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講演抄録/キーワード
講演名 2015-06-24 11:25
Repulsive Parallel MCMCアルゴリズムによる大規模塩基配列のモチーフ探索
池端久貴総研大)・吉田 亮統計数理研IBISML2015-19
抄録 (和) 遺伝子発現の制御機構を理解する上で,転写因子結合部位(TFBSs : transcription factor binding sites)を予測することは非常に重要である.TFBSsを構成する長さ10塩基ほどの塩基配列のパターンはモチーフと呼ばれる.近年のデータの大規模化により、高速の数え上げアルゴリズムが多く提案されているが、検出精度が十分とは言えない。本研究では,複数のモチーフを網羅的かつ効率良く列挙するための並列型マルコフ連鎖モンテカルロアルゴリズムを提案する. 
(英) It is important to predict TFBSs (transcription factor binding sites) for the elucidation of the mechanism in gene regulation. TFBSs are consist of around 10-base-pair pattern, which are called motifs. Newly proposed algorithms for large datasets specialize in reducing the computation time. However they sacrifice the accuracy of motif detection because they use heuristics for speeding up. In our research, we propose parallel Markov chain Monte Carlo algorithm to obtain diverse motifs efficiently.
キーワード (和) マルコフ連鎖モンテカルロ法 / モチーフ発見問題 / 大規模配列解析 / / / / /  
(英) Markov chain Monte Carlo method / motif discovery problem / large datasets / / / / /  
文献情報 信学技報, vol. 115, no. 112, IBISML2015-19, pp. 143-147, 2015年6月.
資料番号 IBISML2015-19 
発行日 2015-06-16 (IBISML) 
ISSN Print edition: ISSN 0913-5685    Online edition: ISSN 2432-6380
著作権に
ついて
技術研究報告に掲載された論文の著作権は電子情報通信学会に帰属します.(許諾番号:10GA0019/12GB0052/13GB0056/17GB0034/18GB0034)
PDFダウンロード IBISML2015-19

研究会情報
研究会 NC IPSJ-BIO IBISML IPSJ-MPS  
開催期間 2015-06-23 - 2015-06-25 
開催地(和) 沖縄科学技術大学院大学 
開催地(英) Okinawa Institute of Science and Technology 
テーマ(和) 機械学習によるバイオデータマインニング、一般 
テーマ(英) Machine Learning Approach to Biodata Mining, and General 
講演論文情報の詳細
申込み研究会 IBISML 
会議コード 2015-06-NC-BIO-IBISML-MPS 
本文の言語 日本語 
タイトル(和) Repulsive Parallel MCMCアルゴリズムによる大規模塩基配列のモチーフ探索 
サブタイトル(和)  
タイトル(英) Repulsive parallel MCMC algorithm for discovering diverse motifs from large sequence sets. 
サブタイトル(英)  
キーワード(1)(和/英) マルコフ連鎖モンテカルロ法 / Markov chain Monte Carlo method  
キーワード(2)(和/英) モチーフ発見問題 / motif discovery problem  
キーワード(3)(和/英) 大規模配列解析 / large datasets  
キーワード(4)(和/英) /  
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キーワード(7)(和/英) /  
キーワード(8)(和/英) /  
第1著者 氏名(和/英/ヨミ) 池端 久貴 / Hisaki Ikebata / イケバタ ヒサキ
第1著者 所属(和/英) 総合研究大学院大学 (略称: 総研大)
SOKENDAI (略称: SOKENDAI)
第2著者 氏名(和/英/ヨミ) 吉田 亮 / Ryo Yoshida / ヨシダ リョウ
第2著者 所属(和/英) 統計数理研究所 (略称: 統計数理研)
The Institute of Statistical Mathematics (略称: ISM)
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講演者 第1著者 
発表日時 2015-06-24 11:25:00 
発表時間 25分 
申込先研究会 IBISML 
資料番号 IBISML2015-19 
巻番号(vol) vol.115 
号番号(no) no.112 
ページ範囲 pp.143-147 
ページ数
発行日 2015-06-16 (IBISML) 


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