講演抄録/キーワード |
講演名 |
2018-03-13 15:20
大域的代謝モデルを用いた大腸菌ジオキシー現象のシミュレーション解析 久保田 将・有馬孔明・杉井文香・杉井 学・○松野浩嗣(山口大) MSS2017-85 |
抄録 |
(和) |
代謝は単細胞生物から高度な多細胞生物まで共通して備えている細胞内反応であり,生物学的事実に基づいたシミュレーション解析はよく行われており,多くは対象となる代謝現象に関連する部分のみが数理的手法によってモデル化されている.しかし,代謝経路は非常に大きな反応経路であり,このような部分的なモデルによる解析ではその結果も部分的な知見に留まることは容易に想像がつく.本研究では,既知の大腸菌の代謝経路を含んだ大域的モデルを使ったシミュレーションを実施した.対象となる現象は大腸菌で糖の切り替え時に反応が停滞するジオキシー現象である.大域的モデル内部の反応をペトリネットによって制御するモデルを作成してシミュレーションし,これまで明らかにされていないジオキシー現象の制御機構についての知見を得たので報告する. |
(英) |
Metabolism is a network of intracellular reactions common to many organisms. Simulation analysis of metabolic pathways based on the revealed biological facts has been conducted, but many of them are modeled only for parts which is related to the aimed metabolic phenomena. The metabolic pathway is very large, such a partial model can not properly exlain whole system of the metabolism.
In this study, we employ a method for global schale metabolic pathway analysis called Quasi Steady State Petri net to examine the effect of glycogen in diauxic shift of $E.coli$. |
キーワード |
(和) |
システムバイオロジー / ペトリネット / Flux Balance Analysis / Quasi Steady State Petri Net / 大腸菌代謝シミュレーション / ジオキシー現象 / / |
(英) |
System Biology / Petri Net / Flux Balance Analysis / Quasi Steady State Petri Net / $E.coli$ metabolism simulation / Diauxic Shift / / |
文献情報 |
信学技報, vol. 117, no. 506, MSS2017-85, pp. 41-46, 2018年3月. |
資料番号 |
MSS2017-85 |
発行日 |
2018-03-05 (MSS) |
ISSN |
Print edition: ISSN 0913-5685 Online edition: ISSN 2432-6380 |
著作権に ついて |
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MSS2017-85 |