
サブタイトル(和)  
タイトル(英) Inferring Pedigrees from Genetic Distances 
サブタイトル(英)  
キーワード(1)(和/英) 距離行列 / distance matrix  
キーワード(2)(和/英) 家系図 / pedigree  
キーワード(3)(和/英) 遺伝的距離 / genetic distance  
キーワード(4)(和/英) 系統樹 / phylogenetic tree  
キーワード(5)(和/英) 系統ネットワーク / phylogenetic network  
キーワード(6)(和/英) /  
キーワード(7)(和/英) /  
キーワード(8)(和/英) /  
第1著者 氏名(和/英/ヨミ) 田村 武幸 / Takeyuki Tamura / タムラ タケユキ
第1著者 所属(和/英) 京都大学 (略称: 京大)
Kyoto University (略称: Kyoto Univ.)
第2著者 氏名(和/英/ヨミ) 伊藤 大雄 / Hiro Ito / イトウ ヒロオ
第2著者 所属(和/英) 京都大学 (略称: 京大)
Kyoto University (略称: Kyoto Univ.)
第3著者 氏名(和/英/ヨミ) 岩間 一雄 / Kazuo Iwama / イワマ カズオ
第3著者 所属(和/英) 京都大学 (略称: 京大)
Kyoto University (略称: Kyoto Univ.)
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講演者
発表日時 2005-01-28 11:20:00 
発表時間 25 
申込先研究会 COMP 
資料番号 IEICE-COMP2004-64 
巻番号(vol) IEICE-104 
号番号(no) no.642 
ページ範囲 pp.33-39 
ページ数 IEICE-7 
発行日 IEICE-COMP-2005-01-21 


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