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講演抄録/キーワード
講演名 2018-03-13 15:20
大域的代謝モデルを用いた大腸菌ジオキシー現象のシミュレーション解析
久保田 将有馬孔明杉井文香杉井 学・○松野浩嗣山口大
技報オンラインサービス実施中
抄録 (和) 代謝は単細胞生物から高度な多細胞生物まで共通して備えている細胞内反応であり,生物学的事実に基づいたシミュレーション解析はよく行われており,多くは対象となる代謝現象に関連する部分のみが数理的手法によってモデル化されている.しかし,代謝経路は非常に大きな反応経路であり,このような部分的なモデルによる解析ではその結果も部分的な知見に留まることは容易に想像がつく.本研究では,既知の大腸菌の代謝経路を含んだ大域的モデルを使ったシミュレーションを実施した.対象となる現象は大腸菌で糖の切り替え時に反応が停滞するジオキシー現象である.大域的モデル内部の反応をペトリネットによって制御するモデルを作成してシミュレーションし,これまで明らかにされていないジオキシー現象の制御機構についての知見を得たので報告する. 
(英) Metabolism is a network of intracellular reactions common to many organisms. Simulation analysis of metabolic pathways based on the revealed biological facts has been conducted, but many of them are modeled only for parts which is related to the aimed metabolic phenomena. The metabolic pathway is very large, such a partial model can not properly exlain whole system of the metabolism.
In this study, we employ a method for global schale metabolic pathway analysis called Quasi Steady State Petri net to examine the effect of glycogen in diauxic shift of $E.coli$.
キーワード (和) システムバイオロジー / ペトリネット / Flux Balance Analysis / Quasi Steady State Petri Net / 大腸菌代謝シミュレーション / ジオキシー現象 / /  
(英) System Biology / Petri Net / Flux Balance Analysis / Quasi Steady State Petri Net / $E.coli$ metabolism simulation / Diauxic Shift / /  
文献情報 信学技報, vol. 117, no. 506, MSS2017-85, pp. 41-46, 2018年3月.
資料番号 MSS2017-85 
発行日 2018-03-05 (MSS) 
ISSN Print edition: ISSN 0913-5685  Online edition: ISSN 2432-6380

研究会情報
研究会 MSS NLP  
開催期間 2018-03-12 - 2018-03-14 
開催地(和) 大阪大学豊中キャンパス 
開催地(英)  
テーマ(和) SICE-DES研究会,IEICE-NLP, MSSの3研究会併催,一般および Work In Progress(WIP) ※(WIPセッションはDES,MSSのみ.「詳細はこちら」参照) 
テーマ(英)  
講演論文情報の詳細
申込み研究会 MSS 
会議コード 2018-03-MSS-NLP 
本文の言語 日本語 
タイトル(和) 大域的代謝モデルを用いた大腸菌ジオキシー現象のシミュレーション解析 
サブタイトル(和)  
タイトル(英) Simulation analysis of diauxic shift of E.coli using a global scale modeling method for metabolic networks 
サブタイトル(英)  
キーワード(1)(和/英) システムバイオロジー / System Biology  
キーワード(2)(和/英) ペトリネット / Petri Net  
キーワード(3)(和/英) Flux Balance Analysis / Flux Balance Analysis  
キーワード(4)(和/英) Quasi Steady State Petri Net / Quasi Steady State Petri Net  
キーワード(5)(和/英) 大腸菌代謝シミュレーション / $E.coli$ metabolism simulation  
キーワード(6)(和/英) ジオキシー現象 / Diauxic Shift  
キーワード(7)(和/英) /  
キーワード(8)(和/英) /  
第1著者 氏名(和/英/ヨミ) 久保田 将 / Masashi Kubota / クボタ マサシ
第1著者 所属(和/英) 山口大学 (略称: 山口大)
Yamaguchi University (略称: Yamaguchi Univ.)
第2著者 氏名(和/英/ヨミ) 有馬 孔明 / Koumei Arima / アリマ コウメイ
第2著者 所属(和/英) 山口大学 (略称: 山口大)
Yamaguchi University (略称: Yamaguchi Univ.)
第3著者 氏名(和/英/ヨミ) 杉井 文香 / Ayaka Sugii / スギイ アヤカ
第3著者 所属(和/英) 山口大学 (略称: 山口大)
Yamaguchi University (略称: Yamaguchi Univ.)
第4著者 氏名(和/英/ヨミ) 杉井 学 / Manabu Sugii / スギイ マナブ
第4著者 所属(和/英) 山口大学 (略称: 山口大)
Yamaguchi University (略称: Yamaguchi Univ.)
第5著者 氏名(和/英/ヨミ) 松野 浩嗣 / Hiroshi Matsuno / マツノ ヒロシ
第5著者 所属(和/英) 山口大学 (略称: 山口大)
Yamaguchi University (略称: Yamaguchi Univ.)
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講演者
発表日時 2018-03-13 15:20:00 
発表時間 25 
申込先研究会 MSS 
資料番号 IEICE-MSS2017-85 
巻番号(vol) IEICE-117 
号番号(no) no.506 
ページ範囲 pp.41-46 
ページ数 IEICE-6 
発行日 IEICE-MSS-2018-03-05 


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